Document computationnels

Etudes discutées

Economie: politiques d’austérité s’appuyant sur des travaux non reproductibles cf sur wiki
IRM fonctionnelle: Bennett
- 40 000 études a refaire
fausse structures de protéines dans des bactéries: code qui a été propagée dans plusieurs groupes … avec des conséquences.

Le cahier de labo peut nous aider

l’article est la partie immergée de l’iceberg
Doc Comp permet de voir l’autre partie de l’iceberg ! Verfi les calculs, reutiliser les travaux et corriger.
On est encouragé a écrire des petits morceaux de code et expliquer les liaisons entre code entre toutes les zones.
Jupyter et rmarkdown parfois problématique du point de vu du rendu pour avoir exactrement ce que l’on souhaite (en pdf par exemple) (mais faisable)
Org mode lit direct le latex donc permets de faire ce que l’on veut.

Partage de doc: Knit et publish permet de l’envoyer sur les serveurs pou être accéder par les autres en html.

Problème de connexion ssh: Rstudio fait la liaison tout seul à parti du moment ou la clefs ssh se trouve ur mon profil gitlab. Problème au moment d’appliquer la commande

ssh -T git@app-learninglab.inria.fr

Le port n’étant pas le port ssh par défaut (22), il fallait en faite taper: ssh -T git@app-learninglab.inria.fr -p 9418

Rpubs outil idéal pour partager rapidement mais pas pérenne
Gitlab/Github => Prendre en compte le fait que tout (commentaires aux reviewers etc…) sera public.
Site compagnion Runmycode, Editeurs….
Archive ouvertes: HAL, Figshare/zenodo

Pour les cours ou tuto: Jupyter
Journal de bord: orgmode: organisation chronologique + tags intensif !!!
Cahier de labo => Idem mais orga sémantique avec des sections: analyses, scripts …. puis orga chonologique.
Article reproductible: orgmode
Navigation limitée avec jupyter et rstudio/knitr mais puissante avec orgmode
Article faisable en Rstudio et orgmode mais plus compliqué en Jupyter