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title: "Analyse de l'incidence de la varicelle"
author: "aaaaaaaaa"
date: "2020-06-04"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```


## Introduction

Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/).  
Celles-ci sont disponibles au format CSV. Chaque ligne du fichier correspond à une semaine de la période demandée (les premières données datent de l'année 1991, les dernières sont celles d'une semaine récente).  

L'URL du fichier est la suivante :
```{r}
data_url <- "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv" 
```

Chargement des librairies utilisées dans cette étude :  
```{r message=FALSE}
library(tidyverse)   # Manipulation de données, graphiques, ...
library(knitr)
library(kableExtra)
```


## Téléchargement des données

Nous téléchargeons le fichier de données en local (si celui-ci n'existe pas). Ceci afin de nous prémunir contre un éventuel problème de connexion à ce fichier.
```{r}
dest_file <- "./varicelle_incidence.csv"
if(!file.exists(dest_file)) {
  download.file(url = data_url, destfile = dest_file, method = "auto")
}
```

Puis nous chargeons les données depuis le fichier local (a première ligne du fichier étant un commentaire).
```{r}
varicelle <- read_csv(dest_file, skip = 1)
```

Les données obtenues sont de la forme :
```{r}
head(varicelle) %>% 
  kable() %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left")
```

**Description du format du fichier :**

- `week` : Semaine calendaire (ISO 8601)
- `indicator` : Code de l'indicateur de surveillance
- `inc` : Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas
- `inc_low` : Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation
- `inc_up` : Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation
- `inc100` : Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
- `inc100_low` : Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
- `inc100_up` : Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
- `geo_insee` : Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/
- `geo_name` : Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)

&nbsp;

Dans un premier temps, vérifions s'il y a des données manquantes. 
```{r}
varicelle[rowSums(is.na(varicelle)) > 0, ]
```

Il semble que le fichier soit complet.  


## Formattage des données