From 345eb6363cabae0501b53ad83547dffc0a0ee417 Mon Sep 17 00:00:00 2001
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Date: Thu, 30 Apr 2020 02:14:49 +0000
Subject: [PATCH] Update md2_doc_computationnel.md document computationnel

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 journal/md2_doc_computationnel.md | 50 ++++++++++++++++++++++++++++---
 1 file changed, 46 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/journal/md2_doc_computationnel.md b/journal/md2_doc_computationnel.md
index 72067ab..0a0b09e 100644
--- a/journal/md2_doc_computationnel.md
+++ b/journal/md2_doc_computationnel.md
@@ -3,10 +3,13 @@
 Constat : Vitrine (résultats) bien différent de l'envers du décor (calculs, souvent plus désorganisé)
 
 Notes sur les outils
- * Jupyter intégré au gitlab
+ * Jupyter intégré au gitlab => pour python, julia, R
+   * export basé sur pandoc
  * Rstudio à installer et communiquer avec gitlab, pour R
- * OrgMode : le plus puissant , nécessite emacs
- 
+   * export basé sur pandac
+ * OrgMode : le plus puissant , nécessite emacs, un peu plus dur à apprendre=> permet de combiner différents langages
+   * export pleinement personnalisable (obligatoire)
+   * capacité à écrire directement du latex qui sera passé tel quel lors de l'export
 
 ## Exemples de travaux aux résultats controversés
  * article en économie ayant conduit à des politiques d'austérité
@@ -30,7 +33,7 @@ Notes sur les outils
 1. manque de données
  * sources, données
  * choix non expliqués suspicieux => garder dans le cahier de lab
-2. erreurs dues aux ordinateurs
+2. erreurs dues aux ordinateurs => erreurs de calcul
  * logiciels propriétaires boites noires point and click, ou macro excel etc... 
    * _mauvais utilisation des tableurs_
  * __on doit avoir confiance en chaque brique__
@@ -45,5 +48,44 @@ Notes sur les outils
    * quelqu'un peut trouver une erreur
    * quelqu'un peut tirer avantage à ma place
 
+  * se donner les moyens que tout soit __inspectable__
 
+ 
+### Outils à éviter et alternatives
+  * outils propriétaires à éviter VS logiciels libres
+    * _markown, orgmode_ VS _excel,word_
+    * langages libres
+  * utiliser formats textes et non binaires => meilleure durabilité
+  * ne pas être soumis aux restrictions d'un seul hebergeur
+    * __gitlab__ VS dropbox
    
+
+## Le document computationnel : principes
+
+Science moderne :
+  1. données
+  2. analyse, visualisations => parfois retours au données
+  3. publication = partie émergée de l'iceberg
+
+Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens
+
+### Objectifs du document
+  * inspecter
+  * refaire : vérifier, corriger, réutiliser
+
+
+### Caractéristiques
+  * vitrine : comme un article au format pdf
+  * envers du décor : notebook jupyter par exemple
+    * éditeur interactif
+    * différents fragments de code avec résultats
+    * images/ graphes
+  * on peut choisir les parties à partager ou non
+ 
+  * __1 seul document avec explication code résultat__
+    * export possible
+
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2.18.1