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title: "Analyse de l'incidence de la varicelle"
author: "Colin Ferrari"
date: "14/04/2020"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Données sur les incidences de varicelle

Ces données sont issues du site internet du [réseau sentinelle](https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=table) et ont été téléchargées sous format CSV. Ces données concernent la période 1991 à 2020, elles ont été téléchargées le 27 Avril 2020. 

```{r}
# Importation de la base de données concernant les incidences de varicelles 

Inc_varicelle <- read.csv(file="incidence-PAY-7.csv", sep=",", skip=1)
```

```{r}
# Vérification des classes des colonnes semaines et inc

class(Inc_varicelle$week)
class(Inc_varicelle$inc)
```

```{r}
# Importation de la librairie parsedate pour la gestion des dates sous ce format là

library(parsedate)
```

```{r}
# Création de la fonction pour convertir les semaines en un format date
convert_week = function(w) {
	ws = paste(w)
	iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
	as.character(parse_iso_8601(iso))}
```

```{r}
# Application de cette fonction
Inc_varicelle$date = as.Date(convert_week(Inc_varicelle$week))
class(Inc_varicelle$date)
# Tri des dates pour les mettre dans le bon ordre
data = Inc_varicelle[order(Inc_varicelle$date),]
```

```{r}
plot(Inc_varicelle$date,Inc_varicelle$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
```

```{r}
with(tail(Inc_varicelle, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire", main="Incidence annuelle de la varicelle pour les années 1991 à 1995"))
```

```{r}
# Fonction pour calculer l'incidence annuelle
pic_annuel = function(annee) {
      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
      fin = paste0(annee,"-08-01")
      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
      sum(data$inc[semaines])
      }
```

```{r}
annees = 1991:2019
inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
head(inc_annuelle)
```
```{r}
# Graphique des incidences annuelles
plot(inc_annuelle, type="l", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
```