# Module 0: Posons le décors **HARKing** = Hypothesizing After the Results are Known. La pre-registration intervient en amont du travail d'analyse. Un.e chercheur.euse va ainsi formaliser ses hypothèses de recherche, ses données, son study design et son plan d'analyse Un **codebook** peut répondre au besoin de *suivi des évolutions* puisqu'il s'agit d'un document permettant d'une part, de recenser tous les codes appliqués, d'autre part, de consigner ses choix et de suivre leur évolution. **Notebooks:** - Gestionnaire d’éditeurs [Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) lié à R, - Converstisseur vers latex et autres [Pandoc](https://pandoc.org/). **Analyse exploratoire par notebooks** - Jupyter. Zotero (ou bibTex/JabRef) pour le **partage de bibliographies**. outils de **TMS** (Tasks Management System) comme Trello. on dessine le **workflow** sous Graphviz. CASCAD, une plateforme de certification de la reproductibilité # Module 1: Cahier de notes, cahier de laboratoire ## 2. Aperçu historique de la prise de notes **Méthode de Locke**   Sommaire: Utiliser la première lettre puis la première voyelle qui suit la première lettre. ## 3. Du fichier texte au langage de balisage léger ### Langage de balisage léger Exemples: - **Markdown** (logiciel Remarkable par exemple) - Wikitexte - AsciiDoc - RestructuredText (communauté Python) Il existe des possibilités de conversion verx .pdf, .docx, .html donc le langage importe peu On peut aussi insérer des équtations latex, dans le texte $u(t)=K(y_{ref}(t)-y(t))$ ou à la ligne $$ \sum_{i=0}^T=\delta_i$$ ## 4. Pérénité et evolutivité des notes avec le gestion de version Ne pas avoir peur des conflits, surtout si on utilise un éditeur/gitlab (i.e. pas direct en ligne de code). Clé pour éviter les conflits dans un travail à plusieurs: faire des petits commits, avec des modifications isolées des différents endroits du code. Faire `git status` (éventuellement `git diff`) pour voir ce qu'on a modifier, et faire plusieurs `git add` puis `git commit` pour structurer les changements. Éviter `git commit -a` qui commit all sauf quand on bosse tout.e seul.e. **Plateforme**s en ligne d'hébergement de git: - GitHub est un logiciel propriétaire, gratuit pour les étudiants et académiques, payant pour les autres - GitLAb est un locigiel libre, des versions institutionnelles (par exemple INRIA) - framagit **Interfaces graphiques** liées au langage de programation: - JupyterLab-git - Rstudio ou plus complexes: - GitHub Desktop - GitKraken - SmartGit ## 5. Les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver On peut ajouter des étiquettes ou mots-clés, à ajouter manuellement dans les textes, par exemple en commentaires ``, éventuellement à mettre aussi dans les proriétés des images en utilisant **ExifTool**. Utiliser ensuite un moteur de recherche de bureau comme **DocFetcher** pour chercher ":un-mot-clé:". On peut aussi utiliser `grep`, [lien](https://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/console_commandes_de_base#grep) de la documentation. [Lien](https://snapcraft.io/docfetcher) d'installation pour Linux 64bits **Exiftool**: Afficher les proriétes: ``` exiftool image.png ``` Ajouter des mots-clés: ``` exiftool -comment=":keyword:" image.png ``` Ajouter l'url d'où on a tétéchargé l'image: ``` exiftool -notes="url" image.png ```