From fa2f0ceb2200fb145d7591488f28b2936d9b3ba4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: 61108243dd1ab58c494e6087352737ae
 <61108243dd1ab58c494e6087352737ae@app-learninglab.inria.fr>
Date: Thu, 31 Oct 2024 13:46:02 +0000
Subject: [PATCH] Update Readme.md

---
 journal/Readme.md | 27 ++++++++++++++++++++++++++-
 1 file changed, 26 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md
index 8a241a8..43dd816 100644
--- a/journal/Readme.md
+++ b/journal/Readme.md
@@ -3,6 +3,12 @@
 # Module 0
 
 Crise de la reproductabilité 
+[resource1](https://theconversation.com/reproduire-un-resultat-scientifique-plus-facile-a-dire-qua-faire-129848)
+[ressource2](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master//module0/ressources/ReproducibilityCrisisHistory_fr.md)
+[ressource3](https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124)
+
+Difficulté à reproduire le travail des collègues, reproductibilité décrite comme l'un des piliers de la fiabilité de la recherche scientifique alors que par leur nature certains domaines ne peuvent pas avoir leur travail reproduit
+Rigueur et transparence sont d'autres qualité à considérer pour la fiabilité d'un travail
 
 Notions différentes entre reproductibilité, transparence
 
@@ -11,7 +17,7 @@ Notions différentes entre reproductibilité, transparence
 
 Carnet de notes pour garder une trace 
 
-Markdown 
+Markdown : voir construction de ce Markdown
 
 Pandoc
 
@@ -19,6 +25,25 @@ Git
 
 # Module 2
 
+Erreurs possible au niveau de l'acquisition des données, des calculs, de la machine etc (IRM), mais aussi au niveau de l'analyse des données (statistiques, programmation)
+
+Transparence utile pour le partage aux autres et pour soi même, pour identifier les erreurs, les articles les plus cités sont ceux qui apportent une méthodologie innovante et réutilisable
+
+Sources d'erreurs possible :
+- Eviter point & click, tableurs, pile logicielle complexe (logiciel propriétaire boite noire) -> "mieux vaut être en mesure de déterminer, dans son analyse, si chaque brique est digne de confiance ou pas"
+- Manque de rigueur et d'organisation
+    - pas de backup
+    - pas d'historique
+    - pas de controle qualité
+- Eviter outils, formats et services propriétaires :
+    - privilégier format texte : markdown, orgmode, csv, hdf5, ...
+    - privilégier logiciels et langages de programmation libres : scilab, R, python, ...
+- Eviter de stocker les données chez un hébergeur dont vous pouvez être captifs
+    - privilégier framadrop, gitlab/github 
+- Attention aux outils "intuitifs" : tableurs, interfaces graphiques, exploration interactive
+    - R, python
+
+
 Jupyter possible de faire du R avec commande %%R et les variables sont conservées entre blocs
 
 R Markdown pour faire Markdown et code en même temps, knitR permet d'exporter en pdf
-- 
2.18.1