--- title: "Notes_module2" author: "A.Changenet" date: "30/03/2021" output: html_document --- # Document computationnels * Jupyter => Intégré au MOOC * Rstudio => Syncrhoniser avec le gitlab * OrgMode => Necessite emacs plus puissant, plus technique # Etudes discutées * Economie: politiques d'austérité s'appuyant sur des travaux non reproductibles cf sur [wiki](https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt) * IRM fonctionnelle: Bennett * 40 000 études a refaire * fausse structures de protéines dans des bactéries: code qui a été propagée dans plusieurs groupes ... avec des conséquences. # Pourquoi est-ce difficile ? * Sources et données * Choix ! Le cahier de labo peut nous aider * L'ordinateur sources d'erreur. * Manque de rigueur et d'organisation # Doc computationnel * l'article est la partie immergée de l'iceberg * Doc Comp permet de voir l'autre partie de l'iceberg ! Verfi les calculs, reutiliser les travaux et corriger. * On est encouragé a écrire des petits morceaux de code et expliquer les liaisons entre code entre toutes les zones. * Jupyter et rmarkdown parfois problématique du point de vu du rendu pour avoir exactrement ce que l'on souhaite (en pdf par exemple) (mais faisable) * Org mode lit direct le latex donc permets de faire ce que l'on veut. ## Rstudio * Partage de doc: **Knit** et publish permet de l'envoyer sur les serveurs pou être accéder par les autres en html. ## Prise en main de l'outil Rstudio: * Problème de connexion ssh: Rstudio fait la liaison tout seul à parti du moment ou la clefs ssh se trouve ur mon profil gitlab. Problème au moment d'appliquer la commande `ssh -T git@app-learninglab.inria.fr` Le port n'étant pas le port ssh par défaut (22), il fallait en faite taper: `ssh -T git@app-learninglab.inria.fr -p 9418` ## Travailler à plusieurs * Rpubs outil idéal pour partager rapidement mais pas pérenne * Gitlab/Github => Prendre en compte le fait que tout (commentaires aux reviewers etc...) sera public. * Site compagnion *Runmycode*, Editeurs.... * Archive ouvertes: *HAL*, *Figshare/zenodo* ## Comparaison des outils: * Pour les cours ou tuto: Jupyter * Journal de bord: orgmode: organisation chronologique + tags intensif !!! * Cahier de labo => Idem mais orga sémantique avec des sections: analyses, scripts .... puis orga chonologique. * Article reproductible: orgmode * Navigation limitée avec jupyter et rstudio/knitr mais puissante avec orgmode * Article faisable en Rstudio et orgmode mais plus compliqué en Jupyter # Exemple de structure: # Intro # Results / biblio # Devlopment, méthodo # Biblio # Journal # conclu # ## week 1 ## week 2 ### work done ### questions ### work planned * some idead of packages * [learnR](https://cran.r-project.org/web/packages/learnr/index.html) => To create tutorial with executable code (as in Jupyter) * [flexdashboard](https://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard/) to create interactive dashboards * [rticles](https://github.com/rstudio/rticles) for templates of articles as pdf *[rmdformats](https://github.com/juba/rmdformats) for templates html with toc. A test was recorded in the file Test.preprint with tyhe preprint template. A test of rmd was also done and recroded as Htmltemplatedowncute.rmd