From 1dd2dcc53fdfe2e3191d5dec1735c1396d6d9f9e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Marine Cambon Date: Fri, 27 Mar 2020 17:44:25 +0100 Subject: [PATCH] End of the Ex 2_01 --- module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd | 11 ++++++++++- .../{incidence-PAY-3.csv => syndrome-grippal.csv} | 2 +- 2 files changed, 11 insertions(+), 2 deletions(-) rename module3/exo1/{incidence-PAY-3.csv => syndrome-grippal.csv} (99%) diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index a89604d..ed2f47a 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -26,6 +26,15 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" ``` + +Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas. +```{r} +data_file = "syndrome-grippal.csv" +if (!file.exists(data_file)) { + download.file(data_url, data_file, method="auto") +} +``` + Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): | Nom de colonne | Libellé de colonne | @@ -138,7 +147,7 @@ pic_annuel = function(annee) { Nous devons aussi faire attention aux premières et dernières années de notre jeux de données. Les données commencent en octobre 1984, ce qui ne permet pas de quantifier complètement le pic attribué à 1985. Nous l'enlevons donc de notre analyse. Par contre, pour une exécution en octobre 2018, les données se terminent après le 1er août 2018, ce qui nous permet d'inclure cette année. ```{r} -annees = 1986:2018 +annees = 1986:2019 ``` Nous créons un nouveau jeu de données pour l'incidence annuelle, en applicant la fonction `pic_annuel` à chaque année: diff --git a/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv b/module3/exo1/syndrome-grippal.csv similarity index 99% rename from module3/exo1/incidence-PAY-3.csv rename to module3/exo1/syndrome-grippal.csv index 5dda513..7687985 100644 --- a/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv +++ b/module3/exo1/syndrome-grippal.csv @@ -1,4 +1,4 @@ -# @source="réseau Sentinelles, INSERM, Sorbonne Université, http://www.sentiweb.fr", @meta={"period":[198444,202012],"geo":["PAY","1"],"geo_ref":"insee","indicator":"3","type":"all","conf_int":true,"compact":false}, @date=2020-03-27T15:43:31+01:00 +# @source="réseau Sentinelles, INSERM, Sorbonne Université, http://www.sentiweb.fr", @meta={"period":[198444,202012],"geo":["PAY","1"],"geo_ref":"insee","indicator":"3","type":"all","conf_int":true,"compact":false}, @date=2020-03-27T17:02:56+01:00 week,indicator,inc,inc_low,inc_up,inc100,inc100_low,inc100_up,geo_insee,geo_name 202012,3,10125,7199,13051,15,11,19,FR,France 202011,3,102048,93969,110127,155,143,167,FR,France -- 2.18.1