diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md index 897083d41be5d382e995cd5485712af1cb12a0df..dc7ed011d1ec877dabd3acc77cbebc9e4d3c1352 100644 --- a/journal/Readme.md +++ b/journal/Readme.md @@ -27,4 +27,61 @@ avec option `-comment` pour ajouter une étiquette exiftools -comment ``` +# Module 2 : Document computationnel + + +1. informations à avoir : +source et données +expliciter ses choix +-> le cahier de laboratoire est essentiel + + +2. l'ordinateur, source d'erreurs +exemple : tableur -> erreurs de programmation +se reposer sur des piles logicielles complexes : on ne connait pas les composantsm + +3. Manque de rigueur et d'organisation +pas de backup +pas d'historique +pas de controle qualité +en info : revue de code, intégration continue + +4. outils à éviter : outils formats et services propriétaires + +* standards ouverts ; format texte : markdown, orgmode, csv, hdf5 +* langages libres dcilab, R python +* stocker données chez un hébergeur gratuit framadrop, gitlab/github +* attention aux outils intuitifs (tableurs, outils graphiques ) : pas de tracabilité + +les pb : +* manque d'info, procédure, accès +* erreur de calcul +* manque de rigueur scientifique + +changement de paradigme -> accès aux données et aux procédures de calcul + +##le document computationnel : principe +objectifs : +inspecter les démarches utilisées +refaire le calcul et l'analyse : vérifier / corriger / réutiliser + +contenu : +zones de texte au format markdown +zone de code exécutable +zone de résultat du code (graphique) + +petites zones de code +explication du +export en pdf ou html = doc final -> doc markdown +pour chaque zone cachée ou exportée +re-execution du code possible + +différents outils: jupyter, Rstudio, Orgmode + +-> inspection et rexecution +-> export vers un doc final + +interopérabilité (différents langages) : bof pour jupyter et Rstudio + +