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title: "Analyse de l'incidence de la varicelle"
author: "Thinhinane HAMITOUCHE"
date: "29/09/2025"
output: https://www.sentiweb.fr/datasets/all/inc-25-RDD.csv
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# Charger les librairies
library(parsedate)

# URL du CSV varicelle
data_url <- "https://www.sentiweb.fr/datasets/all/inc-25-RDD.csv"

# Télécharger si le fichier local n'existe pas
if (!file.exists("module3/exo2/varicelle.csv")) {
  download.file(data_url, destfile="module3/exo2/varicelle.csv", mode="wb")
}

# Lire les données
data <- read.csv("module3/exo2/varicelle.csv", skip=1, na.strings=c("-"))
head(data)
tail(data)

# Vérifier les valeurs manquantes
na_records <- apply(data, 1, function(x) any(is.na(x)))
data[na_records,]

# Conversion des semaines en date
convert_week <- function(w) {
  ws <- paste(w)
  iso <- paste0(substring(ws,1,4), "-W", substring(ws,5,6))
  as.character(parse_iso_8601(iso))
}
data$date <- as.Date(convert_week(data$week))
data <- data[order(data$date),]

# Vérifier l’espacement des semaines
all(diff(data$date) == 7)

# Affichage initial
plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
with(tail(data,200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))

# Calcul de l’incidence annuelle avec début 1er septembre
pic_annuel <- function(annee) {
  debut <- paste0(annee-1,"-09-01")
  fin   <- paste0(annee,"-09-01")
  semaines <- data$date > debut & data$date <= fin
  sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
}

# Appliquer à toutes les années
annees <- 1986:2018
inc_annuelle <- data.frame(
  annee = annees,
  incidence = sapply(annees, pic_annuel)
)

# Affichage
head(inc_annuelle)
plot(inc_annuelle$annee, inc_annuelle$incidence, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
hist(inc_annuelle$incidence, breaks=10, xlab="Incidence annuelle", ylab="Nb d'observations", main="")

# Identifier l’année avec épidémie la plus forte et la plus faible
annee_forte <- inc_annuelle$annee[which.max(inc_annuelle$incidence)]
annee_faible <- inc_annuelle$annee[which.min(inc_annuelle$incidence)]

cat("Année avec l'épidémie la plus forte :", annee_forte, "\n")
cat("Année avec l'épidémie la plus faible :", annee_faible, "\n")