# Recherche reproductible : journal de bord

## 24 Septembre 2020

### Outils étudiés
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### Quizz réalisés

- __01__ : Nous utilisons tous des cahiers de notes
- __02__ : Un aperçu historique de la prise de notes
- __03__ : Du fichier texte au langage de balisage léger

Note : Etude historique de la prise de note des tablettes de cire jusqu'aux tablettes numériques

## 25 Septembre 2020

### Outils étudiés

- Rudiments du langage Markdown
- Outils de génération de fichier Markdown : Pandoc
- Rudiments de Gitlab
- Outils d'indexation et étiquettage

### Quizz réalisés

- __04__ : Pérénité et évolutivité avec la gestion de version
- __05__ : les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver

### Exercices réalisés

- __01-1__ : s'initier à GitLab
- __01-2__ : s'initier à Markdown
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## 26 Septembre 2020

### Outils étudiés

- Difficultés de la reproductibilité liés à de nombreux facteurs
- Quelques exemples de célèbres erreurs de recherche causées par des négligences
- Petit point sur l'open access et démystification

### Quizz réalisés

- __06__ Introduction à la reproductibilité
- __07__ Exemples récents d'études assez discutés
- __08__ Pourquoi est-ce difficile ?

Note : les quizzs sont assez difficiles car il est dur de trouver __les__ bonne réponse, souvent les choix sont assez nuancés et sont assez raccord avec les explications vidéos....

## 27 Septembre 2020

### Outils étudiés

- Introduction à Jupyter et au document computationnel
- Comment travailler avec des collaborateurs
- Analyse des différents environnements de travail présentés. 

R et Orgmod sont très puissants, mais j'ai fais le choix d'utiliser Jupyter car plus proche de mon style de besoin et moins long à mettre en place.
En somme, Jupyter est pour moi la façon de terminer ma thèse sans prendre trop de temps d'apprentissage en assurant une reproductibilité des résultats obtenus.

### Quizz réalisés

- __09__ Le document computationnel : principe
- __P01__ Prise en main de l'outil Jupyter
- __10__ Travailler avec les autres
- __11__ Analyse comparée des différents outils

Note : même remarque que précédemment, plusieurs réponses pertinentes, beaucoup de déduction à faire, il faudrait au moins indiquer le nombre de réponses attendues sur chaque question...