diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index a89604d655ab107abd6c805ca917163ad3954e04..ed2f47a1872f507688413c38f14ec2d28fb2e559 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -26,6 +26,15 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" ``` + +Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas. +```{r} +data_file = "syndrome-grippal.csv" +if (!file.exists(data_file)) { + download.file(data_url, data_file, method="auto") +} +``` + Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): | Nom de colonne | Libellé de colonne | @@ -138,7 +147,7 @@ pic_annuel = function(annee) { Nous devons aussi faire attention aux premières et dernières années de notre jeux de données. Les données commencent en octobre 1984, ce qui ne permet pas de quantifier complètement le pic attribué à 1985. Nous l'enlevons donc de notre analyse. Par contre, pour une exécution en octobre 2018, les données se terminent après le 1er août 2018, ce qui nous permet d'inclure cette année. ```{r} -annees = 1986:2018 +annees = 1986:2019 ``` Nous créons un nouveau jeu de données pour l'incidence annuelle, en applicant la fonction `pic_annuel` à chaque année: diff --git a/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv b/module3/exo1/syndrome-grippal.csv similarity index 99% rename from module3/exo1/incidence-PAY-3.csv rename to module3/exo1/syndrome-grippal.csv index 5dda5133b48238ccd73a1531afb2d49755491aa6..7687985025155f1fef3479fbaebb9a7876fe3ae9 100644 --- a/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv +++ b/module3/exo1/syndrome-grippal.csv @@ -1,4 +1,4 @@ -# @source="réseau Sentinelles, INSERM, Sorbonne Université, http://www.sentiweb.fr", @meta={"period":[198444,202012],"geo":["PAY","1"],"geo_ref":"insee","indicator":"3","type":"all","conf_int":true,"compact":false}, @date=2020-03-27T15:43:31+01:00 +# @source="réseau Sentinelles, INSERM, Sorbonne Université, http://www.sentiweb.fr", @meta={"period":[198444,202012],"geo":["PAY","1"],"geo_ref":"insee","indicator":"3","type":"all","conf_int":true,"compact":false}, @date=2020-03-27T17:02:56+01:00 week,indicator,inc,inc_low,inc_up,inc100,inc100_low,inc100_up,geo_insee,geo_name 202012,3,10125,7199,13051,15,11,19,FR,France 202011,3,102048,93969,110127,155,143,167,FR,France