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title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal"
author: "Matthieu Moreau"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Préparation des données

### Téléchargement

Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/datasets/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1991 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:

```{r}
data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv"

data_file = "Incidence_varicelle.csv"

# We will download the dataset only if a local copy does not exist yet

if (!file.exists(data_file)) {
    download.file(data_url, data_file, method="auto")
}
```

### Lecture et description des données

La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.

```{r}
data = read.csv(data_file, skip=1)
```

```{r}
head(data)
tail(data)
```

Aucune semaine ne présent de NA
```{r}
na_records = apply(data, 1, function (x) any(is.na(x)))
data[na_records,]
```

Vérifier que *"week"* et *"inc"* sont bien des entiers
```{r}
class(data$week)
class(data$inc)
```

### Conversion des numéros de semaine

```{r}
library(parsedate)
```

```{r}
convert_week = function(w) {
	ws = paste(w)
	iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
	as.character(parse_iso_8601(iso))
}
```

```{r}
data$date = as.Date(convert_week(data$week))

head(data$date)

class(data$date)
```


```{r}
data = data[order(data$date),]
all(diff(data$date) == 7)
```

### Inspection

Représentation graphique de l'ensemble des données
```{r}
plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
```

Zoom sur les 200 dernières semaines
```{r}
with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
```

La varicelle ne présente pas, comme la grippe, une longue periode de faible incidence durant la période estivale.

```{r}
with(tail(data, 600), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
abline(v=as.Date(paste0(2010:2020,"-09-01")),col='red')
```
Cependant le minimum de l'épidémie sur les 10 dernières années est observé autour du 1er septembre

## L'incidence annuelle

### Calcul

Nous allons calculer la somme du niveau d'incidence de chaque année du 1er septembre au 1er septembre

```{r}
pic_annuel = function(annee) {
      debut = paste0(annee-1,"-09-01")
      fin = paste0(annee,"-09-01")
      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
      }
```

```{r}
head(data)
```

Les données commence en Decembre 1990 ce qui ne nous permet pas de quantifier le pic de 1991 en entier. Nous commencerons donc en 1992.

```{r}
annees = 1992:2021
```

```{r}
inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
head(inc_annuelle)
tail(inc_annuelle)
```

### Inspection

Voici les incidences annuelles en graphique:
```{r}
plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
```


## Incidence Min et Max

```{r}
head(inc_annuelle[order(-inc_annuelle$incidence),])
```

```{r}
head(inc_annuelle[order(inc_annuelle$incidence),])
```