Ajustements sur l'importation et la lecture des données. Changement du nom du fichier de données.

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -26,6 +26,17 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du
 data_url <- "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
 ```
 
+Nous souhaitons travailler sur un fichier enregistré localement pour assurer une analyse reproductible (protection contre une suppression ou modification des données, de l'URL, du Réseau Sentinelles...).
+Nous vérifions tout d'abord si un fichier local existe. Si c'est le cas, nous allons travailler à partir de ce fichier, sinon nous téléchargeons les données.
+
+```{r}
+data_file = "syndrome-grippal.csv"
+
+if(!file.exists(data_file)) {
+  download.file(data_url, data_file)
+}
+```
+
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
 
 | Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |
@@ -41,21 +52,13 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 | `geo_insee`  | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |
 | `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
-### Téléchargement
-
-On souhaite travailler sur un fichier local préalablement téléchargé, pour assurer une analyse reproductible.
-On commence par tester si un fichier local existe. Si c'est le cas, on travaille à partir de ce fichier, sinon on en crée un à partir des données téléchargées.
+### Lecture
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-
 ```{r}
-# On regarde dans le dossier local si le fichier existe, sinon on le télécharge
-if(!file.exists("./incidence-PAY-3.csv")) {
-  download.file(data_url, "./incidence-PAY-3.csv")
-}
-
-# Importation du fichier
-data <- read.csv("incidence-PAY-3.csv", skip=1)
+data <- read.csv(data_file, skip=1)
 ```
+
+
 Regardons ce que nous avons obtenu:
 ```{r}
 head(data)
@@ -76,7 +79,7 @@ class(data$inc)
 La classe de la colonne `inc` est un facteur mais devrait être un entier, cela est dû à la ligne avec des donénes manquantes qui contient un "-" pour cette colonne. Solution : importer de nouveau les données en indiquant que le tiret est à considérer comme une valeur manquante.
 
 ```{r}
-data <- read.csv("incidence-PAY-3.csv", skip=1, na.strings = "-")
+data <- read.csv(data_file, skip=1, na.strings = "-")
 ```
 
 On vérifie de nouveau les classes des colonnes d'intérêt :