@@ -108,3 +108,44 @@ Différents outils mais un même principe :
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@@ -108,3 +108,44 @@ Différents outils mais un même principe :
Différences entre les trois outils sont relativement mineures et portent sur : syntaxe, interopérabilité des langages, contrôle offert lors de l'export
Différences entre les trois outils sont relativement mineures et portent sur : syntaxe, interopérabilité des langages, contrôle offert lors de l'export
OrgMode est pratique pour LateX
OrgMode est pratique pour LateX
## Travailler avec les autres
Pour produire un document prêt à l'impression à partir d'un document computationnel, il faut choisir dans tous les cas :
- quelles cellules cacher ?
- le bon style
Cela demande d'avoir un environnement parfaitement configuré.
**Comment convaincre ses co-auteurs de faire des efforts ?**
Plusieurs réactions et approches possibles face à un nouvel outil.
Dans ce cas, il faut assurer le service après-vente : compatibilibité avec les environnements. Mais pratique pour la vérification.
Si les co-auteurs sont réfractaires : il faut utiliser un document classique, avec notamment les figures générées.
**Partager avec les autres**
- Avec Rstudio : Rpubs : pas pérenne
- Dropbox et autres : pérénnité, accès...
- Gitlab / Github : on peut soit
- tout rendre public
- faire le ménage et archiver l'état courant dans un type compagnon -> outils Runmycode, archives ouvertes telles que HAL, figshare, zenodo
**Notes prises à partir des questions**
"Enfin, d'expérience, on surestime toujours la longévité des documents conservés sous forme numérique. La meilleure façon d'archiver est probablement d'imprimer le code source avec de l’encre d’archivage sur du papier non acide et le confier à un archiviste expérimenté qui en fera des copies et les disséminera dans des lieux sûrs. C'est une technique qui pourra sembler archaïque aux plus jeunes mais qui a fait ses preuves."
A quoi se préparer quand on utilise un document computationnel :
a. En laissant mes co-auteurs accéder et modifier facilement mon code, ils risquent de tout casser
b. Mes collaborateurs risquent de se rendre compte que je code comme un cochon et que je bidonne mes résultats (en imaginant que ça soit le cas... ;)
c. Je n’aurai plus d’excuse pour ne pas relire et vérifier le code de mes collaborateurs
d. Il faudra que mes co-auteurs et moi-même nous assurions que ça fonctionne sur chacune de nos machines et ça nous prendra du temps
e. Il faudra installer des tas de trucs compliqués alors que nos machines ne sont pas à jours
Avantages de l'utilisation et de la publication d'un document computationnel :
a. Ce sont des outils relativement faciles à prendre en main, ce qui permet au plus grand nombre de se les approprier et de comprendre mon travail
b. Ces outils permettent d’avoir dans un seul document (1) un aperçu des données (2) du code (3) les résultats de calculs, et surtout (4) des explications sur comment ces trois types d’objets s’articulent les uns avec les autres
c. Cela permet d’être transparent sur la façon dont on arrive à telle ou telle conclusion
d. Cela permet à d’autres de plus facilement réutiliser tout ou une partie de nos procédures de calcul
