diff --git a/module3/exo3/doevi_exo3.Rmd b/module3/exo3/doevi_exo3.Rmd index 5e66f8118d3922b6680f7151f189762f5f85009f..1ed8fbab8f21469b42f852368bf44ee13d56b841 100644 --- a/module3/exo3/doevi_exo3.Rmd +++ b/module3/exo3/doevi_exo3.Rmd @@ -5,7 +5,6 @@ date: "`r Sys.Date()`" output: pdf_document: toc: yes - toc_depth: 3 number_sections: yes fig_caption: yes --- @@ -38,7 +37,7 @@ df <- as.data.frame(df) # Transformation en base de données ## Manipulation des données -Nous utiliserons essentiellement le packet {dplyr} de {Tidyverse} à cet effet. +Nous utiliserons essentiellement le paquet {dplyr} de {Tidyverse} à cet effet. En premier un aperçu de la base. @@ -117,8 +116,8 @@ Nous pouvons recalculer les incidences quotidiennes. ```{r} # Calcul des incidences journalières dff_p <- dff_p %>% - group_by(Country.Region) %>% - mutate(Incidence_journaliere = Incidence - lag(Incidence)) + group_by(Country.Region) %>% # Pour les regrouper par pays + mutate(Incidence_journaliere = Incidence - lag(Incidence)) # calcul des incidences journalières # Aperçu de la base tail(dff_p) @@ -146,14 +145,14 @@ dff_p <- dff_p %>% ### Le nouveau graphe, tous les pays -```{r message=FALSE, warning=FALSE} +```{r message=FALSE, warning=FALSE, fig.cap="Incidence journalière de covid 19, tous les pays"} dff_p %>% ggplot(aes(x = Dates, y = Incidence_journaliere_2, color = Country.Region)) + geom_line() + scale_color_viridis_d() + scale_y_continuous(labels = scales::label_number()) + theme_bw() + - labs(x = "", y = "Incidences journalières", color = "Pays", - title = "Incidences journalières de covid 19") + labs(x = "", y = "Incidence journalière", color = "Pays", + title = "Incidence journalière de covid 19") ``` @@ -171,3 +170,18 @@ dff_p %>% theme(legend.position = "none") # Pour supprimer la légende ``` +## Nombre total de cas confirmés + +Les incidences présentées par défaut étant des incidences cumulées, le nombre total de cas correspond donc à l'incidence cumulée à la date la plus récente, ou à l'incidence maximale renseignée (au cas où un pays serait en retard dans la notification de ses données). + +```{r fig.cap="Nombre de cas confirmés de covid 19"} +max(dff_p$Dates) +dff_p %>% filter(Dates == max(dff_p$Dates)) %>% # Date la plus récente uniquement + ggplot(aes(x = fct_reorder(Country.Region, Incidence), y = Incidence)) + + geom_col() + + coord_flip() + + theme_bw() + + labs(x = "", title = paste("Nombre de total de cas confirmés de covid 19 au", Sys.Date())) + + scale_y_continuous(labels = scales::number_format()) +``` + diff --git a/module3/exo3/doevi_exo3.pdf b/module3/exo3/doevi_exo3.pdf index db9cee450a340da1f8ee6c2486502d6298822d9c..005987934909750c13cfd34aeeb423c50036b76c 100644 Binary files a/module3/exo3/doevi_exo3.pdf and b/module3/exo3/doevi_exo3.pdf differ