diff --git a/journal/Notes_on_module_2.md b/journal/Notes_on_module_2.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..201cd5802f76f6d91ae853b838c654507415d24e --- /dev/null +++ b/journal/Notes_on_module_2.md @@ -0,0 +1,30 @@ +# Objectifs du module 2 : La vitrine et l'envers du décor + +- Extension de la traçabilité aux calculs et à ses résultats +- Intégration du code et des résultats dans un document du type rapport technique / article scientifique + +## Introduction + +Nous sommes souvent bien moins organisés que ce que nous prétendons être. +-> qu'est-ce qu'un document computationnel ? Celui-ci permet d'accéder à la fois à la vitrine et à l'envers du décor, c'est-à-dire d'améliorer la traçabilité des calculs, +de présenter facilement les travaux, et d'accèder aux calculs sous-jacents à une analyse. + +Environnements présentés : Jupyter, Rstudio et Emacs/Orgmode +Jupyter : plus adapté pour coder en Python. + +## Exemples de travaux aux résultats discutés + +- économie : politiques d'austérité +Travaux de Reinhart et Rogoff +Le débat a été long car les données n'ont pas été publiées dans leur intégralité + +- imagerie cérébrale +Signes d'activité cérébrale chez le poisson mort -> met le doigt sur des problèmes méthodologiques + +- fausses structures de protéines + - Code d'analyse aurait inversé deux colonnes de données + - Rétractations + +Ces problèmes sont présents dans tous les domaines scientifiques. +La rigueur et la transparence sont alors de mise. +