From e5e757f4f0e4b62a85735d1145fc685ea2c771c6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: 83bf50fc8bf8249d7a09086058f8c99d Date: Mon, 20 Apr 2020 17:03:47 +0000 Subject: [PATCH] Delete tuto_jupyter_windows_v2.md --- .../tuto_jupyter_windows_v2.md | 167 ------------------ 1 file changed, 167 deletions(-) delete mode 100644 documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows_v2.md diff --git a/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows_v2.md b/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows_v2.md deleted file mode 100644 index 665472f..0000000 --- a/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows_v2.md +++ /dev/null @@ -1,167 +0,0 @@ ---- -title: "Tuto Jupyter Windows" ---- - -https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/jupyter_fr.org - -[FUN : Jupyter : trucs et astuces, Installation et configuration](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f8608bfb261b4c289b35b2cd19d5baf3/3?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bsession02%2Btype%40vertical%2Bblock%404ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405#installation-et-configuration-de-jupyter-sur-votre-ordinateur) - -# 1 Installer Python - -- Installer Python - -- Ajouter les chemins de Python et Python\\Scripts dans la variable PATH de Windows - -La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/). - ---- - -# 2 Installer le package Jupyter - -- Méthode pour installer un package - - Ouvrir une invite de commande dos - - Exécuter la commande suivante - -``` -pip install jupyter -``` - -NB : Le raccourci `^v` ne fonctionne pas dans l'invite de commande dos. La fonction "coller" est disponible avec le bouton droit de la souris. - ---- - -# 3 Lancer Jupyper - -- Ouvrir une invite de commande dos - -- Exécuter la commande suivante - -``` -jupyter notebook -``` - ---- - -# 4 Autres langages - -Jupyper permet par défaut d'exécuter du code Python. Des packages permettent d'exécuter d'autres langages. - -## 4.1 Le package R [IRkernel](https://irkernel.github.io/installation/) permet d'exécuter du code R dans un notebook R - -- Lancer R ou RStudio - -- Installer le package IRkernel - -``` -install.packages("IRkernel",dep=TRUE) -IRkernel::installspec() # to register the kernel in the current R installation -``` - -``` -> packageVersion("IRkernel") -[1] ‘1.1’ -``` - ---- - -Anciennement : - -- Installer le package devtools - -``` -install.packages('devtools',dep=TRUE) -``` - -- Définir le proxy le cas échéant - -``` -library(httr) -set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) -``` - -- Installer IRkernel - -``` -devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') -IRkernel::installspec() # to register the kernel in the current R installation -``` - -- Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html - -## 4.2 Le package Python **rpy2** permet d'exécuter du code R dans un notebook Python - -- Le package `rpy2` s'installe difficilement par méthode standard. - -- Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d'exploitation [ici](https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2) - -- Ouvrir une invite de commande dos - -- Se placer dans le dossier de télécharment - -- Exécuter la commande suivante - -``` -python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier -``` - -- Lancer Jupiter et créer un notebook Python - -- Exécuter la commande suivante - -``` -%load_ext rpy2.ipython -``` - -- S'il y a un message d'erreur `ModuleNotFoundError`, le nom du module manquant est indiqué à la fin du [message](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/5a2d28a2b1c0491ffa6b9665e384d769e27e1296/documents/tuto_jupyter_windows/tzlocal_not_found.html) - -- Installer le module manquant avec la commande pip. (Le module tzlocal peut être installé directement. Il n'est pas nécessaire de le télécharger.) - -- Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7 - -NB : Je n'ai pas eu besoin de définir les variables d'environnement R_HOME et R_USER. - -## 4.3 Le package Python [SASKernel](https://sassoftware.github.io/sas_kernel/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook SAS - -- Installer le package `sas_kernel` à l'aide de la commande `pip` - -- Modifier le fichier C:\\Program Files\\Python\\Python37\\Lib\\site-packages\\saspy\\sascfg_sav.py pour l'adapter à votre système - -Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié. - -![sascfg1](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg1.png) - -![sascfg2](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg2.png) - -- Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip` - -- Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows - -- Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html - ---- - -- Problèmes rencontrés - -``` -Pandas module not available. -``` - ---> Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip` - -``` -Attempted to run program C:\\Program Files\\SASHome\\SASPrivateJavaRuntimeEnvironment\\9.4\\jrin\\java -``` - ---> Vérifier que tous les antislashs sont doublés - -``` -Be sure the path to sspiauth.dll is in your System PATH -``` - ---> Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows - ---- - -## 4.4 Le package Python [SASPy](https://sassoftware.github.io/saspy/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook Python - -- Installer le package `saspy` à l'aide de la commande `pip` -- 2.18.1