diff --git a/module3/exo1/mon-analyse.Rmd b/module3/exo1/mon-analyse.Rmd index c61a98003b37b9dbcc1e69cf47b5e5e9e9d47269..5229db86f42493fd727e0b5bcfd4d53534c55ea8 100644 --- a/module3/exo1/mon-analyse.Rmd +++ b/module3/exo1/mon-analyse.Rmd @@ -88,3 +88,64 @@ with(tail(data,200),plot(date,inc,type="l")) ``` on voit un pic en début d'année (hiver) + + +# questions et réponses + +Les questions que l'on se pose : +1. dans quelle année y avait-il les épidémies les plus fortes ? +2. quelle est la fréquence d'épidémies faibles, moyennes, et fortes ? + +On veut regarder les données par années, mais conserver le pic d'épidémie (qui chevauche une année civile) : on prendra les données du 1er août d'une année au 1er août de l'année d'après + +## Incidence annuelle + +### Calcul + +Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er août de l'année $N$ au 1er août de l'année $N+1$. Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de syndrome grippal est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. +L'argument `na.rm=True` dans la sommation précise qu'il faut supprimer les points manquants. Ce choix est raisonnable car il n'y a qu'un seul point manquant, dont l'impact ne peut pas être très fort. + +```{r} +pic_annuel<-function(annee){ + debut<-paste0(annee-1, "-08-01") + fin<-paste0(annee,"-08-01") + semaines<-data$date>debut & data$date