From dd8203e090193e0c5baa1cc57abe722a490129b1 Mon Sep 17 00:00:00 2001
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Date: Mon, 13 Apr 2020 12:44:23 +0000
Subject: [PATCH] Started taking notes on module 2 ; up to .1

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 journal/Notes_on_module_2.md | 30 ++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 30 insertions(+)
 create mode 100644 journal/Notes_on_module_2.md

diff --git a/journal/Notes_on_module_2.md b/journal/Notes_on_module_2.md
new file mode 100644
index 0000000..201cd58
--- /dev/null
+++ b/journal/Notes_on_module_2.md
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Objectifs du module 2 : La vitrine et l'envers du décor
+
+- Extension de la traçabilité aux calculs et à ses résultats
+- Intégration du code et des résultats dans un document du type rapport technique / article scientifique
+
+## Introduction
+
+Nous sommes souvent bien moins organisés que ce que nous prétendons être. 
+-> qu'est-ce qu'un document computationnel ? Celui-ci permet d'accéder à la fois à la vitrine et à l'envers du décor, c'est-à-dire d'améliorer la traçabilité des calculs,
+de présenter facilement les travaux, et d'accèder aux calculs sous-jacents à une analyse. 
+
+Environnements présentés : Jupyter, Rstudio et Emacs/Orgmode
+Jupyter : plus adapté pour coder en Python.
+
+## Exemples de travaux aux résultats discutés
+
+- économie : politiques d'austérité 
+Travaux de Reinhart et Rogoff 
+Le débat a été long car les données n'ont pas été publiées dans leur intégralité
+
+- imagerie cérébrale 
+Signes d'activité cérébrale chez le poisson mort -> met le doigt sur des problèmes méthodologiques
+
+- fausses structures de protéines
+ - Code d'analyse aurait inversé deux colonnes de données
+ - Rétractations
+ 
+Ces problèmes sont présents dans tous les domaines scientifiques. 
+La rigueur et la transparence sont alors de mise. 
+
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2.18.1