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title: "Tuto Jupyter Windows"
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https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/jupyter_fr.org

[FUN : Jupyter : trucs et astuces, Installation et configuration](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f8608bfb261b4c289b35b2cd19d5baf3/3?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bsession02%2Btype%40vertical%2Bblock%404ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405#installation-et-configuration-de-jupyter-sur-votre-ordinateur)

# 1 Installer Python

- Installer Python

- Ajouter les chemins de Python et Python\\Scripts dans la variable PATH de Windows

La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).

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# 2 Installer le package Jupyter

- Méthode pour installer un package
 - Ouvrir une invite de commande dos
 - Exécuter la commande suivante

```
pip install jupyter
```

NB : Le raccourci `^v` ne fonctionne pas dans l'invite de commande dos. La fonction "coller" est disponible avec le bouton droit de la souris.

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# 3 Lancer Jupyper

- Ouvrir une invite de commande dos

- Exécuter la commande suivante

```
jupyter notebook
```

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# 4 Autres langages

Jupyper permet par défaut d'exécuter du code Python. Des packages permettent d'exécuter d'autres langages.

## 4.1 Le package R [IRkernel](https://irkernel.github.io/installation/) permet d'exécuter du code R dans un notebook R

- Lancer R ou RStudio

- Installer le package IRkernel

```
install.packages("IRkernel",dep=TRUE)
IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
```

```
> packageVersion("IRkernel")
[1] ‘1.1’
```

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Anciennement :

- Installer le package devtools

```
install.packages('devtools',dep=TRUE)
```

- Définir le proxy le cas échéant

```
library(httr)
set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) 
```

- Installer IRkernel

```
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
```

- Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html

## 4.2 Le package Python **rpy2** permet d'exécuter du code R dans un notebook Python

- Le package `rpy2` s'installe difficilement par méthode standard.

- Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d'exploitation [ici](https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2)

- Ouvrir une invite de commande dos

- Se placer dans le dossier de télécharment

- Exécuter la commande suivante

```
python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier
```

- Lancer Jupiter et créer un notebook Python

- Exécuter la commande suivante

```
%load_ext rpy2.ipython
```

- S'il y a un message d'erreur `ModuleNotFoundError`, le nom du module manquant est indiqué à la fin du [message](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/5a2d28a2b1c0491ffa6b9665e384d769e27e1296/documents/tuto_jupyter_windows/tzlocal_not_found.html)

- Installer le module manquant avec la commande pip. (Le module tzlocal peut être installé directement. Il n'est pas nécessaire de le télécharger.)

- Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7

NB : Je n'ai pas eu besoin de définir les variables d'environnement R_HOME et R_USER.

## 4.3 Le package Python [SASKernel](https://sassoftware.github.io/sas_kernel/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook SAS

- Installer le package `sas_kernel` à l'aide de la commande `pip`

- Modifier le fichier C:\\Program Files\\Python\\Python37\\Lib\\site-packages\\saspy\\sascfg_sav.py pour l'adapter à votre système

Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié.

![sascfg1](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg1.png)

![sascfg2](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg2.png)

- Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip`

- Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows

- Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html

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- Problèmes rencontrés

```
Pandas module not available.
```

--> Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip`

```
Attempted to run program C:\\Program Files\\SASHome\\SASPrivateJavaRuntimeEnvironment\\9.4\\jrin\\java
```

--> Vérifier que tous les antislashs sont doublés

```
Be sure the path to sspiauth.dll is in your System PATH
```

--> Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows

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## 4.4 Le package Python [SASPy](https://sassoftware.github.io/saspy/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook Python

- Installer le package `saspy` à l'aide de la commande `pip`