Update exercice_fr.Rmd

module3/exo3/exercice_fr.Rmd

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 title: "Autour du SARS-CoV-2 (Covid-19)"
 author: "Pauline"
-date: "21/07/2021"
-output:
-    pdf_document: default
-    html_document: default
+output: pdf_document
 ---
 
-
 ```{r setup, include=FALSE}
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+
 ```
 
 ## Préparation des données
@@ -19,18 +16,21 @@ Les données que nous utiliserons dans un premier temps sont compilées par le J
 data_url = read.csv("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv", sep=",",check.names = FALSE)
 ```
 
-### Téléchargement et sélection des données
+## Téléchargement et sélection des données
 
-Le jeu de données est le suivant :
+Le jeu de données prend la forme suivante :
 
 ```{r}
 data<-data_url
-head(data)
-tail(data)
+head(data[,1:6])
+tail(data[,1:6])
 ```
-Y a-t-il des points manquants dans nos données ?
 
-```{r}
+```{r message=FALSE, include=FALSE}
+message("Y a-t-il des points manquants dans nos données ?")
+```
+
+```{r include=FALSE}
 na_records = apply(data, 1, function (x) any(is.na(x)))
 data[na_records,]
 ```
@@ -55,16 +55,14 @@ data.CR<-rbind(data10, data6)
 
 data.CR$Country.Region[data.CR$Province.State == "Hong Kong" & data.CR$Country.Region == "China"] <- "Chine, Hong Kong"
 data.CR$Country.Region[data.CR$Province.State != "Hong Kong" & data.CR$Country.Region == "China"] <- "Chine (sans Hong Kong)"
-
 ```
 
-### Transformation
+## Transformation
 
 À la suite de la précédente manipulation, nous supprimons la variable Province.State qui ne nous est plus utile pour la suite de l'analyse :
 
 ```{r}
 data.CR<-data.CR[,-c(1)]
-
 ```
 
 Les variables sur les latitudes et les longitudes ne nous intéressent pas pour la suite du traitement des données.
@@ -79,22 +77,21 @@ Pour faciliter le traitement suivant, nous agrégeons les provinces de la Chine
 data.CR<-aggregate(. ~ Country.Region, data.CR, sum, na.rm = T)
 ```
 
-### Inspection
+## Inspection
 
 Nous regardons notre nouveau jeu de données :
 
 ```{r}
-head(data.CR)
-View(data.CR)
+head(data.CR[,1:6])
 ```
 
 Nous vérifions la nature de nos variables :
 
 ```{r}
-str(data.CR)
+str(data.CR[,1:6])
 ```
 
-### Transformation
+## Transformation
 
 Pour réaliser un graphique, nous allons devoirs mettre les colonnes en lignes successives de la manière suivante :
 
@@ -110,11 +107,12 @@ data.CR2$name<-as.POSIXct(data.CR2$name, format = "%m/%d/%Y")
 View(data.CR2)
 ```
 
-### Graphique
+## Graphique
 
 Il est maintenant possible d'établir un graphique démontrant le nombre de personnes contaminés dans chaque pays étudié depuis le début de la pandémie.
 
-```{r}
+```{r echo=TRUE}
 library(ggplot2)
-ggplot(data.CR2, aes(name, value, color= Country.Region)) + geom_line()
+ggplot(data.CR2, aes(name, value, color= Country.Region)) + geom_line() + labs(x="Date (YYYY-MM)", y="Nombre de personnes contaminées", color="Pays")
 ```
+