diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index c0a9ad45d3d754696bbc9fdb4cb34a8995beb2e6..22c2b481d977b20bf976e4ada0e42fef7faf2b23 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -25,6 +25,13 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du ```{r} data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" ``` +Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas. +```{r} +data_file = "syndrome-grippal.csv" +if (!file.exists(data_file)) { + download.file(data_url, data_file, method="auto") +} +``` Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): @@ -42,12 +49,9 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https:// | `geo_name` | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) | La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`. -### Téléchargement -Il est préférable de télécharger en local le fichier en suivant l'URL. Puis passer par les menus "Surveillance continue" - "Base de données" - "Accès aux données" -et cliquer sur l'onglet "Télécharger", puis choisir les données au format CSV pour la France Métropolitaine. -La commande suivante permet d'importer le fichier enregistrer localement. +### Lecture ```{r} -data = read.csv(file.choose(), sep=",", skip=1) +data = read.csv(data_file, sep=",", skip=1) ``` Regardons ce que nous avons obtenu: