diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index c6c74a9e202b0d48634915acbf52bec7056a419f..d3c90ced5e9a7b4c8b1e3d4bbfdc29a397812189 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -19,9 +19,13 @@ header-includes: knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` -## Préparation des données +## Préparation des données, téléchargement + +Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. + +L'adresse URL ayant changé entre le début du MOOC et aujourd'hui, le choix est fait de téléchargé les données en local en premier lieu. Afin de ne pas télécharger le fichier à chaque exécution du script, on ajoute une condition d'existence du fichier avant le téléchargement. + -Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est: ```{r} if(file.exists("incidence-PAY-3.csv")==F){ data_url = "https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" @@ -46,7 +50,9 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https:// | `geo_name` | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) | La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`. -### Téléchargement + +### Lecture + ```{r} data = read.csv("~/MOOC/MOOC_repro/mooc-rr/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv", skip=1) ```