diff --git a/journal/md2_doc_computationnel.md b/journal/md2_doc_computationnel.md index 15de87e12d142aeafe14190c3cedea19d2c43876..4a18587c898f88b6c1512a8928b9fc44578a9a1e 100644 --- a/journal/md2_doc_computationnel.md +++ b/journal/md2_doc_computationnel.md @@ -135,3 +135,38 @@ Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens * `export results` VS `export both` * __difficulté/ avantage principal : maîtriser les raccourcis clavier !!__ + +## Travailler avec les autres +* produire un document publiable à partir d'un document computationnel demande env parfaitement configuré ! +* convaincre co-auteurs : + * co auteurs enthousiastes => faire le service après vente (vérifier même résultat quel que soit la machine) + * co auteur veuillent s'investir juste _a minima_ : ils peuvent simplement modifier le texte en md et pas recalculer ou exporter le document final + * co auteur qui ne changent pas leurs habitudes : alors avoir 1 doc computationnel et 1 doc qui inclut les figures générées + * **tout doit être recalculable dans document computationnel** + +* partager son document avec des collègues + * dropbox etc : pb de controle d'acces + * gitlab : rendre dépot public => **nettoyer l'historique avant** (par exemple stockage de documents sous copyrights etc), mieux + * de l'avoir à l'esprit dès le départ ! + * archives ouvertes : HAL, Figshare/zenodo (CERN) + +## Analyse comparée des différents outils +* cours ou tutoriel => notebook Jupyter + * constuire la solution au fur et à mesure + +* journal => orgmode + * un seul auteur, chronologique, étiquette, liens + * contient typiquement notes de réunions, bouts de code exécutables + * recherche facile avec les étiquettes + +* cahier de laboratoire => orgmode + * organisation sémantique avec conventions d'éditions du document + * sections expériences /analyses, etc + * plusieurs auteurs + +* article reproductible => orgmode, difficile avec Jupyter + * possibilité de regénérer des figures, revenir aux sources + * section cachées avec les morceaux de code pour générer les figures + * export en latex possible directement + +* conclusion : Jupyter plus facile à prendre en main, orgmode plus puissant, y compris pour la navigation \ No newline at end of file