# -*- mode: org -*-
#+TITLE:     Git et GitLab
#+DATE: June, 2018
#+STARTUP: overview indent
#+OPTIONS: num:nil toc:t
#+PROPERTY: header-args :eval never-export

*Ce document est particulièrement important si vous suivez le parcours
RStudio ou Org-Mode. Vous pouvez l’ignorer dans un premier temps si* 
*vous suivez le parcours Jupyter car nous avons étroitement intégré
Jupyter et GitLab dans le contexte de ce MOOC.*

Jusqu'à présent, vous avez utilisé Git uniquement via l'interface web
du GitLab que nous avons déployée pour le MOOC : 
[[https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/][https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/]]

Si vous accédez à ce lien depuis la plate-forme FUN, vous n'avez pas à
vous authentifier et vous pouvez facilement lire et modifier tous vos
fichiers. C'est très pratique, mais dans la plupart des cas, vous
voudrez avoir votre propre copie locale du référentiel et vous devrez
synchroniser votre copie locale avec celle de GitLab. Vous devrez
évidemment vous authentifier sur GitLab pour propager vos modifications.

Ce document décrit le logiciel que vous devez installer sur votre
ordinateur et comment gérer l'authentification. La section
"Configuration de Git" est illustrée dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][tutoriel vidéo]] (en
français). 

Veuillez lire attentivement toutes ces instructions, en particulier
celle sur la "Configuration de votre mot de passe sur GitLab".

* Table des matières                                           :TOC:
- [[#installer-git][Installer Git]]
  - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (Debian, Ubuntu)]]
  - [[#mac-osx-et-windows][Mac OSX et Windows]]
- [[#configurer-git][Configurer Git]]
  - [[#dire-à-git-qui-vous-êtes-nom-et-email][Dire à Git qui vous êtes : nom et email]]
  - [[#gérer-les-proxy][Gérer les proxy]]
  - [[#récupérer-votre-mot-de-passe-par-défaut-sur-gitlab-et-le-changer-éventuellement][Récupérer votre mot de passe par défaut sur GitLab (et le changer éventuellement)]]
  - [[#enregistrer-votre-mot-de-passe-localement][Enregistrer votre mot de passe localement]]
  - [[#optionnel-authentification-par-ssh][Optionnel : authentification par SSH]]
- [[#utiliser-git-par-lignes-de-commandes-pour-synchroniser-vos-fichiers-locaux-avec-gitlab][Utiliser Git par lignes de commandes pour synchroniser vos fichiers locaux avec Gitlab]]

* Installer Git
** Linux (Debian, Ubuntu)
Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions
basées sur Debian. N'hésitez pas à contribuer à ce document en
fournissant des informations à jour sur les autres distributions
(RedHat, Fedora, par exemple). 

Run (as root) :
#+begin_src sh :results output :exports both
apt-get update ; apt-get install git
#+end_src
** Mac OSX et Windows
- Télécharger et installer Git depuis le [[https://git-scm.com/downloads][site Git]].
- Clients Git optionnels (ne devraient pas être nécessaires si vous
  travaillez dans RStudio) : 
  - [[https://www.sourcetreeapp.com/][SourceTree]]
  - [[https://desktop.github.com/][GitHub Desktop]] 
    #+BEGIN_QUOTE
    Semble fonctionner avec GitLab et https (voir [[https://github.com/desktop/desktop/issues/852][discussion]]). 
    #+END_QUOTE
* Configurer Git
** Dire à Git qui vous êtes : nom et email
1. Ouvrir un terminal.
2. Définir un nom d'utilisateur et un email dans Git :
   #+begin_src shell :results output :exports both
   git config --global user.name "Mona Lisa"
   git config --global user.email "email@example.com"
   #+end_src

   #+RESULTS:

3. Confirmer que vous avez correctement défini le nom d'utilisateur et
   l'email Git : 
   #+begin_src shell :results output :exports both
   git config --global user.name
   git config --global user.email
   #+end_src

   #+RESULTS:
   : Mona Lisa
   : email@example.com
** Gérer les proxy
Vous êtes peut-être derrière un proxy, auquel cas vous pouvez avoir
des problèmes de clonage ou d’extraction à partir d’un dépôt distant,
ou une erreur telle que :  
=unable to access... Couldn't resolve host...=

Dans ce cas, envisagez quelque chose comme ceci :
#+begin_src shell :results output :exports both
git config --global http.proxy http://proxyUsername:proxyPassword@proxy.server.com:port
#+end_src

Le =proxyPassword= sera stocké en texte brut (non crypté) dans votre
fichier ~.gitconfig~, ce que vous ne souhaitez peut-être pas. Dans ce
cas, supprimez-le de l'URL et vous serez invité à le saisir chaque fois
que vous en aurez besoin. 
** Récupérer votre mot de passe par défaut sur GitLab (et le changer éventuellement)
*Avertissement (utilisateurs Jupyter) :* changer votre mot de passe
Gitlab par défaut vous empêchera de commiter les notebooks Jupyter que
nous avons déployés pour le MOOC. Vous devrez effectuer l’étape
supplémentaire de modification de votre =~/.git-credentials= dans
l’environnement Jupyter (éventuellement plusieurs fois).  

1. Récupérer votre mot de passe par défaut en utilisant l'outil [[https://app-learninglab.inria.fr/jupyterhub/services/password][Gitlab
   credentials retrieval]] comme décrit dans la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][ressource correspondante]].
   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/password_retrieval.png]]
   #+END_CENTER
   La première séquence de caractères longue et laide est votre
   identifiant GitLab qu'il est facile de trouver une fois que vous
   êtes connecté à Gitlab. Cependant la seconde séquence de caractères
   est votre mot de passe et cette page Web est le seul endroit où
   vous pouvez le trouver. Nous avons utilisé le mécanisme
   d'authentification FUN pour propager vos informations
   d'identification de sorte que seulement vous puissiez y
   accéder. Vous devrez utiliser ce mot de passe lorsque vous
   essaierez de propager des modifications de votre ordinateur vers
   GitLab. 

   /Note : Vous devez accéder à cette page Web à partir de la/
   /plate-forme FUN, sinon vous risquez d'obtenir une erreur 405 en/ 
   /essayant d'accéder directement à
   [[https://app-learninglab.inria.fr/jupyterhub/services/password]]./ 
   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/erreur405.png]]
   #+END_CENTER
2. Accéder à [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/xblock/block-v1:inria+41016+session02+type@lti+block@05a0ce425f1741e5bee5049040f70529/handler/preview_handler][GitLab]].

   /Note : Vous devez à nouveau accéder à Gitlab à partir de la plate-forme/
   /FUN, sinon vous risquez d'obtenir une erreur 405 en essayant
   d'accéder directement à/ 
   https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/users/sign_in/.
3. Cliquez sur le premier bouton =Sign in=. Vous pouvez également
   utiliser l'identifiant/mot de passe que vous venez de récupérer et
   utiliser le second bouton =Sign in=. Le second bouton permet de plus
   de se connecter sans passer par la plateforme FUN une fois que vous
   connaissez votre identifiant/mot de passe.
   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/signin.png]]
   #+END_CENTER
4. Si vous souhaitez modifier votre mot de passe, accédez à =Account >
   Settings > Password= et définissez votre mot de passe à l'aide du mot
   de passe par défaut que vous venez de récupérer. Encore une fois, si
   vous utilisez les notebooks Jupyter que nous avons déployés pour le
   MOOC, n’oubliez pas que changer votre mot de passe Gitlab par défaut
   vous empêchera de les commiter. Vous devrez effectuer l’étape
   supplémentaire consistant à changer votre =~/.git-credentials=
   Jupyter via une console Jupyter (voir section suivante). 

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/password.png]]
   #+END_CENTER
** Enregistrer votre mot de passe localement
Si vous clonez votre dépôt en collant simplement l'URL de
GitLab, vous serez invité à saisir votre identifiant et votre mot de
passe chaque fois que vous souhaitez propager vos modifications
locales, ce qui est fastidieux. C’est pourquoi vous pouvez demander à
Git de se rappeler de votre identifiant et votre mot de passe comme
suit :

#+begin_src shell :results output :exports both
git config --global credential.helper cache                  # remember my password
git config --global credential.helper "cache --timeout=3600" # for one hour at most
#+end_src
Avec cette configuration, vous serez invité à saisir votre mot de
passe, mais celui-ci sera mis en cache et ne sera plus demandé pendant
une heure. Vous voudrez peut-être lire [[https://stackoverflow.com/questions/5343068/is-there-a-way-to-skip-password-typing-when-using-https-on-github][ces instructions]] pour mieux
comprendre comment tout cela fonctionne. 

Si vous souhaitez que votre mot de passe soit mémorisé en permanence,
vous devez utiliser cette commande :
#+begin_src shell :results output :exports both
git config credential.helper store
#+end_src
Votre mot de passe sera alors stocké dans un fichier =.git-credentials=
en texte brut (non-crypté). Sur une machine parfaitement sécurisée,
cela peut être très bien... ou pas... ;) Utilisez cette possibilité à
vos risques et périls. 
** Optionnel : authentification par SSH
Il existe deux manières d'authentifier et de synchroniser votre
dépôt local avec GitLab : via HTTPS ou via SSH. Le premier est ce
qui vient d'être décrit et ne nécessite aucune installation de
logiciel particulier sur votre machine, c'est donc ce que je
recommande pour ce MOOC. Pourtant, je préfère le second (bien que
cela puisse paraître un peu plus technique), c'est pourquoi je le
décris ici. Cela consiste à installer SSH, à créer une paire de clés
ou des clés privée/publique et à télécharger votre clé publique SSH
sur GitLab. Cette section fournit des informations sur la procédure à
suivre. 

*** Installer SSH
**** Linux (Debian, Ubuntu)
Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions
basées sur Debian. N'hésitez pas à contribuer à ce document en
fournissant des informations à jour sur les autres distributions
(RedHat, Fedora, par exemple). 

Run (as root) :
#+begin_src sh :results output :exports both
apt-get update ; apt-get install openssh-client
#+end_src
**** macOS
C'est installé par défaut donc vous n'avez rien à faire.
**** Windows
Vous devez installer le client [[https://www.ssh.com/ssh/putty/windows/][Putty]]. Une fois l’installation
terminée, suivez la section [[https://www.ssh.com/ssh/putty/windows/puttygen][PuTTYgen - Key Generator for PuTTY on
Windows]]. 
*** Configurer SSH sur GitLab
Vous trouverez [[https://docs.gitlab.com/ee/ssh/][ici]] les explications officielles sur la configuration
de votre clé SSH sur GitLab. Vous pouvez aussi regarder cette vidéo :
#+BEGIN_EXPORT html
<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/54mxyLo3Mqk" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>
#+END_EXPORT
* Utiliser Git par lignes de commandes pour synchroniser vos fichiers locaux avec Gitlab
Cette section décrit un moyen générique (par lignes de commandes) de
synchroniser vos fichiers locaux avec Gitlab. Vous n'en aurez pas
besoin si vous suivez le parcours Jupyter. Si vous suivez le parcours
RStudio, toutes ces opérations peuvent être effectuées via RStudio et
vous voudrez peut-être lire [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/1a4f58a1efed437c93a9f5c5f15df428][les instructions correspondantes]]. Si vous
suivez le chemin Org-Mode, toutes ces opérations peuvent être
effectuées via Magit et vous voudrez peut-être lire
[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/508299f7373449a3939faa5b11462bc4][les instructions correspondantes]].


Voici d'autres moyens d'apprendre Git par lignes de commandes :
- Le [[http://swcarpentry.github.io/git-novice/][Software Carpentry git tutorial]]
- Le livre Pro Git (gratuit) en [[https://git-scm.com/book/en/v2][englais]] ou en [[https://git-scm.com/book/fr/v2][français]]. Les deux
  premiers chapitres suffisent pour bien commencer. 
- Le site [[https://learngitbranching.js.org/][Apprenez Git Branching]] permet d'apprendre Git
  interactivement et de comprendre les branches. 

Maintenant, commençons !
1. Récupérer l'URL du dépôt
   #+BEGIN_CENTER
      [[file:rstudio_images/adresse_depot.png]]
   #+END_CENTER
2. Cloner le dépôt
   #+begin_src shell :results output :exports both
   cd /the/directory/where/you/want/to/clone/your/repository
   git clone https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
   #+end_src
   Alternativement, vous pouvez vouloir indiquer votre identifiant
   maintenant, bien que je vous suggère plutôt de suivre les
   instructions de la partie /Enregistrer votre mot de passe localement/. 
   #+begin_src shell :results output :exports both
   git clone https://xxx@app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
   #+end_src
   Maintenant un répertoire =mooc-rr= a été créé sur votre ordinateur.
3. Inspecter le répertoire correspondant au dépôt
   #+begin_src shell :results output :exports both
   cd mooc-rr
   ls # (Unix)
   dir # (Windows)
   #+end_src
4. Synchroniser avec GitLab

   Vous devez indiquer les fichiers à suivre (=git add=) et les valider
   localement (=git commit=) avant de pouvoir les transférer (=git push=)
   à GitLab. Le =git status= vous indiquera si les fichiers sont
   suivis/modifiés/commités/...

   Supposons que vous venez de créer un fichier =fichier.txt= à la
   racine du répertoire =mooc-rr=. 

   #+begin_src shell :results output :exports both
   git status
   #+end_src

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/status1.png]]
   #+END_CENTER

   #+begin_src shell :results output :exports both
   git add fichier.txt
   git status
   #+end_src

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/status2.png]]
   #+END_CENTER

   #+begin_src shell :results output :exports both
   git commit -m "message commit"
   #+end_src

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/commit_git.png]]
   #+END_CENTER

   #+begin_src shell :results output :exports both
   git status
   #+end_src

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/status3.png]]
   #+END_CENTER

   Le fichier peut ensuite être transféré vers GitLab :
   #+begin_src shell :results output :exports both
   git push
   #+end_src

   À ce stade, Git vous demandera votre identifiant/mot de passe,
   sauf si vous avez suivi les instructions de la partie /Enregistrer
   votre mot de passe localement/. 

   NB : vous ne serez pas autorisé à propager vos modifications dans
   GitLab si d'autres modifications ont été propagées entre temps (par
   exemple par quelqu'un d'autre). 

   #+BEGIN_CENTER
   [[file:gitlab_images/rejected.png]]
   #+END_CENTER

5. Synchronisation à partir de Gitlab : pour éviter le problème
   précédent, vous devez d’abord récupérer les modifications distantes
   de GitLab et les appliquer localement.

   #+begin_src shell :results output :exports both
   git pull
   #+end_src
   Alors seulement pourrez-vous exécuter le =git push=.


