Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
data = read.csv(data_url, skip=1)
head(data)
tail(data)
na_records = apply(data, 1, function(x) any (is.na(x)))
data[na_records,]
```
Il n'y a donc pas de donnée manquante
```{r}
class(data$week)
class(data$inc)
```
Les données des semaines et des incidences sont bien reconnues comme étant des entiers.
```{r}
library(parsedate)
```
Changeons la date des semaines pour obtenir d'abord une date en ISO 8601, puis pour la convertir en classe "Date"
```{r}
convert_week = function(w) {
ws = paste(w)
iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5,6))
as.character(parse_iso_8601(iso))
}
```
Maintenant, nous allons appliquer cette fonction aux dates de notre jeu de données
```{r}
data$date = as.Date(convert_week(data$week))
class(data$date)
data = data[order(data$date),]
all(diff(data$date)==7)
```
Regardons maintenant nos données.
```{r}
with(data, plot(date, inc, type="l"))
with(tail(data, 100),plot(date, inc, type="l"))
```
## L'incidence annuelle
###Calcul
Nous choisissons le 1er septembre comme début de chaque période annuelle.Et nous enlevons l'année 1990 qui ne début qu'en fin d'année.
```{r}
pic_annuel = function(annee) {
debut = paste0(annee-1,"-09-01")
fin = paste0(annee,"-09-01")
semaines = data$date > debut & data$date <= fin
sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
}
Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
C'est donc en 2009, 1992 et 2010 qu'il y a eu le plus d'incidences de varicelles.
```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
Un histogramme permet de montrer la répartition des données :
```{r}
hist(inc_annuelle$incidence, breaks=15)
```
Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles.
Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.
