diff --git a/journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md b/journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md index b8b7930af42a208d4a4fdc0f4f89e8e80829e87c..0def5e5ef65b68ef5d19fe9feb7cb3896475f1a9 100644 --- a/journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md +++ b/journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md @@ -170,4 +170,34 @@ pour qu'il applique le style voulu. Avec OrgMode capacité à écrire directement du Latex. +#### 2.4.a) Prise en main de Jupyter + +```%matplotlib inline``` +--> permet de faire en sorte qu'un graphique soit directement afficher dans le notebook\ +```%lsmagic``` +--> permet de connaître plein de commandes très utiles + +**Pour exécuter des fragments de code R** + +D'abord chargement d'un module python permettant d'interpréter du code R\ +```%load_ext rp2.ipython```\ +et ensuite\ +```%%R```\ +D'autres langages sont possibles shell, perl (%%sh, %%perl) + +**Partage** + +--> possible en utilisant GitLab/Github\ +--> sauvegarde au formt html, facilement transférable par mail par exemple + +**Exporter vers un docuement pour un article** + +Pour l'export, on peut contrôler la vsibilité de chaque cellule via l'utilisation du plugin Hide-code\ +Si on veut un contrôle fin, il est possible: +* d'insérer directement des commandes latex ou html (%%latex,%%html) +* Personnaliser les feuilles de styles, les export de NBConvert via des commandes appropriées\ +jupyter nbconvert --to mypackage.MyExporter notebook.ipynb + + +