diff --git a/module3/exo2/exercice_fr.Rmd b/module3/exo2/exercice_fr.Rmd index 4985d9aa1f8a023e5025a01da86656a80dc3a2dc..68c29eb775ec39be35aa51d6b6fe97d46e754606 100644 --- a/module3/exo2/exercice_fr.Rmd +++ b/module3/exo2/exercice_fr.Rmd @@ -49,7 +49,7 @@ varicelle <- read_csv(dest_file, skip = 1) Les données obtenues sont de la forme : ```{r} head(varicelle) %>% - kable() %>% + kable(format = "html", escape = FALSE, align ="c") %>% kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left") ``` @@ -142,15 +142,6 @@ Les pics d'incidence semblent avoir lieu au mois d'avril chaque année, alors qu Étant donné que le pic de l'épidémie semble se situer au mois d'avril, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er septembre de l'année $N$ au 1er septembre de l'année $N+1$. Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de la varicelle est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. -```{r} -pic_annuel = function(annee) { - debut = paste0(annee-1,"-08-01") - fin = paste0(annee,"-08-01") - semaines = data$date > debut & data$date <= fin - sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE) - } -``` - ```{r} varicelle <- varicelle %>% # extraire l'année "civile" pour chaque ligne @@ -158,7 +149,7 @@ varicelle <- varicelle %>% group_by(annee_civile) %>% # si la date est avant le 1er septembre, année précédente, sinon année en cours mutate(annee_ref = ifelse(iso_week < as.POSIXct(paste0(annee_civile, "-09-01"), format = "%Y-%m-%d"), - annee_civile - 1, annee_civile)) %>% + annee_civile, annee_civile + 1)) %>% ungroup() ``` @@ -176,7 +167,6 @@ varicelle <- varicelle %>% ``` - ### Visualisation On peut maintenant observer l'incidence par année de référence. @@ -185,7 +175,8 @@ var_tableau <- varicelle %>% group_by(annee_ref) %>% summarise(inc_totale = sum(inc)) %>% ungroup() %>% - mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, format = "html", + mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, + format = "html", bold = TRUE, color = "white", background = ifelse(inc_totale == min(inc_totale), "lightgreen", @@ -194,8 +185,8 @@ var_tableau <- varicelle %>% var_tableau %>% filter(inc_totale %in% c(min(inc_totale), max(inc_totale))) %>% select(`Année` = annee_ref, `Incidence totale` = inc_totale_format) %>% - kable(format = "html", escape = F) %>% - kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left") + kable(format = "html", escape = FALSE, align ="c") %>% + kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "bordered"), full_width = F, position = "left") ``` On retrouve les résultats du tableau dans le graphe suivant :