# notes de cours pour Mooc recherche reproductible

# Module 1

#markdown
**bold** ou __bold__

_italic_ ou *italic*

étiquette : <!-- etiquette-->'

lien hypertexte : [GitHub](http://github.com)

`bout de code` avec des "back-ticks"  
```block de code```avec 3 back-ticks

deux espaces en fin de ligne pour changer de ligne sans changer de paragraphe

# GIT

## git en LOCAL

git = sur un serveur distant
fléches = dépendance vont dans l'autre sens que le temps

**git add** : ajouter les modifs à ajouter au futur commit
- on peut en faire plusieurs

**git commit** : commiter les modifs en LOCAL
- identifié par clé cryptographique SH1 qui contient les dépendances

**git diff xxx yyy **: pour comparer les versions
**git checkout** : revenir à l'état précédent

**git log** : accès à l'historiques

## travailler à plusieurs : SERVEUR
synchroniser des branches en échangeant des morceaux d'historiques

**got clone** : récupération le projet en local (vide au début)

**git push** : propager les modifs sur le serveur gitlab
 - avant de faire un git push, il faut d'abord commiter en local !
 
**git merge** : fusion en cas de conflit / _a approfondir_
 
**git pull** : récupération des modifications de la branche master
*branches* master et local

outil de recherche dans les fichiers, ne marche que dans le répertoire local

### conflits
- une modif = un caractère !
- la granulométrie est la ligne et le fichier

- si 2 modifs sur des parties différentes d'un même fichier ou deux fichiers différents = fusion automatique
- si modifs sur des lignes identiques alors il faut inspecter les modifs pour gérer le conflit

		### fork et pull request (sur github)
- fork : faire une copie du projet dans son espace personnel afin de travailler sur les fichiers
- pull request : faire une demande aux admin : la branche est terminée et soumise à validation

### bonnes pratiques
 - modularité, multiplier les fichiers
 - préferer le format texte

## plateformes de dev. collaboratif = GitHub, GitLab et autres
- issues (demande correction bug, demande fonctionnalités)
- statistiques
- possibilité de lancer automatiquement des tests après les commits

- gratuit ?
	- GitHub : logiciel propriétaire, service payant pour les entreprises (gratuit pour les étudiants)
	- GitLab : alternative libre. Il existe 2 versions, une version communauté et une version entreprise en avance.

- interfaces : jupyther a une extension pour faire les commit + logiciels graphiques (GitKraken, ...)

# etiquette de données pour moteur de recherche

doc fetcher ou recol : moteur de recherche de bureau multiplafeform

étiquette dans fichiers texte (balises) 
et images (logiciel Exiftool) https://exiftool.org/ mais en ligne de commande, il existe lignes commande