# Journal de bord du Mooc / Mooc's logbook

# Module 1 : cahier de notes, cahier de laboratoire

1- Fichier texte avec un balisage léger : markdown

2- Gestion des versions 
    -dokuwiki : historique des modifications, accès aux versions, une seule page
    -git : une collection de fichiers, comparaison des versions
    permet de modifier plusieurs fichiers en même temps, 
    sauvegarde sur le serveur git + copie en local
    ex : **gitlab**
    
3- Etiquettage et indexation 
Comment se retrouver dans nos notes ? 
à l'aide d'étiquettes et en utilisant un moteur de recherche de bureau ex: **Docfetcher**
problème de l'abondance !

Ajouter des étiquettes ou mots-clés dans un fichier markdown : 
<!__etiquette1__!> ne sera pas affichée dans le fichier final mais permet de référencer ce mot clé dans ce fichier
on recherche les étiquettes à l'aide du moteur de recherche

on peut également ajouter des étiquettes sur les fichiers images ou pdf : contiennent des métadonnées
la commande `exiftools` permet d'éditer les métadonnées d'une image
avec option `-comment` pour ajouter une étiquette
```
exiftools -comment <!__etiquette1__!>
```

# Module 2 : Document computationnel


1.  informations à avoir : 
source et données
expliciter ses choix
-> le cahier de laboratoire est essentiel


2.  l'ordinateur, source d'erreurs 
exemple  : tableur -> erreurs de programmation 
se reposer sur des piles logicielles complexes : on ne connait pas les composantsm

3. Manque de rigueur et d'organisation 
pas de backup
pas d'historique
pas de controle qualité
en info : revue de code, intégration continue 

4. outils à éviter : outils formats et services propriétaires

*  standards ouverts ; format texte : markdown, orgmode, csv, hdf5
* langages libres dcilab, R python
* stocker données chez un hébergeur gratuit framadrop, gitlab/github
* attention aux outils intuitifs (tableurs, outils graphiques ) : pas de tracabilité 

les pb : 
* manque d'info, procédure, accès 
* erreur de calcul
* manque de rigueur scientifique 

changement de paradigme -> accès aux données et aux procédures de calcul

##le document computationnel : principe
objectifs : 
inspecter les démarches utilisées
refaire le calcul et l'analyse : vérifier / corriger / réutiliser

contenu : 
zones de texte au format markdown
zone de code exécutable
zone de résultat du code (graphique)

petites zones de code 
explication du 
export en pdf ou html = doc final -> doc markdown
pour chaque zone cachée ou exportée
re-execution du code possible

différents outils: jupyter, Rstudio, Orgmode

-> inspection et rexecution
-> export vers un doc final

interopérabilité (différents langages) : bof pour jupyter et Rstudio