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title:     Le document computationnel
date:   Wed Mar 20 13:19:19 2019 
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Ce document rassemble la plupart des références mentionnées dans les
vidéos. C'est une liste relativement grossière qui mériterait d'être
améliorée.

# Table des matières <span class="tag" data-tag-name="TOC"><span class="smallcaps">TOC</span></span>

  - [M2-S0: Le document
    computationnel](#m2-s0-le-document-computationnel)
  - [M2-S1: Exemples récents d'études assez
    discutées](#m2-s1-exemples-récents-détudes-assez-discutées)
      - [Économie: Politiques
        d'austérité](#économie-politiques-daustérité)
      - [Les IRM fonctionnelles](#les-irm-fonctionnelles)
      - [Les fausses structures de
        protéines](#les-fausses-structures-de-protéines)
      - [Autres domaines](#autres-domaines)
  - [M2-S2: Pourquoi est-ce
    difficile?](#m2-s2-pourquoi-est-ce-difficile)
      - [Les erreurs classiques](#les-erreurs-classiques)
      - [Tout rendre publique ?](#tout-rendre-publique)
  - [M2-S3: Le document computationnel :
    principe](#m2-s3-le-document-computationnel-principe)
  - [M2-S5: Travailler avec les
    autres](#m2-s5-travailler-avec-les-autres)
      - [Préparation d'un document pour un journal ou pour une
        conférence](#préparation-dun-document-pour-un-journal-ou-pour-une-conférence)
  - [M2-S6: Analyse comparée des différents
    outils](#m2-s6-analyse-comparée-des-différents-outils)
      - [Exemples de document Org-Mode](#exemples-de-document-org-mode)

# M2-S0: Le document computationnel

# M2-S1: Exemples récents d'études assez discutées

## Économie: Politiques d'austérité

  - [Reinhart et
    Rogoff](https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt):
    *Growth in a Time of Debt*
  - Herndon, Ash et Pollin
  - Wray: combining data across centuries, exchange rate regimes,

## Les IRM fonctionnelles

  - 2010: [Bennett et al.: le saumon
    mort](https://www.researchgate.net/publication/255651552_Neural_correlates_of_interspecies_perspective_taking_in_the_post-mortem_Atlantic_Salmon_an_argument_for_multiple_comparisons_correction)
    ☺
  - 2016: [Eklund, Nichols, and
    Knutsson](http://www.pnas.org/content/113/28/7900.abstract). [Un bug
    dans les logiciels d'IRM pourrait invalider 15 années de recherche
    sur le
    cerveau](http://www.sciencealert.com/a-bug-in-fmri-software-could-invalidate-decades-of-brain-research-scientists-discover)
    (*40 000 articles*)
  - 2016: C'est [plus subtil que
    ça](https://www.cogneurosociety.org/debunking-the-myth-that-fmri-studies-are-invalid/).
    [D'après Nichols, un des auteurs de l'article
    d'origine](http://blogs.warwick.ac.uk/nichols/entry/bibliometrics_of_cluster/),
    c'est plutôt de l'ordre de *3 600 études qui seraient
    potentiellement impactées*.

## Les fausses structures de protéines

[A "buggy
software"](https://people.ligo-wa.caltech.edu/~michael.landry/calibration/S5/getsignright.pdf).

## Autres domaines

  - [Oncologie](http://www.nature.com/nrd/journal/v10/n9/full/nrd3439-c1.html?foxtrotcallback=true):
    "*half of published studies, even in prestigious journals, can't be
    reproduced in industrial
    labs*"
  - [Psychologie](http://theconversation.com/we-found-only-one-third-of-published-psychology-research-is-reliable-now-what-46596):
    "*attempting to reproduce 100 previously published findings*, *only
    one-third of published psychology research was found to be
    reliable*"

# M2-S2: Pourquoi est-ce difficile?

## Les erreurs classiques

  - [Enquoi les ordinateurs ont "cassé" la
    science](http://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938)
  - [Erreurs de programmation et de manipulation de données en
    génomique](https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets/)

## Tout rendre publique ?

  - Quelqu'un pourrait [tirer parti de mon dur
    labeur](http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224)

# M2-S3: Le document computationnel : principe

# M2-S5: Travailler avec les autres

## Préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence

De quoi aurez-vous besoin pour produire un document **pdf**:

  - En interne: *pandoc*, *knitr* ou *emacs/org-mode*.
  - *LaTeX* devra aussi être installé

Voici quelques billets intéressants sur le sujet:

  - <http://blog.juliusschulz.de/blog/ultimate-ipython-notebook>
      - <https://github.com/kirbs-/hide_code> is a
    must-have
  - <http://svmiller.com/blog/2016/02/svm-r-markdown-manuscript/>
  - <https://github.com/balouf/Kleinberg/blob/master/KleinbergsGridSimulator.ipynb>

# M2-S6: Analyse comparée des différents outils

## [Exemples de document Org-Mode](../ressources/orgmode_examples/README_fr.org)