diff --git a/journal/journalHelene31.md b/journal/journalHelene31.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..fa61162180ea17eac0daae57a0a5a59ffc200c01 --- /dev/null +++ b/journal/journalHelene31.md @@ -0,0 +1,104 @@ + + +# Journal Hélène 31 + +*Objet de ce document* +ce que vous apprenez dans ce MOOC: +les références qui vous paraissent utiles, etc. +des données quotidiennes qui vous intéressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2. + +## Data + +| date | weather | temperature | hours | +|:----------|:------------:|------------:|------:| +|23/03/2020 | sunny | 14 | 1 | +|24/03/2020 | windy | 14 | 1 | +|25/03/2020 | windy | 15 | 2 | +|26/03/2020 | cloudy | 10 | 3 | +|27/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|28/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|29/03/2020 | cloudy | 12 | 0 | +|30/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|31/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|01/04/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|02/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|03/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|04/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|05/04/2020 | sunny | 18 | 0 | +|06/04/2020 | sunny | 15 | 2 | +|15/04/2020 | sunny | 16 | 1 | +|16/04/2020 | sunny | 15 | 3 | +|20/04/2020 | rain | 10 | 2 | +|21/04/2020 | rain | 7 | 3 | + + +## Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire +### Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire +### Un aperçu historique de la prise de note +### Du fichier texte au langage balisage léger + +- Tutoriel trés complet sur markdown et pandoc +[https://enacit.epfl.ch/cours/markdown-pandoc/] + +- R Markdown: The Definitive Guide +[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/] + + -- Exemple Rmarkdown généré avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd] - (Fichier html généré avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html] + -- Résultat en html, fichier html généré avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html] +- Pandoc sur mon PC: + -- installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande +``` +C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md +``` + +### Pérennité et évolutivité des notes avec gitlab +- question sur client git pour windows: +*Trois outils sont proposés en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. +La solution avec RStudio me semble la plus simple à mettre en œuvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).* + + +- Manip à faire pour versionner avec git depuis RStudio +<<<<<<< HEAD + + -- Créer un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- (Autre tuto envoyé par Eric)[happygitwithr.com/] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit - compléter le message de commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrivais pas à le faire en utilisant l'interface graphique car au départ il y avait des accents dans le nom du fichier. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push + + -- Pb j'ai l'impression qu'il faut que je sois connectée à gitlab, et que j'ai fait un Save As du fichier. + + -- Créer un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrive pas à le faire en utilisant l'interface graphique. Je le fais en ligne de commande: + + --- git commit fichier Puis git push + + +### les étiquettes et logiciel d'indexation pour s'y retrouver +### Supports de cours +### exercices \ No newline at end of file diff --git "a/journal/journalH\303\251l\303\250ne31.md" "b/journal/journalH\303\251l\303\250ne31.md" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..494f4296b23c779b59c58e287071ba9a930c55dd --- /dev/null +++ "b/journal/journalH\303\251l\303\250ne31.md" @@ -0,0 +1,66 @@ + + +# Journal Hélène 31 + +*Objet de ce document* +ce que vous apprenez dans ce MOOC: +les références qui vous paraissent utiles, etc. +des données quotidiennes qui vous intéressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2. + +## Data + +| date | weather | temperature | hours | +|:----------|:------------:|------------:|------:| +|23/03/2020 | sunny | 14 | 1 | +|24/03/2020 | windy | 14 | 1 | +|25/03/2020 | windy | 15 | 2 | +|26/03/2020 | cloudy | 10 | 3 | +|27/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|28/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|29/03/2020 | cloudy | 12 | 0 | +|30/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|31/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|01/04/2020 | melted snow | 4 | 2 | + +## fin des données +## fin des données +## essai + +## Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire +### Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire +### Un aperçu historique de la prise de note +### Du fichier texte au langage balisage léger + +- Tutoriel trés complet sur markdown et pandoc +[https://enacit.epfl.ch/cours/markdown-pandoc/] + +- R Markdown: The Definitive Guide +[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/] + + -- Exemple Rmarkdown généré avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd] - (Fichier html généré avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html] + -- Résultat en html, fichier html généré avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html] +- Pandoc sur mon PC: + -- installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande +``` +C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md +``` + +### Pérennité et évolutivité des notes avec gitlab +- question sur client git pour windows: +*Trois outils sont proposés en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. +La solution avec RStudio me semble la plus simple à mettre en œuvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).* + + +- Manip à faire pour versionner avec git depuis RStudio + -- Créer un projet + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit + -- Bouton en haut "Git" + -- Commit + -- Push + -- Pb je n'arrive pas à le faire en utilisant l'interface graphique. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push + +### les étiquettes et logiciel d'indexation pour s'y retrouver +### Supports de cours +### exercices \ No newline at end of file diff --git a/module1/essai.md b/module1/essai.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..d55ffd66a3529eb32b726a4de2957da78680bc65 --- /dev/null +++ b/module1/essai.md @@ -0,0 +1 @@ +x <- 67 \ No newline at end of file diff --git a/module1/premier essai markdone.md b/module1/premier essai markdone.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1bd039e7c9337b4dd0957eaa9b428053cd5c9b1f --- /dev/null +++ b/module1/premier essai markdone.md @@ -0,0 +1,76 @@ +# le titre de la premiere section + +## le titre de la 2eme ss section +_italique_ *italique* +__gras__ **gras** +échasse fixeé 'chasse fixe' `chasse fixe` +--barré-- ~~barrer~~ + +un hyperline [Élaboration et conversion de documents avec Markdown et Pandoc](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/) + + +![une photo de chat](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/64/Collage_of_Six_Cats-02.jpg/290px-Collage_of_Six_Cats-02.jpg) + +liste à puce +- +1er élément +- 2 eme element +- 3 eme element + +numérotation +1. premier +2. deuxieme +3. ... + +Je peux imbriquer +1. ff + - a + - b +2. ggg +3. on continu + 1. au début + 2. ensuite + + +on va s'arrêter là + + + +# Nouvelle Section de Niveau 1 + +- liste de Voitures + 1. Porsche + 2. Ferrari +- Liste d'éditeurs + 1. Notepad++ + 2. TextEdit + +## Nouvelle Section de Niveau 2 + +Bonjour, c'est ma nouvelle Section de niveau 2, +qui permet de créer un heading de niveau 2 en HTML. + + +### C'est un paragraphe formé de plusieurs lignes + +

Ligne 1 du paragraphe

Ligne 2 du paragraphe
Ligne 3 du paragraphe +

+
+ +*Texte en Italique*
+ +__texte en gras__
+ +___texte en italique et gras___ + +
+[Lien vers Google](https://www.google.fr/) +
+ +![Image ](http://animtoit.fr/exemple-chien/) + + + + + + + diff --git a/module1/testmarkdown.Rmd b/module1/testmarkdown.Rmd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..09a928a956100a2ab3edfe9e85dd4d4e19e8d934 --- /dev/null +++ b/module1/testmarkdown.Rmd @@ -0,0 +1,30 @@ +--- +title: "test" +author: "helene" +date: "26 mars 2020" +output: html_document +--- + +```{r setup, include=FALSE} +knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) +``` + +## R Markdown + +This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see . + +When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this: + +```{r cars} +summary(cars) +``` + +## Including Plots + +You can also embed plots, for example: + +```{r pressure, echo=FALSE} +plot(pressure) +``` + +Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot. diff --git a/module2/exo1/toy_document_fr.Rmd b/module2/exo1/toy_document_fr.Rmd index 7eece5e296bb586e88166aa8a263ca75b44c2b9e..9388fc301eb6f9db1d18b5677261e8395bf6f246 100644 --- a/module2/exo1/toy_document_fr.Rmd +++ b/module2/exo1/toy_document_fr.Rmd @@ -1,33 +1,50 @@ --- -title: "Votre titre" -author: "Votre nom" -date: "La date du jour" +title: "À propos du calcul de pi" +author: "Isaac KABRE" +date: "10 avril 2020" output: html_document --- -```{r setup, include=FALSE} -knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) -``` - -## Quelques explications - -Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez . +## En demandant à la lib maths -Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante: +Mon ordinateur m'indique que $\pi$ vaut approximativement -```{r cars} -summary(cars) ``` +pi +``` + +## En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon -Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple: +Mais calculé avec la **méthode** des [aiguilles de Buffon](https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon), on obtiendrait comme **approximation** : -```{r pressure, echo=FALSE} -plot(pressure) +```{r } +set.seed(42) +N = 100000 +x = runif(N) +theta = pi/2*runif(N) +2/(mean(x+sin(theta)>1)) ``` -Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. +## Avec un argument “fréquentiel” de surface + +Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas intervenir d’appel à la fonction sinus se base sur le fait que si +$X \sim U(0,1)$ et +$Y \sim U(0,1)$ alors +$P[X^{2} + Y^{2} \le 1]= \pi /4$ +(voir [méthode de Monte Carlo sur Wikipedia](https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80). Le code suivant illustre ce fait: + +```{r } +set.seed(42) +N = 1000 +df = data.frame(X = runif(N), Y = runif(N)) +df$Accept = (df$X**2 + df$Y**2 <=1) +library(ggplot2) +ggplot(df, aes(x=X,y=Y,color=Accept)) + geom_point(alpha=.2) + coord_fixed() + theme_bw() +``` +Il est alors aisé d’obtenir une approximation (pas terrible) de π en comptant combien de fois, en moyenne, $X{2}+Y{2}$ est inférieur à 1: -Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter. -Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel. +```{r } +4*mean(df$Accept) +``` \ No newline at end of file diff --git a/module2/exo1/toy_document_fr.html b/module2/exo1/toy_document_fr.html new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..16fee120fbfc39754b23f5e3ab6df4fa07f13088 --- /dev/null +++ b/module2/exo1/toy_document_fr.html @@ -0,0 +1,42 @@ +--- +title: "À Propos du calcul de pi" +author: "Arnaud Legrand" +date: "06/25/2020" +output: html_document +--- + +## En demandant à la lib maths +Mon ordinateur m'indique que \pi vaut *approximativement* + +```{r} +pi +``` + +## En tulisant la méthode des aiguilles de Buffon +Mais calculer avec la **méthode** des [aiguilles de Buffon](https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon), on obtiendrait comme **approximation** : +```{r} +set.seed(42) +N = 100000 +x = runif(N) +theta = pi/2*runif(N) +2/(mean(x+sin(theta)>1)) +``` + +## Avec un argument “fréquentiel” de surface + +Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas intervenir d’appel à la fonction sinus se base sur le fait que si X∼U(0,1) et Y∼U(0,1) alors P[X2+Y2≤1]=\pi/4 (voir [méthode de Monte Carlo sur Wikipedia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Méthode_de_Monte-Carlo#Détermination_de_la_valeur_de_π)). Le code suivant illustre ce fait: + +```{r} +set.seed(42) +N = 1000 +df = data.frame(X = runif(N), Y = runif(N)) +df$Accept = (df$X**2 + df$Y**2 <=1) +library(ggplot2) +ggplot(df, aes(x=X,y=Y,color=Accept)) + geom_point(alpha=.2) + coord_fixed() + theme_bw() +``` + +Il est alors aisé d’obtenir une approximation (pas terrible) de \pi en comptant combien de fois, en moyenne, X2+Y2 est inférieur à 1: + +```{r} +4*mean(df$Accept) +``` \ No newline at end of file diff --git a/module2/exo2/exercice_fr.Rmd b/module2/exo2/exercice_fr.Rmd index 7eece5e296bb586e88166aa8a263ca75b44c2b9e..1d81840192c00b8107ba1f54ba9f27331892e83d 100644 --- a/module2/exo2/exercice_fr.Rmd +++ b/module2/exo2/exercice_fr.Rmd @@ -1,33 +1,28 @@ --- -title: "Votre titre" -author: "Votre nom" -date: "La date du jour" +title: "Savoir faire un calcul simple soi-même" +author: "Hélène Raynal" +date: "7 avril 2020" output: html_document --- -```{r setup, include=FALSE} -knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) -``` - -## Quelques explications +## Création du vecteur des données -Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez . -Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante: +```{r } +dataMooc <- c(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0) -```{r cars} -summary(cars) ``` -Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple: +## Quelques stats simples -```{r pressure, echo=FALSE} -plot(pressure) -``` -Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. -Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter. +```{r } +mean(dataMooc) +min(dataMooc) +max(dataMooc) +median(dataMooc) +sd(dataMooc) +``` -Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel. diff --git a/module2/exo2/exercice_fr.html b/module2/exo2/exercice_fr.html new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..9a260c5a5045ad1c98567d6ed1b10d32a30c6d48 --- /dev/null +++ b/module2/exo2/exercice_fr.html @@ -0,0 +1,449 @@ + + + + + + + + + + + + + + +Savoir faire un calcul simple soi-même + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + +
+

Création du vecteur des données

+
dataMooc <- c(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0)
+
+
+

Quelques stats simples

+
mean(dataMooc)
+
## [1] 14.113
+
min(dataMooc)
+
## [1] 2.8
+
max(dataMooc)
+
## [1] 23.4
+
median(dataMooc)
+
## [1] 14.5
+
sd(dataMooc)
+
## [1] 4.334094
+
+ + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/module2/exo3/exercice_fr.Rmd b/module2/exo3/exercice_fr.Rmd index 7eece5e296bb586e88166aa8a263ca75b44c2b9e..aa23497a3086581b79f018e0b13ee332f4a0446d 100644 --- a/module2/exo3/exercice_fr.Rmd +++ b/module2/exo3/exercice_fr.Rmd @@ -1,33 +1,28 @@ --- -title: "Votre titre" -author: "Votre nom" -date: "La date du jour" +title: "Savoir faire des graphiques" +author: "Hélène Raynal" +date: "7 avril 2020" output: html_document --- -```{r setup, include=FALSE} -knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) -``` - -## Quelques explications +## Création du vecteur des données -Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez . -Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante: +```{r } +dataMooc <- c(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0) -```{r cars} -summary(cars) ``` -Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple: -```{r pressure, echo=FALSE} -plot(pressure) -``` +## Courbe -Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. -Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter. +```{r } +plot(dataMooc, type="l", col="blue") +``` -Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel. +## Histogramme +```{r } +hist(dataMooc, col="blue") +``` \ No newline at end of file diff --git a/module2/exo3/exercice_fr.html b/module2/exo3/exercice_fr.html new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..50e32a51f62fc25bd143b0ee1495baf2c9fb2633 --- /dev/null +++ b/module2/exo3/exercice_fr.html @@ -0,0 +1,446 @@ + + + + + + + + + + + + + + +Savoir faire des graphiques + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + +
+

Création du vecteur des données

+
dataMooc <- c(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0)
+
+
+

Courbe

+
plot(dataMooc, type="l", col="blue")
+

+
+
+

Histogramme

+
hist(dataMooc, col="blue")
+

+
+ + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv b/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..49250fdcb5c70d025addfac82367c76c62705216 --- /dev/null +++ b/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv @@ -0,0 +1,21 @@ +Date;Auvergne-Rhone-Alpes;Bourgogne-Franche-Comt;Bretagne;Centre-Val de Loire;Corse;Grand Est;Hauts-de-France;Ile-de-France;Normandie;Nouvelle-Aquitaine;Occitanie;Pays de la Loire;PACA;Guadeloupe;Saint-Barth;Saint-Martin;Guyane;Martinique;Mayotte;La Runion +2020/03/04;49;16;23;0;0;38;65;55;2;5;9;7;13;3;0;0;0;0;0;0 +2020/03/05;64;39;29;2;3;77;74;76;6;8;11;8;18;3;0;0;5;0;0;0 +2020/03/06;75;78;32;11;3;136;97;89;11;11;18;16;26;0;1;2;5;2;0;0 +2020/03/07;102;129;40;16;5;250;173;104;11;17;36;18;38;0;1;2;5;2;0;0 +2020/03/10;249;123;83;19;42;489;249;468;40;57;70;31;110;0;1;2;5;3;0;0 +2020/03/11;264;155;94;20;51;578;263;492;54;66;87;34;111;0;1;2;5;3;0;1 +2020/03/12;329;219;117;30;64;699;349;577;68;87;133;41;147;0;1;2;6;4;0;3 +2020/03/13;416;272;155;33;85;911;397;721;97;114;172;55;212;1;1;2;6;6;0;5 +2020/03/14;454;339;182;54;106;1085;466;949;127;130;214;82;281;3;1;2;7;10;1;6 +2020/03/15;523;412;207;71;115;1378;507;1209;143;144;243;98;330;6;3;2;7;15;1;9 +2020/03/16;618;507;233;90;126;1543;585;1762;156;178;262;108;405;18;3;2;11;16;1;9 +2020/03/17;710;549;247;103;145;1820;612;2177;174;200;311;126;478;27;3;3;11;19;3;12 +2020/03/18;858;593;273;128;152;2163;665;2693;208;237;371;128;574;33;3;4;11;23;3;14 +2020/03/19;1014;696;297;157;162;2643;700;3384;241;280;444;160;693;45;3;4;15;32;6;19 +2020/03/20;1101;770;346;219;168;3006;759;3818;287;432;537;190;826;51;3;4;15;32;7;38 +2020/03/21;1266;903;359;254;173;3089;791;4695;345;521;611;234;1041;56;3;5;18;37;11;47 +2020/03/22;1431;1178;397;291;183;3395;936;5283;462;612;671;270;1372;58;3;6;19;44;14;64 +2020/03/23;1730;1347;490;361;194;4256;1269;6211;511;676;767;293;1510;62;3;8;20;53;24;71 +2020/03/24;1857;1510;526;450;217;4922;1532;6798;586;789;900;343;1595;73;3;8;23;57;30;83 +2020/03/25;2093;1569;603;561;225;5479;1753;7660;688;912;1082;368;1927;76;3;11;28;66;35;94 diff --git a/module2/exo4/journalHelene31.Rmd b/module2/exo4/journalHelene31.Rmd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..6716a217d1806806db2bb85e4be0c49c2c6de632 --- /dev/null +++ b/module2/exo4/journalHelene31.Rmd @@ -0,0 +1,127 @@ +--- +title: "Exercice 3 Module 2" +author: "Hélène Raynal" +date: "21 avril 2020" +output: html_document +--- + + + +# Journal Hélène 31 + +*Objet de ce document* +ce que vous apprenez dans ce MOOC: +les références qui vous paraissent utiles, etc. +des données quotidiennes qui vous intéressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2. + +## Data + +| date | weather | temperature | hours | +|:----------|:------------:|------------:|------:| +|23/03/2020 | sunny | 14 | 1 | +|24/03/2020 | windy | 14 | 1 | +|25/03/2020 | windy | 15 | 2 | +|26/03/2020 | cloudy | 10 | 3 | +|27/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|28/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|29/03/2020 | cloudy | 12 | 0 | +|30/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|31/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|01/04/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|02/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|03/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|04/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|05/04/2020 | sunny | 18 | 0 | +|06/04/2020 | sunny | 15 | 2 | +|15/04/2020 | sunny | 16 | 1 | +|16/04/2020 | sunny | 15 | 3 | +|20/04/2020 | rain | 10 | 2 | +|21/04/2020 | rain | 7 | 3 | + + +## Suivi des data coronavirus + + +```{r } +setwd("C:/Users/hraynal/EspaceTravailBadet/FORMATION_PERSO/2020-Reproductibilite/moocrr-reproducibility-study/module2/exo4") +library(ggplot2) +monDataset <- read.csv("covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv", sep=";") +#summary(monDataset) +max(monDataset$Occitanie) +ggplot(monDataset) + + geom_point(aes(x = Date, y = Occitanie), + color = "darkgreen") + +``` + + +## Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire +### Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire +### Un aperçu historique de la prise de note +### Du fichier texte au langage balisage léger + +- Tutoriel trés complet sur markdown et pandoc +[https://enacit.epfl.ch/cours/markdown-pandoc/] + +- R Markdown: The Definitive Guide +[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/] + + -- Exemple Rmarkdown généré avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd] - (Fichier html généré avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html] + -- Résultat en html, fichier html généré avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html] +- Pandoc sur mon PC: + -- installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande +``` +C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md +``` + +### Pérennité et évolutivité des notes avec gitlab +- question sur client git pour windows: +*Trois outils sont proposés en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. +La solution avec RStudio me semble la plus simple à mettre en œuvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).* + + +- Manip à faire pour versionner avec git depuis RStudio +<<<<<<< HEAD + + -- Créer un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- (Autre tuto envoyé par Eric)[happygitwithr.com/] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit - compléter le message de commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrivais pas à le faire en utilisant l'interface graphique car au départ il y avait des accents dans le nom du fichier. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push + + -- Pb j'ai l'impression qu'il faut que je sois connectée à gitlab, et que j'ai fait un Save As du fichier. + + -- Créer un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrive pas à le faire en utilisant l'interface graphique. Je le fais en ligne de commande: + + --- git commit fichier Puis git push + + +### les étiquettes et logiciel d'indexation pour s'y retrouver +### Supports de cours +### exercices \ No newline at end of file diff --git a/module2/exo4/journalHelene31.html b/module2/exo4/journalHelene31.html new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..b40e5c7a41ffaa17bb55a515af06fb38acbfcda9 --- /dev/null +++ b/module2/exo4/journalHelene31.html @@ -0,0 +1,631 @@ + + + + + + + + + + + + + + +Exercice 3 Module 2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + +

+
+

Journal Hélène 31

+

Objet de ce document ce que vous apprenez dans ce MOOC: les références qui vous paraissent utiles, etc. des données quotidiennes qui vous intéressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2.

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+

Data

+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
dateweathertemperaturehours
23/03/2020sunny141
24/03/2020windy141
25/03/2020windy152
26/03/2020cloudy103
27/03/2020sunny180
28/03/2020sunny180
29/03/2020cloudy120
30/03/2020melted snow42
31/03/2020melted snow42
01/04/2020melted snow42
02/04/2020sunny150
03/04/2020sunny150
04/04/2020sunny150
05/04/2020sunny180
06/04/2020sunny152
15/04/2020sunny161
16/04/2020sunny153
20/04/2020rain102
21/04/2020rain73
+
+
+

Suivi des data coronavirus

+
setwd("C:/Users/hraynal/EspaceTravailBadet/FORMATION_PERSO/2020-Reproductibilite/moocrr-reproducibility-study/module2/exo4")
+library(ggplot2)
+monDataset <- read.csv("covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv", sep=";")
+#summary(monDataset)
+
+ggplot(monDataset) +
+    geom_point(aes(x = Date, y = Occitanie), 
+             color = "darkgreen")
+

+
+
+

Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire

+
+

Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire

+
+
+

Un aperçu historique de la prise de note

+
+
+

Du fichier texte au langage balisage léger

+ +

– Exemple Rmarkdown généré avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd] - (Fichier html généré avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html] – Résultat en html, fichier html généré avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html] - Pandoc sur mon PC: – installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande

+
C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md
+
+
+

Pérennité et évolutivité des notes avec gitlab

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    +

  • question sur client git pour windows: Trois outils sont proposés en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. La solution avec RStudio me semble la plus simple à mettre en œuvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).

    • +

  • Manip à faire pour versionner avec git depuis RStudio <<<<<<< HEAD

    • +
+

– Créer un projet

+

– (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html]

+

– (Autre tuto envoyé par Eric)[happygitwithr.com/]

+

– Pb “git: ‘credential-cache’ is not a git command” Faire:To remove the message, “git: ‘credential-cache’ is not a git command.”, run “git config –global –unset credential.helper”

+

– Depuis l’interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit

+

– Bouton en haut “Git”

+

– Commit - compléter le message de commit

+

– Push

+

– Pb je n’arrivais pas à le faire en utilisant l’interface graphique car au départ il y avait des accents dans le nom du fichier. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push

+

– Pb j’ai l’impression qu’il faut que je sois connectée à gitlab, et que j’ai fait un Save As du fichier.

+

– Créer un projet

+

– (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html]

+

– Pb “git: ‘credential-cache’ is not a git command” Faire:To remove the message, “git: ‘credential-cache’ is not a git command.”, run “git config –global –unset credential.helper”

+

– Depuis l’interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit

+

– Bouton en haut “Git”

+

– Commit

+

– Push

+

– Pb je n’arrive pas à le faire en utilisant l’interface graphique. Je le fais en ligne de commande:

+

— git commit fichier Puis git push

+
+
+

les étiquettes et logiciel d’indexation pour s’y retrouver

+
+
+

Supports de cours

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+
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exercices

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+
+
+ + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/module2/exo5/challenger.pdf b/module2/exo5/challenger.pdf new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..e2648931f090ed3df283f19604f43214e5de3870 Binary files /dev/null and b/module2/exo5/challenger.pdf differ diff --git a/module2/exo5/exo5_fr.Rmd b/module2/exo5/exo5_fr.Rmd index 479d7823321976e2d925d00ea599e205bfbd8cc7..4faee794e69de918816f31b15e4ea36ad1a11a37 100644 --- a/module2/exo5/exo5_fr.Rmd +++ b/module2/exo5/exo5_fr.Rmd @@ -1,124 +1,34 @@ --- -title: "Analyse du risque de défaillance des joints toriques de la navette Challenger" -author: "Arnaud Legrand" -date: "28 juin 2018" +title: "Exo 5 shuttle" +author: "Hélène Raynal" +date: "21 avril 2020" output: html_document --- -Le 27 Janvier 1986, veille du décollage de la navette _Challenger_, eu -lieu une télé-conférence de trois heures entre les ingénieurs de la -Morton Thiokol (constructeur d'un des moteurs) et de la NASA. La -discussion portait principalement sur les conséquences de la -température prévue au moment du décollage de 31°F (juste en dessous de -0°C) sur le succès du vol et en particulier sur la performance des -joints toriques utilisés dans les moteurs. En effet, aucun test -n'avait été effectué à cette température. -L'étude qui suit reprend donc une partie des analyses effectuées cette -nuit là et dont l'objectif était d'évaluer l'influence potentielle de -la température et de la pression à laquelle sont soumis les joints -toriques sur leur probabilité de dysfonctionnement. Pour cela, nous -disposons des résultats des expériences réalisées par les ingénieurs -de la NASA durant les 6 années précédant le lancement de la navette -Challenger. +### Création du vecteur des données -# Chargement des données -Nous commençons donc par charger ces données: -```{r} -data = read.csv("shuttle.csv",header=T) -data -``` - -Le jeu de données nous indique la date de l'essai, le nombre de joints -toriques mesurés (il y en a 6 sur le lançeur principal), la -température (en Farenheit) et la pression (en psi), et enfin le -nombre de dysfonctionnements relevés. - -# Inspection graphique des données -Les vols où aucun incident n'est relevé n'apportant aucun information -sur l'influence de la température ou de la pression sur les -dysfonctionnements, nous nous concentrons sur les expériences où au -moins un joint a été défectueux. +```{r } +dataShuttle <- read.csv("shuttle.csv",header=T) +summary(dataShuttle) -```{r} -data = data[data$Malfunction>0,] -data ``` +### Vols où il y a eu des pb +```{r } +pb <- dataShuttle[dataShuttle$Malfunction>0,] +pb -Très bien, nous avons une variabilité de température importante mais -la pression est quasiment toujours égale à 200, ce qui devrait -simplifier l'analyse. - -Comment la fréquence d'échecs varie-t-elle avec la température ? -```{r} -plot(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, ylim=c(0,1)) ``` -À première vue, ce n'est pas flagrant mais bon, essayons quand même -d'estimer l'impact de la température $t$ sur la probabilité de -dysfonctionnements d'un joint. - -# Estimation de l'influence de la température - -Supposons que chacun des 6 joints toriques est endommagé avec la même -probabilité et indépendamment des autres et que cette probabilité ne -dépend que de la température. Si on note $p(t)$ cette probabilité, le -nombre de joints $D$ dysfonctionnant lorsque l'on effectue le vol à -température $t$ suit une loi binomiale de paramètre $n=6$ et -$p=p(t)$. Pour relier $p(t)$ à $t$, on va donc effectuer une -régression logistique. +### Lien entre pb et température +```{r } +plot(data=pb, pb$Malfunction/Count ~ pb$Temperature, ylim=c(0,1)) +``` -```{r} -logistic_reg = glm(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, +### Régression logistique +```{r } +logistic_reg = glm(data=pb, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, family=binomial(link='logit')) summary(logistic_reg) -``` - -L'estimateur le plus probable du paramètre de température est 0.001416 -et l'erreur standard de cet estimateur est de 0.049, autrement dit on -ne peut pas distinguer d'impact particulier et il faut prendre nos -estimations avec des pincettes. - -# Estimation de la probabilité de dysfonctionnant des joints toriques -La température prévue le jour du décollage est de 31°F. Essayons -d'estimer la probabilité de dysfonctionnement des joints toriques à -cette température à partir du modèle que nous venons de construire: - -```{r} -# shuttle=shuttle[shuttle$r!=0,] -tempv = seq(from=30, to=90, by = .5) -rmv <- predict(logistic_reg,list(Temperature=tempv),type="response") -plot(tempv,rmv,type="l",ylim=c(0,1)) -points(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature) -``` - -Comme on pouvait s'attendre au vu des données initiales, la -température n'a pas d'impact notable sur la probabilité d'échec des -joints toriques. Elle sera d'environ 0.2, comme dans les essais -précédents où nous il y a eu défaillance d'au moins un joint. Revenons -à l'ensemble des données initiales pour estimer la probabilité de -défaillance d'un joint: - -```{r} -data_full = read.csv("shuttle.csv",header=T) -sum(data_full$Malfunction)/sum(data_full$Count) -``` - -Cette probabilité est donc d'environ $p=0.065$, sachant qu'il existe -un joint primaire un joint secondaire sur chacune des trois parties du -lançeur, la probabilité de défaillance des deux joints d'un lançeur -est de $p^2 \approx 0.00425$. La probabilité de défaillance d'un des -lançeur est donc de $1-(1-p^2)^3 \approx 1.2%$. Ça serait vraiment -pas de chance... Tout est sous contrôle, le décollage peut donc avoir -lieu demain comme prévu. - -Seulement, le lendemain, la navette Challenger explosera et emportera -avec elle ses sept membres d'équipages. L'opinion publique est -fortement touchée et lors de l'enquête qui suivra, la fiabilité des -joints toriques sera directement mise en cause. Au delà des problèmes -de communication interne à la NASA qui sont pour beaucoup dans ce -fiasco, l'analyse précédente comporte (au moins) un petit -problème... Saurez-vous le trouver ? Vous êtes libre de modifier cette -analyse et de regarder ce jeu de données sous tous les angles afin -d'expliquer ce qui ne va pas. +``` \ No newline at end of file diff --git a/module3/exo3/ConcentrationCO2.Rmd b/module3/exo3/ConcentrationCO2.Rmd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..4c254d9fc4691a2ecce21a29d5d6289d91b94722 --- /dev/null +++ b/module3/exo3/ConcentrationCO2.Rmd @@ -0,0 +1,133 @@ +--- +title: "Concentration de CO2 dans l'atmosphère depuis 1958" +author: "Hélène Raynal" +date: "21 avril 2020" +output: html_document +--- + + +### Sujet + +En 1958, Charles David Keeling a initié une mesure de la concentration de CO2 dans l'atmosphère à l'observatoire de Mauna Loa, Hawaii, États-Unis qui continue jusqu'à aujourd'hui. L'objectif initial était d'étudier la variation saisonnière, mais l'intérêt s'est déplacé plus tard vers l'étude de la tendance croissante dans le contexte du changement climatique. En honneur à Keeling, ce jeu de données est souvent appelé "Keeling Curve" (voir (https://en.wikipedia.org/wiki/Keeling_Curve) pour l'histoire et l'importance de ces données). + +Les données sont disponibles sur le site Web de l'institut Scripps. Utilisez le fichier avec les observations hebdomadaires. Attention, ce fichier est mis à jour régulièrement avec de nouvelles observations. Notez donc bien la date du téléchargement, et gardez une copie locale de la version précise que vous analysez. Faites aussi attention aux données manquantes. + + +### Pré-requis +Traitement de suites chronologiques + +Quelques références: + +- [caschrono: Séries Temporelles Avec R] (https://cran.r-project.org/web/packages/caschrono/) - Yves Aragon - Université Toulouse Capitole - 28 janvier 2019 + + +### Create dataframe and load R libraries required for the different statistical treatments + +The data file below contains 10 columns. + +- Columns 1-4 give the dates in several redundant formats. +- Column 5 below gives monthly Mauna Loa CO2 concentrations in micro-mol CO2 per mole (ppm), reported on the 2008A SIO manometric mole fraction scale. This is thestandard version of the data most often sought. The monthly values have been adjusted to 24:00 hours on the 15th of each month. +- Column 6 gives the same data after a seasonal adjustment to remove the quasi-regular seasonal cycle. The adjustment involves subtracting from the data a 4-harmonic fit with a linear gain factor. +- Column 7 is a smoothed version of the data generated from a stiff cubic spline function plus 4-harmonic functions with linear gain. +- Column 8 is the same smoothed version with the seasonal cycle removed. +- Column 9 is identical to Column 5 except that the missing values from Column 5 have been filled with values from Column 7. +- Column 10 is identical to Column 6 except missing values have been filled with values from Column 8. + +Missing values are denoted by -99.99 + + CO2 concentrations are measured on the '08A' calibration scale + +```{r } +library(tidyverse) +library(forecast) +library(lubridate) +library(car) +library(scales) +library(patchwork) +library(kableExtra) + +dataCO2 <- read.csv("monthly_in_situ_co2_mlo.csv", sep="," ,skip = 57) +colnames(dataCO2) <- c("Year", "Month","Date1", "Date2", "ObsCO2", "SeasAdjCO2","SplineAdjCO2", "SplineAdjCO2Trend", "ObsCO2Comp", "SeasAdjCO2Comp") +summary(dataCO2) + +dataCO2$Date <- ymd(paste0(dataCO2$Year, " ", dataCO2$Month, " ", "15")) + +``` + + +** Remplacement dans la série des valeurs observées, des valeurs manquantes -99.99 par celles qui sont interpolées +** on enlève ensuite les observations manquantes +```{r } + + + +dataCO2 <- dataCO2[dataCO2$ObsCO2Comp != "-99.99", ] + +``` + +** Create a column Date with format YYYY MM DD +```{r } + + +dataCO2$Date <- ymd(paste0(dataCO2$Year, "-", dataCO2$Month, "-", "15")) + +``` + + +### Représentation des résultats + +```{r } +ggplot(dataCO2,aes(Date, dataCO2$ObsCO2Comp)) + + geom_line(color='orange') + + xlab("Year, Month") + + scale_x_date(date_labels = "%Y-%m", date_breaks = "5 year") + + theme(axis.text.x = element_text(face = "bold", color = "#993333", + size = 12, angle = 45, hjust = 1)) + + ylab("CO2 Concentration (ppm)") + + scale_y_continuous() + + theme(axis.text.y = element_text(face = "bold", color = "#993333", + size = 10, hjust = 1),axis.title.y = element_text(size = 10)) + + ggtitle("Graphique 1") + +``` + +```{r } + + library(viridis) + +dataCO2_by_year <- dataCO2 %>% group_by("Year") +ggplot(dataCO2_by_year, aes(dataCO2_by_year$Month,dataCO2_by_year$ObsCO2Comp )) + + geom_line(aes( group = dataCO2_by_year$Year , colour=dataCO2_by_year$Year)) + + xlab("Month")+ + ylab("CO2 Concentration (ppm)") + + ggtitle("Graphique saisonnier") +``` + + + +### Modélisation + +** Doc + +(https://github.com/Peymankor/Data-Science_Portfolio/blob/master/Time%20Series%20Analysis-Historical%20Co2/medium_post.Rmd) + +Série n'est pas stationnaire comme le montre le graphique + +Série montre une saisonnalité voir graphique 2 + +Now, knowing the the non-statinary and seasonality of the data, it suggest to use theseasons differencing to model the data. To answer, + + +* How is Autocorelation function and Partial Auto corellation? + +Here is the plot of ACF and PACF from the *forecast* package: + +```{r} +Co2_train <- ts(dataCO2_by_year$ObsCO2Comp, start = c(1958,3), frequency = 12) +Co2_train %>% ggtsdisplay() +``` + + +```{r} +Co2_train %>% diff(lag=12) %>% diff() %>% ggtsdisplay() +``` \ No newline at end of file diff --git a/module3/exo3/monthly_in_situ_co2_mlo.csv b/module3/exo3/monthly_in_situ_co2_mlo.csv new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..dff2f6567482264a29ede5dac5918207d4e86e5d --- /dev/null +++ b/module3/exo3/monthly_in_situ_co2_mlo.csv @@ -0,0 +1,813 @@ +------------------------------------------------------------------------------------------- + Atmospheric CO2 concentrations (ppm) derived from in situ air measurements + at Mauna Loa, Observatory, Hawaii: Latitude 19.5°N Longitude 155.6°W Elevation 3397m + + Source: R. F. Keeling, S. J. Walker, S. C. Piper and A. F. Bollenbacher + Scripps CO2 Program ( http://scrippsco2.ucsd.edu ) + Scripps Institution of Oceanography (SIO) + University of California + La Jolla, California USA 92093-0244 + + Status of data and correspondence: + + These data are subject to revision based on recalibration of standard gases. Questions + about the data should be directed to Dr. Ralph Keeling (rkeeling@ucsd.edu), Stephen Walker + (sjwalker@ucsd.edu) and Stephen Piper (scpiper@ucsd.edu), Scripps CO2 Program. + + Baseline data in this file through 17-Apr-2020 from archive dated 20-Apr-2020 08:06:03 + +------------------------------------------------------------------------------------------- + + Please cite as: + + C. D. Keeling, S. C. Piper, R. B. Bacastow, M. Wahlen, T. P. Whorf, M. Heimann, and + H. A. Meijer, Exchanges of atmospheric CO2 and 13CO2 with the terrestrial biosphere and + oceans from 1978 to 2000. I. Global aspects, SIO Reference Series, No. 01-06, Scripps + Institution of Oceanography, San Diego, 88 pages, 2001. + + If it is necessary to cite a peer-reviewed article, please cite as: + + C. D. Keeling, S. C. Piper, R. B. Bacastow, M. Wahlen, T. P. Whorf, M. Heimann, and + H. A. Meijer, Atmospheric CO2 and 13CO2 exchange with the terrestrial biosphere and + oceans from 1978 to 2000: observations and carbon cycle implications, pages 83-113, +" in A History of Atmospheric CO2 and its effects on Plants, Animals, and Ecosystems"", """ + editors, Ehleringer, J.R., T. E. Cerling, M. D. Dearing, Springer Verlag, + New York, 2005. + +------------------------------------------------------------------------------------------- + + The data file below contains 10 columns. Columns 1-4 give the dates in several redundant + formats. Column 5 below gives monthly Mauna Loa CO2 concentrations in micro-mol CO2 per + mole (ppm), reported on the 2008A SIO manometric mole fraction scale. This is the + standard version of the data most often sought. The monthly values have been adjusted + to 24:00 hours on the 15th of each month. Column 6 gives the same data after a seasonal + adjustment to remove the quasi-regular seasonal cycle. The adjustment involves + subtracting from the data a 4-harmonic fit with a linear gain factor. Column 7 is a + smoothed version of the data generated from a stiff cubic spline function plus 4-harmonic + functions with linear gain. Column 8 is the same smoothed version with the seasonal + cycle removed. Column 9 is identical to Column 5 except that the missing values from + Column 5 have been filled with values from Column 7. Column 10 is identical to Column 6 + except missing values have been filled with values from Column 8. Missing values are + denoted by -99.99 + + CO2 concentrations are measured on the '08A' calibration scale + + Yr, Mn, Date, Date, CO2,seasonally, fit, seasonally, CO2, seasonally + , , , , , adjusted, ,adjusted fit, filled,adjusted filled + , , Excel, , [ppm], [ppm] , [ppm], [ppm], [ppm], [ppm] +1958, 01, 21200, 1958.0411, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99 +1958, 02, 21231, 1958.1260, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99, -99.99 +1958, 03, 21259, 1958.2027, 315.70, 314.44, 316.18, 314.91, 315.70, 314.44 +1958, 04, 21290, 1958.2877, 317.46, 315.16, 317.30, 314.99, 317.46, 315.16 +1958, 05, 21320, 1958.3699, 317.51, 314.71, 317.86, 315.06, 317.51, 314.71 +1958, 06, 21351, 1958.4548, -99.99, -99.99, 317.24, 315.14, 317.24, 315.14 +1958, 07, 21381, 1958.5370, 315.86, 315.19, 315.86, 315.22, 315.86, 315.19 +1958, 08, 21412, 1958.6219, 314.93, 316.19, 314.00, 315.29, 314.93, 316.19 +1958, 09, 21443, 1958.7068, 313.21, 316.08, 312.46, 315.35, 313.21, 316.08 +1958, 10, 21473, 1958.7890, -99.99, -99.99, 312.44, 315.41, 312.44, 315.41 +1958, 11, 21504, 1958.8740, 313.33, 315.20, 313.61, 315.46, 313.33, 315.20 +1958, 12, 21534, 1958.9562, 314.67, 315.43, 314.77, 315.51, 314.67, 315.43 +1959, 01, 21565, 1959.0411, 315.58, 315.54, 315.62, 315.57, 315.58, 315.54 +1959, 02, 21596, 1959.1260, 316.49, 315.86, 316.27, 315.63, 316.49, 315.86 +1959, 03, 21624, 1959.2027, 316.65, 315.38, 316.98, 315.69, 316.65, 315.38 +1959, 04, 21655, 1959.2877, 317.72, 315.42, 318.09, 315.77, 317.72, 315.42 +1959, 05, 21685, 1959.3699, 318.29, 315.49, 318.65, 315.85, 318.29, 315.49 +1959, 06, 21716, 1959.4548, 318.15, 316.03, 318.04, 315.94, 318.15, 316.03 +1959, 07, 21746, 1959.5370, 316.54, 315.86, 316.68, 316.03, 316.54, 315.86 +1959, 08, 21777, 1959.6219, 314.80, 316.06, 314.83, 316.12, 314.80, 316.06 +1959, 09, 21808, 1959.7068, 313.84, 316.73, 313.31, 316.22, 313.84, 316.73 +1959, 10, 21838, 1959.7890, 313.33, 316.33, 313.33, 316.31, 313.33, 316.33 +1959, 11, 21869, 1959.8740, 314.81, 316.68, 314.54, 316.39, 314.81, 316.68 +1959, 12, 21899, 1959.9562, 315.58, 316.35, 315.72, 316.47, 315.58, 316.35 +1960, 01, 21930, 1960.0410, 316.43, 316.39, 316.61, 316.56, 316.43, 316.39 +1960, 02, 21961, 1960.1257, 316.98, 316.35, 317.27, 316.64, 316.98, 316.35 +1960, 03, 21990, 1960.2049, 317.58, 316.28, 318.03, 316.72, 317.58, 316.28 +1960, 04, 22021, 1960.2896, 319.03, 316.70, 319.14, 316.79, 319.03, 316.70 +1960, 05, 22051, 1960.3716, 320.04, 317.22, 319.68, 316.86, 320.04, 317.22 +1960, 06, 22082, 1960.4563, 319.58, 317.48, 319.02, 316.93, 319.58, 317.48 +1960, 07, 22112, 1960.5383, 318.18, 317.52, 317.60, 316.98, 318.18, 317.52 +1960, 08, 22143, 1960.6230, 315.90, 317.20, 315.69, 317.01, 315.90, 317.20 +1960, 09, 22174, 1960.7077, 314.17, 317.07, 314.12, 317.05, 314.17, 317.07 +1960, 10, 22204, 1960.7896, 313.83, 316.83, 314.09, 317.07, 313.83, 316.83 +1960, 11, 22235, 1960.8743, 315.00, 316.88, 315.25, 317.11, 315.00, 316.88 +1960, 12, 22265, 1960.9563, 316.19, 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