Merge branch 'master' of...

Merge branch 'master' of https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/0c46a6992061d330dacd337aa0d1f077/mooc-rr

journal/Mon_journal_de_bord_en_markdown.md

+# La prise de note
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+**Inscription au wiki-mooc**
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+Afin d'acceder à l'espace gitlab,il a fallu s'incrire au wiki-mooc d'abord sur le lien ci-dessous
+Un lien vers:[fun-mooc.fr]{https://www.fun-mooc.fr/}
+Le lien ci-dessous permet d'acceder au contenu des cours aprés avoir fait l'inscription
+Un lien vers:[fun-mooc.fr]{https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/about}
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+**Familliarisation avec gitlab**
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+**Exercice 01.1**
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+On avait commencé par faire un petit exercice qui consistait à retrouver une chaine de caractére en utilisant la fonction de recherche gitlab
+en accedant au dépot gitlab ci-dessous pour trouver les deux fichiers contenant la chaîne de caractères **LE MOOC RECHERCHE REPRODUCTIBLE C'EST GENIAL?**
+Un lien vers:[fun-mooc.fr]{ https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-exo1}
+ET aussi de retrouvez le commit responsable de l'ajout du titre **Helloworld Python** ainsi que le numéro du commit en accedant au lien ci-dessous
+Un lien vers:[fun-mooc.fr] {https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-exo1.}
+La 3e question qui consistait d'écrire un fichier markdown était la plus longue à faire pour moi car il m'avait fallu suivre une vidéo afin de mieux fixer les idées. Cette vidéo m'avait permi de reproduire le module pdf qui se trouve au dessus de la partie **Module1** après avoir créé mon premier *fichier markdown.*
+
+**Exo01.2**
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+J'avais commis une erreur dès le debut car j'avait comparé le fichier pdf que  j'avais reproduit dans mon fichier markdown avant meme de tout terminer raison pour laquelle, parmi toutes les case à cocher, j'avais coché que une seule. Mais cela m'avait appris à rester vigilent pour le reste des exercices.
+
+**Ce qui m'avait un peu surpris**
+
+Le fait de pouvoir taper des codes pou résoudre des problèmes et de tracer aussi des graphes m'avait trop surpris car je ne m'attendais pas du tout à cela. Je m'entendais à quelque chose de purement littéraire jusqu'à l'utilisation de **l'outil jupyter** qui nous avait permis de tracer une coube et un histogramme, qui n'était pas d'ailleurs le seul outil à pouvoir etre utiliser car il y avait 2 autres à savoir: **l'outil R et l'outil orgmode**
+
+**Exo 3.1**
+
+On a utiliser encore **l'outil jupyter** afin *d'analyser l'incidence du syndrôme grippal avec une copie locale des données*. Le code à éxecuter été déjà dans notre base de données, il ne reste qu'à l'éxécuter pour avoir les resultats et de les comparer avec les resultats qui étaient dèjà proposés en dessous de notre exercice. Sauf que pour executer ce code, il m'a fallu **2 jours** pour comprendre exactement ce qu'on me demandait de faire. Autrement dit, j'avais mal compris la question. Toutes les fois que j'avais executé le code, il m'affichait un message d'erreur que je ne comprennais pas la source car toutes les commandes que j'utilisais étaient dèjà définies. C'était finalement que j'avais compris qu'il fallait executer le code section par section sinon cela ne marcherait pas.
+*Les vidéos* propoées aussi dans le **module 3** étaient vraiment intéressantes. Elles m'avaient permis de voire de savoir en quelque sorte les resultats que je devais avoir une fois terminé mon exercice.
+Et comme aussi lors de mon accés au **notebook**, la version francaise n'était pas accessible, j'ai du utiliser la version anglaise; raison pour laquelle **l'execice 3.1 dans mon espace gitlab** est en *anglais*.
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+**Quiz du Module 4**
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+Le visionage des *vidéos du module 4* m'a permis de faire les quiz dont les réponses sont présentées décrites ci-dessous
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+**Quiz 14**
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+Dans ce quiz, les réponses aux questions correspondantes sont:
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+**1)  Quelle est l’interview du module 1 où des données de nature hétérogène sont discutées ?**
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+*b.  L’interview avec la neurophysiologiste Isabel Llano*
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+**2) Que désigne-t-on par métadonnées ?**
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+**b. Des informations (données) sur les données**
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+**3) En français le nombre 21 se dit « vingt-et-un ». En allemand, on dit « einundzwanzig » (littéralement « un-et-vingt »). Quelle est la prononciation petit-boutiste et quelle est la prononciation gros-boutiste ?**
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+*a. Le français est gros-boutiste et l’allemand est petit-boutiste*
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+**4) Le format FITS est un format destiné à stocker des résultats d’ajustement de modèle (fit en anglais)**
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+*b. Non*
+
+**5) Le format FITS permet :**
+
+*a.De stocker données et métadonnées*
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+*c.De stocker des données de nature variée*
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+**6) Le format HDF5 est-il hiérarchique ?**
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+*a.Oui*
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+**7) Les (grosses) données peuvent être archivées et distribuées sur :**
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+*b.Figshare* 
+
+*c.Zenodo* 
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+**Quiz 15**
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+**1. Quels sont les limitations et les inconvénients d’un document computationnel (notebook) ?**
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+*a. Lorsque le code est long, il devient difficile d’avoir une vue d’ensemble*
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+*d. Les interactions entre différents langages peuvent être hasardeuses car elles sont peu explicites*
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+*f. Il n’est pas bien adapté à des calculs longs ou impliquant de gros volumes de données*
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+*g. La sauvegarde des résultats intermédiaires ou la poursuite d’un calcul après une interruption sont des processus généralement manuels, ce qui est source d’erreur* 
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+**2. Quels sont les avantages d’un workflow (3 réponses attendues) ?**
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+*a. Il permet de mieux structurer son code et de proposer une représentation graphique de haut niveau*
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+*b. Il se passe d’effets de bord, ce qui diminue les risques d’erreur*
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+*c. Il permet d’exploiter plus facilement une machine parallèle*
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+**3. Que peut-il se passer en terme de reproductibilité lorsque vous ne préservez pas l’environnement logiciel d’un calcul ?**
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+*a. Vous pouvez ne pas arriver à réexécuter votre calcul*
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+*b. Vos collègues peuvent ne pas arriver à réexécuter votre calcul*
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+*c. Le résultat des calculs peut changer*
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+**4. Comment préserver l’environnement logiciel d’un calcul effectué à l’aide du langage Python ou R ?**
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+*f. En utilisant un outil qui capture automatiquement l’ensemble des fichiers et de bibliothèques accédées lors du calcul*
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+
+*g. En travaillant dans un conteneur docker du début à la fin*
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+**5. Mettre à disposition l’environnement logiciel (sous forme binaire avec une image docker par exemple) d’un calcul permet à une tierce personne de :**
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+*b. Réexécuter ce calcul*
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+**6. Quelle plate-forme utiliser pour archiver et mettre à disposition un article de recherche ?**
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+*g. HAL ou ArXiv*
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+**7. Quelles plates-formes utiliser pour archiver et mettre à disposition des données ?**
+
+*h. Figshare*
+
+*j. Zenodo*
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+**8. Quelles plate-formes utiliser pour archiver et mettre à disposition du code ?**
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+ *f. Github ou Gitlab*
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+ *i. Software Heritage*
+ 
+**QUIZ 16**
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+**1. Quelles caractéristiques de l’arithmétique à virgule flottante rendent la reproductibilité difficile ?**
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+*a. Les compilateurs peuvent changer l’ordre des opérations*
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+*c. En calcul parallèle, l’ordre des opérations peut varier d’une exécution à l’autre*
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+**2. Quelles précautions augmentent la reproductibilité des nombres pseudo-aléatoires ?**
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+*b. Définir la graine dans le code d’application*
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+*c. Noter le numéro de version du générateur*