---
title: "Analyse de l'incidence du syndrome grippal"
author: "Jerome E. Dauvergne"
date: "2025-04-28"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Préparation des données

Les données proviennent du réseau Sentinelle : https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=table

Nous avons téléchargé le fichier pour la France Métropolitaine.

## Téléchargement

```{r}
data_url = "https://www.sentiweb.fr/datasets/all/inc-3-PAY.csv"

data = read.csv(data_url,
                skip = 1, 
                na.strings = c("-"))
```

Regardons les données :
```{r}
head(data)
tail(data)
```

Regardons les données manquantes
```{r}
ligne_na <- apply(data, 1, function(x) any(is.na)))
data[ligne_na,]
```
Pas de données manquantes.

Toutes les variables sont des entiers exceptées geo_insee et geo_name. Par contre les dates sont au format ISO (= année et numéro de semaine).
```{r}
data$date <- paste0(substring(data$week, 1, 4), "-W", substring(data$week, 5, 6))
```


## Inspection
Quelle allure a la courbe ?
```{r}
plot(data$week, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
with(head(data, 1000), plot(week, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
```

## Analyse