Tuto Jupyter Windows

https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/jupyter_fr.org

FUN : Jupyter : trucs et astuces, Installation et configuration

1 Installer Python

• Installer Python

• Ajouter les chemins de Python et Python\Scripts dans la variable PATH de Windows

La façon de procéder est très bien expliquée ici.

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2 Installer le package Jupyter

• Méthode pour installer un package
• Ouvrir une invite de commande dos
• Exécuter la commande suivante

pip install jupyter

NB : Le raccourci ^v ne fonctionne pas dans l’invite de commande dos. La fonction “coller” est disponible avec le bouton droit de la souris.

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3 Lancer Jupyper

• Ouvrir une invite de commande dos

• Exécuter la commande suivante

jupyter notebook

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4 Autres langages

Jupyper permet par défaut d’exécuter du code Python. Des packages permettent d’exécuter d’autres langages.

4.1 Le package R IRkernel permet d’exécuter du code R dans un notebook R

• Lancer R ou RStudio

• Installer le package IRkernel

install.packages("IRkernel",dep=TRUE)
IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation

> packageVersion("IRkernel")
[1] ‘1.1’

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Anciennement :

• Installer le package devtools

install.packages('devtools',dep=TRUE)

• Définir le proxy le cas échéant

library(httr)
set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) 

• Installer IRkernel

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation

• Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html

4.2 Le package Python rpy2 permet d’exécuter du code R dans un notebook Python

• Le package rpy2 s’installe difficilement par méthode standard.

• Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d’exploitation ici

• Ouvrir une invite de commande dos

• Se placer dans le dossier de télécharment

• Exécuter la commande suivante

python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier

• Lancer Jupiter et créer un notebook Python

• Exécuter la commande suivante

%load_ext rpy2.ipython

• S’il y a un message d’erreur ModuleNotFoundError, le nom du module manquant est indiqué à la fin du message

• Installer le module manquant avec la commande pip. (Le module tzlocal peut être installé directement. Il n’est pas nécessaire de le télécharger.)

• Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7

NB : Je n’ai pas eu besoin de définir les variables d’environnement R_HOME et R_USER.

4.3 Le package Python SASKernel permet d’exécuter du code SAS dans un notebook SAS

• Installer le package sas_kernel à l’aide de la commande pip

• Modifier le fichier C:\Program Files\Python\Python37\Lib\site-packages\saspy\sascfg_sav.py pour l’adapter à votre système

Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié.

sascfg1

sascfg2

• Installer le package pandas à l’aide de la commande pip

• Ajouter le chemin C:\Program Files\SASHOME\SASFoundation\9.4\core\sasext dans la variable PATH de Windows

• Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html

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• Problèmes rencontrés

Pandas module not available.

–> Installer le package pandas à l’aide de la commande pip

Attempted to run program C:\\Program Files\\SASHome\\SASPrivateJavaRuntimeEnvironment\\9.4\\jrin\\java

–> Vérifier que tous les antislashs sont doublés

Be sure the path to sspiauth.dll is in your System PATH

–> Ajouter le chemin C:\Program Files\SASHOME\SASFoundation\9.4\core\sasext dans la variable PATH de Windows

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4.4 Le package Python SASPy permet d’exécuter du code SAS dans un notebook Python

• Installer le package saspy à l’aide de la commande pip