# Prise de note / recherche reproductible 

# Module 2. la vitrine et l'envers du décor : le document computationnel 

## Exemples récents d'études assez discutées 

Leurs défauts : manque de rigueur et de transparence 

## Pourqoi est-ce difficile ? 

Difficultés les plus communes : 

- manque d'information (sources et données/résultats difficiles à vérifier ;
nécessité de faire un choix -> cahier de laboratoire pour tout consigner)
- utilisation de l'ordinateur, source d'erreurs dans certains autoamatismes
(macro des tableurs ou de logiciel complexe)
- manque de rigueur et d'organisation : pas de backup, d'historique, pas de
contrôle qualité 
- dimension culturelle et sociale : article = version simplifiée de la procédure

## Le document computationnel : principe 

Rechreche reproductible : outils méthodologiques 

Garder traces afin de : inspecter (justifier (auteur) et comprendre (lecteur) 
le contenu de la publication ; refaire (vérifier, corriger et réutiliser)

Structure du doc computationnelle répond aux préoccupations précédentes : 
description ; code ; résultat 

## Prise en main de l'outil 

Choix de Rstudio ; autres (Jupyter ; Org Mode) 

Utilisation de R studio : langage R, KnitR (conversion en un document classique)

changer de type de document pour la publication : changer dans d'entête du
document markdown ; eple word, pdf ...