Exercice 1 avec utilisation d'un fichier local

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

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-title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal"
-author: "Konrad Hinsen"
+title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal avec un fichier local"
+author: "Xavier Nardou"
 output:
   pdf_document:
     toc: true
@@ -23,9 +23,17 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 
 Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
 ```{r}
-data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
+data_url = "https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
 ```
 
+**Ici, nous allons utiliser une copie locale des données qui a été téléchargée via cette URL le 25 Mars 2020 (fichier incidence-PAY-3.csv publié sur gitlab en même temps que ce document).** 
+
+On utilise skip=1 pour ignorer la première ligne du document.
+```{r}
+data = read.csv("incidence-PAY-3.csv", skip=1, sep=",")
+```
+
+
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
 
 | Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |
@@ -41,11 +49,6 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 | `geo_insee`  | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |
 | `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
-La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-### Téléchargement
-```{r}
-data = read.csv(data_url, skip=1)
-```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu:
 ```{r}
@@ -133,7 +136,7 @@ pic_annuel = function(annee) {
 
 Nous devons aussi faire attention aux premières et dernières années de notre jeux de données. Les données commencent en octobre 1984, ce qui ne permet pas de quantifier complètement le pic attribué à 1985. Nous l'enlevons donc de notre analyse. Par contre, pour une exécution en octobre 2018, les données se terminent après le 1er août 2018, ce qui nous permet d'inclure cette année.
 ```{r}
-annees = 1986:2018
+annees = 1986:2019
 ```
 
 Nous créons un nouveau jeu de données pour l'incidence annuelle, en applicant la fonction `pic_annuel` à chaque année: