diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md index 8a241a8a77e9832f314f00254f44cb0fb51d134c..43dd8163490956425312a88991bd391f8a3b98ea 100644 --- a/journal/Readme.md +++ b/journal/Readme.md @@ -3,6 +3,12 @@ # Module 0 Crise de la reproductabilité +[resource1](https://theconversation.com/reproduire-un-resultat-scientifique-plus-facile-a-dire-qua-faire-129848) +[ressource2](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master//module0/ressources/ReproducibilityCrisisHistory_fr.md) +[ressource3](https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124) + +Difficulté à reproduire le travail des collègues, reproductibilité décrite comme l'un des piliers de la fiabilité de la recherche scientifique alors que par leur nature certains domaines ne peuvent pas avoir leur travail reproduit +Rigueur et transparence sont d'autres qualité à considérer pour la fiabilité d'un travail Notions différentes entre reproductibilité, transparence @@ -11,7 +17,7 @@ Notions différentes entre reproductibilité, transparence Carnet de notes pour garder une trace -Markdown +Markdown : voir construction de ce Markdown Pandoc @@ -19,6 +25,25 @@ Git # Module 2 +Erreurs possible au niveau de l'acquisition des données, des calculs, de la machine etc (IRM), mais aussi au niveau de l'analyse des données (statistiques, programmation) + +Transparence utile pour le partage aux autres et pour soi même, pour identifier les erreurs, les articles les plus cités sont ceux qui apportent une méthodologie innovante et réutilisable + +Sources d'erreurs possible : +- Eviter point & click, tableurs, pile logicielle complexe (logiciel propriétaire boite noire) -> "mieux vaut être en mesure de déterminer, dans son analyse, si chaque brique est digne de confiance ou pas" +- Manque de rigueur et d'organisation + - pas de backup + - pas d'historique + - pas de controle qualité +- Eviter outils, formats et services propriétaires : + - privilégier format texte : markdown, orgmode, csv, hdf5, ... + - privilégier logiciels et langages de programmation libres : scilab, R, python, ... +- Eviter de stocker les données chez un hébergeur dont vous pouvez être captifs + - privilégier framadrop, gitlab/github +- Attention aux outils "intuitifs" : tableurs, interfaces graphiques, exploration interactive + - R, python + + Jupyter possible de faire du R avec commande %%R et les variables sont conservées entre blocs R Markdown pour faire Markdown et code en même temps, knitR permet d'exporter en pdf