From 7a47ac01aa8ec0a6161ba215daf1cebe2c7d0b62 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: 5785ce2009281db763af8064eb1752c5 <5785ce2009281db763af8064eb1752c5@app-learninglab.inria.fr> Date: Sat, 30 Mar 2024 12:42:57 +0000 Subject: [PATCH] Replace toy_document_orgmode_R_fr.org --- module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org | 163 +++++++++++++-------- 1 file changed, 103 insertions(+), 60 deletions(-) diff --git a/module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org b/module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org index 1bb8f61..544c867 100644 --- a/module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org +++ b/module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org @@ -1,8 +1,9 @@ -#+TITLE: Votre titre -#+AUTHOR: Votre nom -#+DATE: La date du jour +#+TITLE: À propos du calcul de \(\pi\) +:premambule: +#+AUTHOR: V. Ledda +#+DATE: <2024-03-30 sam.> #+LANGUAGE: fr -# #+PROPERTY: header-args :eval never-export +#+PROPERTY: header-args :eval never-export #+HTML_HEAD: #+HTML_HEAD: @@ -11,74 +12,116 @@ #+HTML_HEAD: #+HTML_HEAD: -* Quelques explications +#+startup:overview indent inlineimages + +#+latex_header: \usepackage{xcolor} +#+latex_header: \definecolor{CBlue}{HTML}{dcf2ff} +#+LATEX_HEADER: \definecolor{LightGray}{gray}{0.9} +#+latex_header: \definecolor{CBlue}{HTML}{dcf2ff} +#+latex_header: \definecolor{dark}{HTML}{272822} +#+attr_latex: :options bgcolor=CBlue +#+latex_header: \usemintedstyle{solarized-light} +#+latex_header: \usepackage{xcolor} +#+LATEX_HEADER:\usepackage{geometry} \geometry{ a4paper, total={190mm,257mm}, left=10mm, top=20mm, } +#+LATEX_HEADER:\usepackage{fancyhdr}\pagestyle{fancy}\fancyhead[L]{}\fancyhead[R]{MSP}\fancyfoot[R]{V. Ledda} +#+LATEX_HEADER:\usepackage{vmargin} +#+email: vincent.ledda@centralelille.fr +#+INFOJS_OPT: +#+PROPERTY: header-args :tangle yes +#+PROPERTY: header-args:jupyter-R :exports both +#+PROPERTY: header-args:jupyter-R+ :session /jpy::ir +#+PROPERTY: cache yes +#+LaTeX_CLASS_OPTIONS:[12pt] +#+EXPORT_EXCLUDE_TAGS: noexport +:end: + +#+begin_src elisp :exports none + (setq org-latex-listings 'minted) + (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "minted")) + (setq org-latex-listings 'minted + + org-latex-pdf-process + '("pdflatex -shell-escape -interaction nonstopmode -output-directory %o %f" + "pdflatex -shell-escape -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")) + (setq org-latex-minted-options '( + ("frame" "leftline") + ("fontsize" "\\scriptsize") + ("xleftmargin" "\\parindent") + ("rulecolor" "CBlue") + ("bgcolor" "LightGray") + )) + #+end_src + + #+RESULTS: + | frame | leftline | + | fontsize | \scriptsize | + | xleftmargin | \parindent | + | rulecolor | CBlue | + | bgcolor | LightGray | + +* En demandant à la lib maths + +#+begin_src jupyter-R :exports both :results raw drawer :display text +pi +#+end_src + +#+RESULTS: +: [1] 3.141593 -Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code -R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être -exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur -org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/. +* En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon -Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera -compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats -récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas -ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer -le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce -document. -Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code -R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~): +Mais calculé avec la méthode des aiguilles de Buffon, on obtiendrait comme approximation : -#+begin_src R :results output :exports both -print("Hello world!") +#+begin_src jupyter-R :exports both :results raw drawer :display text +set.seed(42) +N = 100000 +x = runif(N) +theta = pi/2*runif(N) +2/(mean(x+sin(theta)>1)) #+end_src #+RESULTS: -: [1] "Hello world!" +: [1] 3.14327 + + +* Avec un argument "fréquentiel" de surface + -Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le -plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une -persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant -~C-c C-c~). -#+begin_src R :results output :session *R* :exports both -summary(cars) +Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas +intervenir d'appel à la fonction sinus se base sur le fait que si +\(X\rightsquigarrow U(0;1)\) et \(Y\rightsquigarrow U(0;1)\) alors +\(P[X^2+Y^2\leq 1]=\pi/4\). + +(voir méthode de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80][Monte Carlo]] sur Wikipedia). Le code suivant illustre ce fait: + +#+begin_src jupyter-R :exports both :results raw + set.seed(42) + N = 1000 + df = data.frame(X = runif(N), Y = runif(N)) + df$Accept = (df$X**2 + df$Y**2 <=1) + library(ggplot2) + ggplot(df, aes(x=X,y=Y,color=Accept)) + + geom_point(alpha=.2) + + coord_fixed() + + theme_bw() #+end_src #+RESULTS: -: speed dist -: Min. : 4.0 Min. : 2.00 -: 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00 -: Median :15.0 Median : 36.00 -: Mean :15.4 Mean : 42.98 -: 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00 -: Max. :25.0 Max. :120.00 - -Et enfin, voici un exemple de sortie graphique: -#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* -plot(cars) +#+attr_org: :width 630 :height 630 +[[./.ob-jupyter/84255d9b6957e7869489f03929b3fa94b3283029.png]] + + + +Il est alors aisé d'obtenir une approximation (pas terrible) de $\pi$ +en comptant combien de fois, en moyenne, $X^2+Y^2$ est inférieur à 1 : + +#+begin_src jupyter-R :display text +4*mean(df$Accept) #+end_src #+RESULTS: -[[file:./cars.png]] - -Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code -ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous -recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre -(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient -parfaitement transparentes pour être reproductibles. - -Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document -org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas -de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et -compréhensible sur GitLab. - -Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas -forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par -exemple en repartant de ce document et de le commiter vers -gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de -ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis -claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en -faisant ~