#+TITLE:  Votre titre
#+AUTHOR: Votre nom
#+DATE:   La date du jour
#+LANGUAGE: fr
# #+PROPERTY: header-args :eval never-export

#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>

* Quelques explications

Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.

Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
document.

Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):

#+begin_src R :results output :exports both
print("Hello world!")
#+end_src

#+RESULTS:
: [1] "Hello world!"

Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
~C-c C-c~).

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
summary(cars)
#+end_src

#+RESULTS:
:      speed           dist       
:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
:  Median :15.0   Median : 36.00  
:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
:  Max.   :25.0   Max.   :120.00

Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
plot(cars)
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:./cars.png]]

Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
parfaitement transparentes pour être reproductibles.

Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
compréhensible sur GitLab.

Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).

Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
informations et les remplacer par votre document computationnel.

* Exo


#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
library(parsedate)
options(OutDec=",")
options(width=150)
#+end_src

#+RESULTS:

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
data = read.csv('C:/Users/Jade/mooc-rr/module3/exo2/inc-7-PAY.csv', skip=1)
head(data)
tail(data)
#+end_src

#+RESULTS:
#+begin_example
week indicator  inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name
1 202444         7 2354     489   4219      4          1         7        FR   France
2 202443         7 2130     625   3635      3          1         5        FR   France
3 202442         7 2621    1246   3996      4          2         6        FR   France
4 202441         7 2035     381   3689      3          1         5        FR   France
5 202440         7 2125     725   3525      3          1         5        FR   France
6 202439         7 2898    1333   4463      4          2         6        FR   France
week indicator   inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee geo_name
1765 199102         7 16277   11046  21508     29         20        38        FR   France
1766 199101         7 15565   10271  20859     27         18        36        FR   France
1767 199052         7 19375   13295  25455     34         23        45        FR   France
1768 199051         7 19080   13807  24353     34         25        43        FR   France
1769 199050         7 11079    6660  15498     20         12        28        FR   France
1770 199049         7  1143       0   2610      2          0         5        FR   France
#+end_example

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
na_records = apply(data, 1, function(x) any(is.na(x)))
data[na_records,]
#+end_src

#+RESULTS:
: [1] week       indicator  inc        inc_low    inc_up     inc100     inc100_low inc100_up  geo_insee  geo_name  
: <0 lignes> (ou 'row.names' de longueur nulle)

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
class(data$week)
class(data$inc)
#+end_src

#+RESULTS:
: [1] "integer"
: [1] "integer"

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
convert_week = function(w) {
	ws = paste(w)
	iso = paste0(substring(ws,1,4), "-W", substring(ws,5,6))
	as.Date(parse_iso_8601(iso))
	}

data$date = as.Date(convert_week(data$week))
class(data$date)
data = data[order(data$date),]
#+end_src

#+RESULTS:
: [1] "Date"

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
all(diff(data$date) == 7)
#+end_src

#+RESULTS:
: [1] TRUE

#+begin_src R :results file graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R*
plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:c:/Users/Jade/AppData/Local/Temp/babel-luSDal/figure7G7sme.png]]
#+begin_src R :results file graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R*
with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:c:/Users/Jade/AppData/Local/Temp/babel-luSDal/figureAF8kaK.png]]
#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
pic_annuel = function(annee) {
      debut = paste0(annee-1,"-09-01")
      fin = paste0(annee,"-09-01")
      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
      }
annees <- 1992:2024

inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
head(inc_annuelle)
#+end_src

#+RESULTS:
: annee incidence
: 1  1992    834935
: 2  1993    642921
: 3  1994    662750
: 4  1995    651333
: 5  1996    564994
: 6  1997    683577

#+begin_src R :results file graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R*
plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:c:/Users/Jade/AppData/Local/Temp/babel-luSDal/figurecbYM5J.png]]
#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
head(inc_annuelle[order(-inc_annuelle$incidence),])
#+end_src

#+RESULTS:
:    annee incidence
: 18  2009    841233
: 1   1992    834935
: 19  2010    834077
: 25  2016    779816
: 13  2004    778914
: 12  2003    760765

#+begin_src R :results file graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R*
hist(inc_annuelle$incidence, breaks=10, xlab="Incidence annuelle", ylab="Nb d'observations", main="")
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:c:/Users/Jade/AppData/Local/Temp/babel-luSDal/figureuIwnf5.png]]

#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
head(inc_annuelle[order(inc_annuelle$incidence),])
#+end_src

#+RESULTS:
:    annee incidence
: 29  2020    221183
: 32  2023    365607
: 30  2021    377933
: 33  2024    479917
: 11  2002    515343
: 27  2018    539765