diff --git a/module3/exo2/exercice_R_fr.org b/module3/exo2/exercice_R_fr.org index 1bb8f61f1d11b486ceb724afcdd14d11e5329545..dff52a2bcf3bf5ab85e9abdc3323f6c1519283e1 100644 --- a/module3/exo2/exercice_R_fr.org +++ b/module3/exo2/exercice_R_fr.org @@ -1,8 +1,8 @@ -#+TITLE: Votre titre -#+AUTHOR: Votre nom -#+DATE: La date du jour +#+TITLE: Analyse de l'incidence de la varicelle +#+AUTHOR: Adam Taheraly +#+DATE: Jeudi 2 avril 2020 #+LANGUAGE: fr -# #+PROPERTY: header-args :eval never-export +#+PROPERTY: header-args :session #+HTML_HEAD: #+HTML_HEAD: @@ -11,74 +11,1797 @@ #+HTML_HEAD: #+HTML_HEAD: -* Quelques explications +* Préface -Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code -R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être -exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur -org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/. +Pour exécuter le code de cette analyse, il faut disposer des logiciels suivants: -Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera -compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats -récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas -ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer -le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce -document. +** Emacs 25 ou 26 +Une version plus ancienne d'Emacs devrait suffire, mais en ce cas il est prudent d'installer une version récente (9.x) d'org-mode. +** R 3.4 +Nous n'utilisons que des fonctionnalités de base du langage R, une version antérieure devrait suffire. -Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code -R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~): +#+BEGIN_SRC emacs-lisp :results output :exports both +(unless (featurep 'ob-R) + (print "Veuillez activer R dans org-babel (org-babel-do-languages) !")) +#+END_SRC -#+begin_src R :results output :exports both -print("Hello world!") +Pour la manipulation des dates au format ISO-8601, nous avons besoin du paquet ~parsedate~. +#+BEGIN_SRC R :results output :exports both +library(parsedate) +#+END_SRC + +Enfin, nous allons demander à R d'écrire les nombres décimaux en français — c'est-à-dire avec une virgule entre parties entière et décimale — et d'utiliser un nombre de colonnes plus large que celui utilisé par défaut. +#+BEGIN_SRC R :results silent :exports both +options(OutDec=",") +options(width=150) +#+END_SRC + +* Préparation des données + +Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [[http://www.sentiweb.fr/][Réseau Sentinelles]]. Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est: +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +data_url = "https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv" +#+end_src + +#+RESULTS: + +Voici l'explication des colonnes donnée sur [[https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json][le site d'origine:]] + +| Nom de colonne | Libellé de colonne | +|----------------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------| +| ~week~ | Semaine calendaire (ISO 8601) | +| ~indicator~ | Code de l'indicateur de surveillance | +| ~inc~ | Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas | +| ~inc_low~ | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation | +| ~inc_up~ | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation | +| ~inc100~ | Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | +| ~inc100_low~ | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | +| ~inc100_up~ | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | +| ~geo_insee~ | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/ | +| ~geo_name~ | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) | + +** Téléchargement +La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant ~skip=1~. + +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +data_file = "syndrome_varicelle.csv" +if(!file.exists(data_file)){ +download.file(data_url, data_file, method = "auto") +} +#+end_src + +#+RESULTS: + +#+BEGIN_SRC R :session :results output :exports both +data = read.csv(data_file, skip =1) +#+END_SRC + +#+RESULTS: + +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +data +#+end_src + +#+RESULTS: +#+begin_example + week indicator inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name +1 202012 7 8192 5822 10562 12 8 16 FR France +2 202011 7 10198 7568 12828 15 11 19 FR France +3 202010 7 9011 6691 11331 14 10 18 FR France +4 202009 7 13631 10544 16718 21 16 26 FR France +5 202008 7 10424 7708 13140 16 12 20 FR France +6 202007 7 8959 6574 11344 14 10 18 FR France +7 202006 7 9264 6925 11603 14 10 18 FR France +8 202005 7 8505 6314 10696 13 10 16 FR France +9 202004 7 7991 5831 10151 12 9 15 FR France +10 202003 7 5968 4100 7836 9 6 12 FR France +11 202002 7 6534 4530 8538 10 7 13 FR France +12 202001 7 9835 7019 12651 15 11 19 FR France +13 201952 7 7941 5246 10636 12 8 16 FR France +14 201951 7 5823 3675 7971 9 6 12 FR France +15 201950 7 6424 4276 8572 10 7 13 FR France +16 201949 7 6621 4540 8702 10 7 13 FR France +17 201948 7 5542 3383 7701 8 5 11 FR France +18 201947 7 7536 5058 10014 11 7 15 FR France +19 201946 7 2638 1316 3960 4 2 6 FR France +20 201945 7 4492 2615 6369 7 4 10 FR France +21 201944 7 5728 3627 7829 9 6 12 FR France +22 201943 7 4834 2751 6917 7 4 10 FR France +23 201942 7 6279 3989 8569 10 7 13 FR France +24 201941 7 4130 2030 6230 6 3 9 FR France +25 201940 7 4211 2218 6204 6 3 9 FR France +26 201939 7 3137 1310 4964 5 2 8 FR France +27 201938 7 3078 1416 4740 5 2 8 FR France +28 201937 7 970 162 1778 1 0 2 FR France +29 201936 7 1277 263 2291 2 0 4 FR France +30 201935 7 922 0 1857 1 0 2 FR France +31 201934 7 1997 605 3389 3 1 5 FR France +32 201933 7 3279 1103 5455 5 2 8 FR France +33 201932 7 3627 1576 5678 6 3 9 FR France +34 201931 7 7611 4605 10617 12 7 17 FR France +35 201930 7 8875 5629 12121 13 8 18 FR France +36 201929 7 10658 7151 14165 16 11 21 FR France +37 201928 7 11251 7604 14898 17 11 23 FR France +38 201927 7 16602 12349 20855 25 19 31 FR France +39 201926 7 18851 14491 23211 29 22 36 FR France +40 201925 7 18309 13972 22646 28 21 35 FR France +41 201924 7 13382 9659 17105 20 14 26 FR France +42 201923 7 19264 15027 23501 29 23 35 FR France +43 201922 7 16861 12783 20939 26 20 32 FR France +44 201921 7 17572 13140 22004 27 20 34 FR France +45 201920 7 16180 12310 20050 25 19 31 FR France +46 201919 7 16646 12721 20571 25 19 31 FR France +47 201918 7 13803 10159 17447 21 15 27 FR France +48 201917 7 15868 11815 19921 24 18 30 FR France +49 201916 7 17127 12815 21439 26 19 33 FR France +50 201915 7 21449 16525 26373 33 26 40 FR France +51 201914 7 16131 12254 20008 25 19 31 FR France +52 201913 7 17264 13409 21119 26 20 32 FR France +53 201912 7 14133 10499 17767 21 15 27 FR France +54 201911 7 12655 9528 15782 19 14 24 FR France +55 201910 7 14062 10547 17577 21 16 26 FR France +56 201909 7 13725 10221 17229 21 16 26 FR France +57 201908 7 17186 13156 21216 26 20 32 FR France +58 201907 7 10206 7388 13024 16 12 20 FR France +59 201906 7 13504 10402 16606 21 16 26 FR France +60 201905 7 12799 9843 15755 19 15 23 FR France +61 201904 7 11842 9041 14643 18 14 22 FR France +62 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France +84 201833 7 3803 1130 6476 6 2 10 FR France +85 201832 7 3225 1155 5295 5 2 8 FR France +86 201831 7 6610 3565 9655 10 5 15 FR France +87 201830 7 9338 5780 12896 14 9 19 FR France +88 201829 7 8513 5059 11967 13 8 18 FR France +89 201828 7 12115 7907 16323 18 12 24 FR France +90 201827 7 13975 9739 18211 21 15 27 FR France +91 201826 7 15317 11019 19615 23 16 30 FR France +92 201825 7 11282 7840 14724 17 12 22 FR France +93 201824 7 16554 12219 20889 25 18 32 FR France +94 201823 7 9511 6385 12637 14 9 19 FR France +95 201822 7 15972 11793 20151 24 18 30 FR France +96 201821 7 10909 7627 14191 17 12 22 FR France +97 201820 7 13417 9692 17142 20 14 26 FR France +98 201819 7 16718 12351 21085 25 18 32 FR France +99 201818 7 16120 11128 21112 25 17 33 FR France +100 201817 7 16154 11960 20348 25 19 31 FR France +101 201816 7 18341 13836 22846 28 21 35 FR France +102 201815 7 17946 13622 22270 27 20 34 FR France +103 201814 7 15036 10780 19292 23 17 29 FR France +104 201813 7 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7 15218 10970 19466 27 20 34 FR France +1401 199320 7 11343 7655 15031 20 14 26 FR France +1402 199319 7 12086 8856 15316 21 15 27 FR France +1403 199318 7 18898 14305 23491 33 25 41 FR France +1404 199317 7 14969 10565 19373 26 18 34 FR France +1405 199316 7 15102 11226 18978 26 19 33 FR France +1406 199315 7 15058 11183 18933 26 19 33 FR France +1407 199314 7 12425 9045 15805 22 16 28 FR France +1408 199313 7 12266 8927 15605 21 15 27 FR France +1409 199312 7 10821 7884 13758 19 14 24 FR France +1410 199311 7 11021 8006 14036 19 14 24 FR France +1411 199310 7 15847 12158 19536 28 22 34 FR France +1412 199309 7 15084 11059 19109 26 19 33 FR France +1413 199308 7 16967 12936 20998 30 23 37 FR France +1414 199307 7 16057 12350 19764 28 22 34 FR France +1415 199306 7 15887 12275 19499 28 22 34 FR France +1416 199305 7 15954 12443 19465 28 22 34 FR France +1417 199304 7 12374 9426 15322 22 17 27 FR France +1418 199303 7 15283 11831 18735 27 21 33 FR France +1419 199302 7 13366 10262 16470 23 18 28 FR France +1420 199301 7 18678 14977 22379 33 27 39 FR France +1421 199253 7 17829 13827 21831 31 24 38 FR France +1422 199252 7 14330 10582 18078 25 18 32 FR France +1423 199251 7 14635 11262 18008 26 20 32 FR France +1424 199250 7 15252 11566 18938 27 21 33 FR France +1425 199249 7 14411 11187 17635 25 19 31 FR France +1426 199248 7 10048 7396 12700 18 13 23 FR France +1427 199247 7 13069 9752 16386 23 17 29 FR France +1428 199246 7 6900 4727 9073 12 8 16 FR France +1429 199245 7 10791 7794 13788 19 14 24 FR France +1430 199244 7 10205 7482 12928 18 13 23 FR France +1431 199243 7 7196 4908 9484 13 9 17 FR France +1432 199242 7 5748 3738 7758 10 6 14 FR France +1433 199241 7 3587 2045 5129 6 3 9 FR France +1434 199240 7 5654 3442 7866 10 6 14 FR France +1435 199239 7 4747 2751 6743 8 5 11 FR France +1436 199238 7 2842 1306 4378 5 2 8 FR France +1437 199237 7 4103 2203 6003 7 4 10 FR France +1438 199236 7 2801 1200 4402 5 2 8 FR France +1439 199235 7 6428 3717 9139 11 6 16 FR France +1440 199234 7 7517 4190 10844 13 7 19 FR France +1441 199233 7 9951 5955 13947 17 10 24 FR France +1442 199232 7 16090 11337 20843 28 20 36 FR France +1443 199231 7 17156 12441 21871 30 22 38 FR France +1444 199230 7 21780 16301 27259 38 28 48 FR France +1445 199229 7 18926 13397 24455 33 23 43 FR France +1446 199228 7 28144 20384 35904 49 35 63 FR France +1447 199227 7 29388 22331 36445 51 39 63 FR France +1448 199226 7 27933 21686 34180 49 38 60 FR France +1449 199225 7 26446 21153 31739 46 37 55 FR France +1450 199224 7 19614 14769 24459 34 26 42 FR France +1451 199223 7 23628 17852 29404 41 31 51 FR France +1452 199222 7 20438 14868 26008 36 26 46 FR France +1453 199221 7 22595 17395 27795 40 31 49 FR France +1454 199220 7 21092 15963 26221 37 28 46 FR France +1455 199219 7 19210 13934 24486 34 25 43 FR France +1456 199218 7 30273 22605 37941 53 40 66 FR France +1457 199217 7 19162 14251 24073 34 25 43 FR France +1458 199216 7 15583 11158 20008 27 19 35 FR France +1459 199215 7 15473 10723 20223 27 19 35 FR France +1460 199214 7 14455 10040 18870 25 17 33 FR France +1461 199213 7 17146 12105 22187 30 21 39 FR France +1462 199212 7 15838 10923 20753 28 19 37 FR France +1463 199211 7 20003 13824 26182 35 24 46 FR France +1464 199210 7 22906 16060 29752 40 28 52 FR France +1465 199209 7 21824 15687 27961 38 27 49 FR France +1466 199208 7 15243 10265 20221 27 18 36 FR France +1467 199207 7 22633 16160 29106 40 29 51 FR France +1468 199206 7 17009 12219 21799 30 22 38 FR France +1469 199205 7 15997 11590 20404 28 20 36 FR France +1470 199204 7 20690 15075 26305 36 26 46 FR France +1471 199203 7 18586 12684 24488 33 23 43 FR France +1472 199202 7 16588 10590 22586 29 18 40 FR France +1473 199201 7 23607 16552 30662 41 29 53 FR France +1474 199152 7 15184 10392 19976 27 19 35 FR France +1475 199151 7 15043 10624 19462 26 18 34 FR France +1476 199150 7 14115 9737 18493 25 17 33 FR France +1477 199149 7 13304 8548 18060 23 15 31 FR France +1478 199148 7 15370 10164 20576 27 18 36 FR France +1479 199147 7 12813 8139 17487 23 15 31 FR France +1480 199146 7 6453 3123 9783 11 5 17 FR France +1481 199145 7 8048 4083 12013 14 7 21 FR France +1482 199144 7 9882 5623 14141 17 10 24 FR France +1483 199143 7 14307 8645 19969 25 15 35 FR France +1484 199142 7 6419 3334 9504 11 6 16 FR France +1485 199141 7 6168 3113 9223 11 6 16 FR France +1486 199140 7 3615 1159 6071 6 2 10 FR France +1487 199139 7 3105 472 5738 5 0 10 FR France +1488 199138 7 4446 1435 7457 8 3 13 FR France +1489 199137 7 1457 0 3262 3 0 6 FR France +1490 199136 7 3053 29 6077 5 0 10 FR France +1491 199135 7 805 0 2556 1 0 4 FR France +1492 199134 7 5512 856 10168 10 2 18 FR France +1493 199133 7 7347 2903 11791 13 5 21 FR France +1494 199132 7 16099 7334 24864 28 13 43 FR France +1495 199131 7 16803 8145 25461 30 15 45 FR France +1496 199130 7 15915 6368 25462 28 11 45 FR France +1497 199129 7 23744 14703 32785 42 26 58 FR France +1498 199128 7 24222 15617 32827 43 28 58 FR France +1499 199127 7 20309 12868 27750 36 23 49 FR France +1500 199126 7 17608 11304 23912 31 20 42 FR France +1501 199125 7 16169 10700 21638 28 18 38 FR France +1502 199124 7 16171 10071 22271 28 17 39 FR France +1503 199123 7 11947 7671 16223 21 13 29 FR France +1504 199122 7 15452 9953 20951 27 17 37 FR France +1505 199121 7 14903 8975 20831 26 16 36 FR France +1506 199120 7 19053 12742 25364 34 23 45 FR France +1507 199119 7 16739 11246 22232 29 19 39 FR France +1508 199118 7 21385 13882 28888 38 25 51 FR France +1509 199117 7 13462 8877 18047 24 16 32 FR France +1510 199116 7 14857 10068 19646 26 18 34 FR France +1511 199115 7 13975 9781 18169 25 18 32 FR France +1512 199114 7 12265 7684 16846 22 14 30 FR France +1513 199113 7 9567 6041 13093 17 11 23 FR France +1514 199112 7 10864 7331 14397 19 13 25 FR France +1515 199111 7 15574 11184 19964 27 19 35 FR France +1516 199110 7 16643 11372 21914 29 20 38 FR France +1517 199109 7 13741 8780 18702 24 15 33 FR France +1518 199108 7 13289 8813 17765 23 15 31 FR France +1519 199107 7 12337 8077 16597 22 15 29 FR France +1520 199106 7 10877 7013 14741 19 12 26 FR France +1521 199105 7 10442 6544 14340 18 11 25 FR France +1522 199104 7 7913 4563 11263 14 8 20 FR France +1523 199103 7 15387 10484 20290 27 18 36 FR France +1524 199102 7 16277 11046 21508 29 20 38 FR France +1525 199101 7 15565 10271 20859 27 18 36 FR France +1526 199052 7 19375 13295 25455 34 23 45 FR France +1527 199051 7 19080 13807 24353 34 25 43 FR France +1528 199050 7 11079 6660 15498 20 12 28 FR France +1529 199049 7 1143 0 2610 2 0 5 FR France +#+end_example + +Regardons ce que nous avons obtenu ! + +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +head(data) +tail(data) +#+end_src + +#+RESULTS: +#+begin_example + week indicator inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name +1 202012 7 8192 5822 10562 12 8 16 FR France +2 202011 7 10198 7568 12828 15 11 19 FR France +3 202010 7 9011 6691 11331 14 10 18 FR France +4 202009 7 13631 10544 16718 21 16 26 FR France +5 202008 7 10424 7708 13140 16 12 20 FR France +6 202007 7 8959 6574 11344 14 10 18 FR France + + week indicator inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name +1524 199102 7 16277 11046 21508 29 20 38 FR France +1525 199101 7 15565 10271 20859 27 18 36 FR France +1526 199052 7 19375 13295 25455 34 23 45 FR France +1527 199051 7 19080 13807 24353 34 25 43 FR France +1528 199050 7 11079 6660 15498 20 12 28 FR France +1529 199049 7 1143 0 2610 2 0 5 FR France +#+end_example + +** Vérification +Il est toujours prudent de vérifier si les données semblent crédibles. Commençons par regarder s'il y a des points manquants dans ce jeu de données: +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +na_records = apply(data, 1, function(x) any(is.na(x))) +data[na_records,] +#+end_src + +#+RESULTS: +: +: [1] week indicator inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name +: <0 lignes> (ou 'row.names' de longueur nulle) + + +Voyons aussi comment R a interpreté nos données: + +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +class(data$week) +class(data$inc) +#+end_src + +#+RESULTS: +: [1] "integer" +: +: [1] "integer" + +Ce sont des entiers, tout va bien ! + +** Conversions +Pour faciliter les traitements suivants, nous remplaçons les numéros de semaine ISO par les dates qui correspondent aux lundis. D'abord, une petite fonction qui fait le travail: + +#+begin_src R :results silent :session *R* :exports both +convert_week = function(w) { + ws = paste(w) + iso = paste0(substring(ws,1,4), "-W", substring(ws,5,6)) + as.Date(parse_iso_8601(iso)) + } +#+end_src + +Nous appliquons cette fonction à tous les points, créant une nouvelle colonne `date` dans notre jeu de données: +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +data$date = as.Date(convert_week(data$week)) #+end_src #+RESULTS: -: [1] "Hello world!" -Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le -plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une -persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant -~C-c C-c~). +Vérifions qu'elle est de classe `Date`: +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +class(data$date) +#+end_src +#+RESULTS: +: [1] "Date" + + +Les points sont dans l'ordre chronologique inverse, il est donc utile de les trier: #+begin_src R :results output :session *R* :exports both -summary(cars) +data = data[order(data$date),] +#+end_src + +#+RESULTS: + +** Vérification des dates +Nous faisons encore une vérification: nos dates doivent être séparées d'exactement une semaine. +#+begin_src R :results value :session *R* :exports both +all(diff(data$date) == 7) +#+end_src + +#+RESULTS: +: TRUE + +** Inspection +Regardons enfin à quoi ressemblent nos données ! +#+begin_src R :results output graphics :file inc-plot.png :exports both :width 600 :height 400 :session *R* +plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire") +#+end_src + +#+RESULTS: +[[file:inc-plot.png]] + +Un zoom sur les dernières années montre mieux la situation des pics en hiver. Le creux des incidences se trouve en été. +#+begin_src R :results output graphics :file inc-plot-zoom.png :exports both :width 600 :height 400 :session *R* +with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")) +#+end_src + +#+RESULTS: +[[file:inc-plot-zoom.png]] + +* Étude de l'incidence annuelle + +** Calcul de l'incidence annuelle +Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er août de l'année /N/ au 1er août de l'année /N+1/. Nous mettons l'année /N+1/ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année /N+1/. Comme l'incidence du syndrome grippal est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. + +Voici une fonction qui calcule l'incidence annuelle en appliquant ces conventions. +#+begin_src R :results silent :session *R* :exports both +pic_annuel = function(annee) { + debut = paste0(annee-1,"-09-01") + fin = paste0(annee,"-09-01") + semaines = data$date > debut & data$date <= fin + sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE) + } +#+end_src + + +Nous devons aussi faire attention aux premières et dernières années de notre jeux de données. Les données commencent en octobre 1984, ce qui ne permet pas de quantifier complètement le pic attribué à l'année 1985. Nous le supprimons donc de notre analyse. Par contre, pour une exécution en octobre 2018, les données se terminent après le 1er août 2018, ce qui nous permet d'inclure cette année. +#+begin_src R :results silent :session *R* :exports both +annees <- 1992:2019 +#+end_src + + + +Nous créons un nouveau jeu de données pour l'incidence annuelle, en applicant la fonction `pic_annuel` à chaque année: +#+begin_src R :results value :session *R* :exports both +inc_annuelle = data.frame(annee = annees, + incidence = sapply(annees, pic_annuel)) +head(inc_annuelle) #+end_src #+RESULTS: -: speed dist -: Min. : 4.0 Min. : 2.00 -: 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00 -: Median :15.0 Median : 36.00 -: Mean :15.4 Mean : 42.98 -: 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00 -: Max. :25.0 Max. :120.00 +| 1992 | 834935 | +| 1993 | 642921 | +| 1994 | 662750 | +| 1995 | 651333 | +| 1996 | 564994 | +| 1997 | 683577 | + -Et enfin, voici un exemple de sortie graphique: -#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* -plot(cars) +** Inspection +Voici les incidences annuelles en graphique. +#+begin_src R :results output graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R* +plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle") #+end_src #+RESULTS: -[[file:./cars.png]] +[[file:/tmp/babel-Ml79E3/figurexUSUDQ.png]] + -Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code -ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous -recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre -(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient -parfaitement transparentes pour être reproductibles. +** Identification des épidémies les plus fortes +Une liste triée par ordre décroissant d'incidence annuelle permet de plus facilement repérer les valeurs les plus élevées: +#+begin_src R :results output :session *R* :exports both +head(inc_annuelle[order(inc_annuelle$incidence),]) +#+end_src -Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document -org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas -de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et -compréhensible sur GitLab. +#+RESULTS: +: annee incidence +: 11 2002 515343 +: 27 2018 539765 +: 26 2017 552906 +: 5 1996 564994 +: 28 2019 584116 +: 24 2015 605469 -Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas -forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par -exemple en repartant de ce document et de le commiter vers -gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de -ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis -claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en -faisant ~