---
title: "Analyse de l'incidence su syndrôme grippal"
author: '*Ana Sodan*'
date: "08/05/2020"
output: html_document
editor_options: 
  chunk_output_type: inline
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r}
data_url="https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
```


J'appelle mon fichier comme je veux dans data_file. Ensuite je le télécharge selon l'url donné précédemment s'il n'exite pas avec le nom donné dans data_file
```{r}
data_file="syndrome-grippal.csv"



if(!file.exists(data_file)){download.file(data_url,data_file,method="auto")}
```

```{r}
data=read.csv(data_file,skip=1)
head (data)
```

```{r}
tail(data)
```

```{r}
lignes_na=apply(data,1,function(x)any(is.na(x)))
data[lignes_na,]
```

```{r}
class(data$week)
```

```{r}
class(data$inc)
```



```{r}
library(parsedate)

```
```{r}
convert_week=function(date){ ws=paste(date)
iso=paste0(substring(ws,1,4),"-W",substring(ws,5,6))
as.character(parse_iso_8601(iso))}
```
```{r}
data$date=as.Date(sapply(data$week,convert_week))
```

```{r}
class(data$date)
```
```{r}
data=data[order(data$date),]

```

```{r}
head(data)
```

Pour vérifier que la distance entre deux dates est bien 7 jours

```{r}
all(diff(data$date)==7)
```

```{r}
with(data,plot(date,inc,type="l"))
```
On peut appliquer cela juste sur les dernières données. Exemple sur les 200 dernières. 


```{r}
with(tail(data,200),plot(date,inc,type="l"))
```

```{r}
pic_annuel=function(annee){
debut=paste0(annee-1,"-08-01")
fin =paste0(annee,"-08-01")
semaines=data$date>debut & data$date<=fin
sum(data$inc[semaines],na.rm=TRUE)}
```

```{r}
annees=1986:2019
```

```{r}
incidence_annuelle=data.frame(annee=annees,incidence=sapply(annees,pic_annuel))
```

```{r}
head(incidence_annuelle)
```

```{r}
plot(incidence_annuelle,"p")
```

```{r}
head(incidence_annuelle[order(-incidence_annuelle$incidence),])
```

Dans Hist Breaks signifie le nombre de barres que l'on veut avoir. 

```{r}
hist(incidence_annuelle$incidence,breaks=10)
```