diff --git a/.DS_Store b/.DS_Store
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..4cc0093264f6e4a72d17404a205132c9efbfdfcb
Binary files /dev/null and b/.DS_Store differ
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..5b6a0652566d10360493952aec6d4a4febc77083
--- /dev/null
+++ b/.gitignore
@@ -0,0 +1,4 @@
+.Rproj.user
+.Rhistory
+.RData
+.Ruserdata
diff --git a/Htmltemplatedowncute/Htmltemplatedowncute.Rmd b/Htmltemplatedowncute/Journal_de_bord.Rmd
similarity index 58%
rename from Htmltemplatedowncute/Htmltemplatedowncute.Rmd
rename to Htmltemplatedowncute/Journal_de_bord.Rmd
index 0977f26540b33601adac251205cddb040d161e5d..cbb2073ee6f4304fa67b20b53a95ff1756f168de 100644
--- a/Htmltemplatedowncute/Htmltemplatedowncute.Rmd
+++ b/Htmltemplatedowncute/Journal_de_bord.Rmd
@@ -147,6 +147,86 @@ git reset et git restore
 
 
 
+# Module 3
+* Dans une analyse réplicable, les codes sont fourni ainsi que les calculs. 
+* Donc plus facile a vérifier et refaire 
+
+## Etude de cas 
+
+* Toutes modifs doit pouvoir être refaite !
+
+<!-- :function: -->
+<!-- :ressource: -->
+* Here are two useful functions:
+
+  * `all(diff(data$date) == 7)` : Functions diff look at the difference between iteration and all look at wether the values are true for an entire vector (here all the differences)
+  * `with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))` : Here the function with evaluate an expression within a constructed environement from data. (Here from the end of the dataset. )
+  
+
+# Module 4 La réalité du terrain 
+
+## L'enfer des données 
+
+* Les données sont diverses et volumineuse
+  * Souvent pas d'observations pour toutes les variables a chaque pas de temps (= colonnes différentes longueur).
+  * Format texte => Format binaire. pour plusieurs raisons. 
+  * Garder les métadonées du format texte. 
+  * Problème du boutisme (petit ou grand à spécifier)
+    * FITS et HDF5 => Deux formats binaires. 
+    * FITSio avec R ; 3 paquets avec R. 
+* Comment archiver les données car Git pas bien adapté.
+  * Zenodo ou Figshare permettent de déposer ses données (au format binaire par exemple, mais pas de contrainte)
+
+
+
+
+## L'enfer du logiciel 
+
+* Passage à l'échelle (plus gros code, plus de données...)
+  * Org mode permets d'avoir une meilleur vue (structure) mais quand même. 
+  * Workflow. La représentation en graph permet d'avoiur une vu d'ensemble plus claire.
+    * Pas de façon simple/mature de passer d'un notebook à un workflow
+    * Code exéuté de manière fonctionnelle. 
+    * Notebook plus séquenciel. Workflow permets explication parallèle. 
+      * Exemples: Galaxy, Kepler, Taverna, Pegasus...
+      * Légers: dask, **drake** (spécial pour R), swift, snakemake...
+      * Hybrides: SOS-notebook
+    * Checkpoint et cache 
+    * Supercalculateur
+    
+* Environnement complexe ....
+  * dépendances... => Sur macOS => brew gestionnaire de gestion de paquets (comme apt pour linux). 
+  * Environnement contrôlé: 
+    * Machine virtuelle ou conteneur (docker)
+    * Conserver le bazarre: CDE, ReproZip: figer un environnement et le partager avec un collègue. Mais figé. 
+    * Ou faire le ménage: Docker/Singularity, Guix/Nix. Installer juste le nécessaire et l'expliciter. 
+  * L'épreuve du temps.
+    * Python 2 et 3
+    * Différence entere version de mac et des calculs. Ou entre mac et windows. 
+  * => Intégration continue pour tester la reconstructibilité et fonctiuonnalité => Outil [popper](https://getpopper.io/)
+  
+* Archivage : Software Heritage; HAL 
+* Gestion des environnements: dockerhub, nix, repository ... code clean.
+
+<!-- outils -->
+
+## L'enfer du calcul 
+
+* Problème des arrondi implicite dans chaque opérations
+* Importance des ordres des opérations donc. Compilateur changent cet ordre ! 
+* Compilations peut être rendue reproductible. 
+* Calcul parallèle => adapter l'ordre des opérations. Minimiser son impact est un sujet actuel. 
+* Calcul = Plateforme + logiciel + données.
+
+### Nombres aléatoires
+
+* DEéfinir la graine dans le code d'application. 
+
+# Conclusions 
+
+
+
+
 
 
 
diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md
index f56eb60293dc1edebe2b3660a48b225330a72878..98b5fb227a156c564079af86e20f6023568a914f 100644
--- a/journal/Readme.md
+++ b/journal/Readme.md
@@ -1,9 +1,2 @@
-# Journal de bord du Mooc / Mooc's logbook
-
-FR
-
-Espace réservé au journal de bord du Mooc
-
-EN
-
-Reserved for the Mooc's logbook
\ No newline at end of file
+# MOOC_Recherche_Reproductible
+This is the folder containing all notes and info about the mooc
diff --git a/mooc-rr.Rproj b/mooc-rr.Rproj
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..8e3c2ebc99e2e337f7d69948b93529a437590b27
--- /dev/null
+++ b/mooc-rr.Rproj
@@ -0,0 +1,13 @@
+Version: 1.0
+
+RestoreWorkspace: Default
+SaveWorkspace: Default
+AlwaysSaveHistory: Default
+
+EnableCodeIndexing: Yes
+UseSpacesForTab: Yes
+NumSpacesForTab: 2
+Encoding: UTF-8
+
+RnwWeave: Sweave
+LaTeX: pdfLaTeX