From e312e0a8b7595aedd511176ec221afb332f46db0 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: aaaaaa <cool_username@dispostable.com>
Date: Fri, 5 Jun 2020 18:03:50 +0200
Subject: [PATCH] update format tableaux de sortie + correction calcul annee
 civile

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 module3/exo2/exercice_fr.Rmd | 21 ++++++---------------
 1 file changed, 6 insertions(+), 15 deletions(-)

diff --git a/module3/exo2/exercice_fr.Rmd b/module3/exo2/exercice_fr.Rmd
index 4985d9a..68c29eb 100644
--- a/module3/exo2/exercice_fr.Rmd
+++ b/module3/exo2/exercice_fr.Rmd
@@ -49,7 +49,7 @@ varicelle <- read_csv(dest_file, skip = 1)
 Les données obtenues sont de la forme :
 ```{r}
 head(varicelle) %>% 
-  kable() %>% 
+  kable(format = "html", escape = FALSE, align ="c") %>% 
   kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left")
 ```
 
@@ -142,15 +142,6 @@ Les pics d'incidence semblent avoir lieu au mois d'avril chaque année, alors qu
 
 Étant donné que le pic de l'épidémie semble se situer au mois d'avril, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er septembre de l'année $N$ au 1er septembre de l'année $N+1$.  
 Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de la varicelle est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. 
-```{r}
-pic_annuel = function(annee) {
-      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
-      fin = paste0(annee,"-08-01")
-      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
-      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
-      }
-```
-
 ```{r}
 varicelle <- varicelle %>% 
   # extraire l'année "civile" pour chaque ligne
@@ -158,7 +149,7 @@ varicelle <- varicelle %>%
   group_by(annee_civile) %>% 
   # si la date est avant le 1er septembre, année précédente, sinon année en cours
   mutate(annee_ref = ifelse(iso_week < as.POSIXct(paste0(annee_civile, "-09-01"), format = "%Y-%m-%d"),
-                            annee_civile - 1, annee_civile)) %>% 
+                            annee_civile, annee_civile + 1)) %>% 
   ungroup()
 ```
 
@@ -176,7 +167,6 @@ varicelle <- varicelle %>%
 ```
 
 
-
 ### Visualisation
 
 On peut maintenant observer l'incidence par année de référence.  
@@ -185,7 +175,8 @@ var_tableau <- varicelle %>%
   group_by(annee_ref) %>%
   summarise(inc_totale = sum(inc)) %>%
   ungroup() %>% 
-  mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, format = "html",
+  mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, 
+                                       format = "html",
                                        bold = TRUE,
                                        color = "white",
                                        background = ifelse(inc_totale == min(inc_totale), "lightgreen",
@@ -194,8 +185,8 @@ var_tableau <- varicelle %>%
 var_tableau %>%
   filter(inc_totale %in% c(min(inc_totale), max(inc_totale))) %>% 
   select(`Année` = annee_ref, `Incidence totale` = inc_totale_format) %>% 
-  kable(format = "html", escape = F) %>%
-  kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left")
+  kable(format = "html", escape = FALSE, align ="c") %>%
+  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "bordered"), full_width = F, position = "left")
 ```
 
 On retrouve les résultats du tableau dans le graphe suivant :
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2.18.1