diff --git a/journal/FUNMOOCS_RechercheRerpoductibles_notes.md b/journal/FUNMOOCS_RechercheRerpoductibles_notes.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..27e31eaa72132e1a138c553cfc208f8a5f890bb8 --- /dev/null +++ b/journal/FUNMOOCS_RechercheRerpoductibles_notes.md @@ -0,0 +1,90 @@ + + + +# Module 0: Posons le décors +**HARKing** = Hypothesizing After the Results are Known. +La pre-registration intervient en amont du travail d'analyse. Un.e chercheur.euse va ainsi formaliser ses hypothèses de recherche, ses données, son study design et son plan d'analyse + +Un **codebook** peut répondre au besoin de *suivi des évolutions* puisqu'il s'agit d'un document permettant d'une part, de recenser tous les codes appliqués, d'autre part, de consigner ses choix et de suivre leur évolution. + +**Notebooks:** +- Gestionnaire d’éditeurs [Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) lié à R, +- Converstisseur vers latex et autres [Pandoc](https://pandoc.org/). + +**Analyse exploratoire par notebooks** +- Jupyter. + +Zotero (ou bibTex/JabRef) pour le **partage de bibliographies**. + +outils de **TMS** (Tasks Management System) comme Trello. + +on dessine le **workflow** sous Graphviz. + +CASCAD, une plateforme de certification de la reproductibilité + +# Module 1: Cahier de notes, cahier de laboratoire + +## 2. Aperçu historique de la prise de notes + +**Méthode de Locke** + +![Méthode de Locke 1]((methodeLocke1.png) +![Méthode de Locke 2](methodeLocke2.png) + +Sommaire: Utiliser la première lettre puis la première voyelle qui suit la première lettre. + +## 3. Du fichier texte au langage de balisage léger + +### Langage de balisage léger + +Exemples: +- **Markdown** (logiciel Remarkable par exemple) +- Wikitexte +- AsciiDoc +- RestructuredText (communauté Python) + +Il existe des possibilités de conversion verx .pdf, .docx, .html donc le langage importe peu + +On peut aussi insérer des équtations latex, dans le texte $u(t)=K(y_{ref}(t)-y(t))$ ou à la ligne + +$$ \sum_{i=0}^T=\delta_i$$ + +## 4. Pérénité et evolutivité des notes avec le gestion de version + +Ne pas avoir peur des conflits, surtout si on utilise un éditeur/gitlab (i.e. pas direct en ligne de code). +Clé pour éviter les conflits dans un travail à plusieurs: faire des petits commits, avec des modifications isolées des différents endroits du code. Faire `git status` (éventuellement `git diff`) pour voir ce qu'on a modifier, et faire plusieurs `git add` puis `git commit` pour structurer les changements. Éviter `git commit -a` qui commit all sauf quand on bosse tout.e seul.e. + +**Plateforme**s en ligne d'hébergement de git: +- GitHub est un logiciel propriétaire, gratuit pour les étudiants et académiques, payant pour les autres +- GitLAb est un locigiel libre, des versions institutionnelles (par exemple INRIA) +- framagit + +**Interfaces graphiques** liées au langage de programation: +- JupyterLab-git +- Rstudio +ou plus complexes: +- GitHub Desktop +- GitKraken +- SmartGit + +## 5. Les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver + +On peut ajouter des étiquettes ou mots-clés, à ajouter manuellement dans les textes, par exemple en commentaires ``, éventuellement à mettre aussi dans les proriétés des images en utilisant **ExifTool**. + +Utiliser ensuite un moteur de recherche de bureau comme **DocFetcher** pour chercher ":un-mot-clé:". On peut aussi utiliser `grep`, [lien](https://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/console_commandes_de_base#grep) de la documentation. + +[Lien](https://snapcraft.io/docfetcher) d'installation pour Linux 64bits + +**Exiftool**: +Afficher les proriétes: +``` +exiftool image.png +``` +Ajouter des mots-clés: +``` +exiftool -comment=":keyword:" image.png +``` +Ajouter l'url d'où on a tétéchargé l'image: +``` +exiftool -notes="url" image.png +```