From 28a9ce83b700d732de5422695227e7fe0faf54fc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: b1e6a591a9c4a5d8c5d000eab4bce134 Date: Thu, 24 Nov 2022 16:56:24 +0000 Subject: [PATCH] Ajouter section 2.1 --> 2.3.1 : prise en main de jupyter --- journal/Readme.md | 61 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 61 insertions(+) diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md index 3695ee9..e7e8900 100644 --- a/journal/Readme.md +++ b/journal/Readme.md @@ -159,3 +159,64 @@ Pour visualiser les métadonnées d’un fichier : `exiftool image.jpeg` Pour visualiser page par page : `exiftool image.jpeg | less` Ajouter un mot clé (par exemple l’url de provenance de l’image) : `exiftool -comment=’’ :etiquette :’’ image.jpeg` Ajout d’une note : exiftool -comment=’’ :etiquette :’’ image.jpeg` + + + + +## 2 - Module 2 : document computationel + +### 2.1 Les besoins de tracabilité + +Obj : améliorer la tracabilité d'un calcul +3 environnements : Jupyter, R studio, OrgMode + +Difficulté de reproduction des résultats : +- Données non disponibles +- Description du traitement de données ==> choix qui sont faits +- Erreurs générés dans les logiciels (utilisation de la souris, copier-coller, utilisation de tableur ...) +- utilisation d'une pile de logiciels dont des propriétaires +- manque de rigueur et organisation +- article = version simplifiée de la procédure. Les informations peuvent être tracées avec les bons outils. + +Tout rendre public ? +- mise en évidences des faiblesses ==> vrai pour toutes les recherches +- trouver des erreurs ==> possible et alors ? +- d'autres pourraient en tirer des avantages ==> montrer ses travaux est une façon de prouver son travail +- données sensibles ==> des solutions existent + +Bonnes pratiques : +- logiciels et langages libres +- utiliser du format texte +- répliquer ses données sur des plateformes ouvertes et sûres +- attention aux outils intuitifs. + +Nouveau paradigme : ouverture des données + +### 2.2 Principe du doc computationel + +Obj : permettre la tranparence entre auteur et lecteur +- Inspecter: justifier/comprendre +- refaire : vérifier/corriger/réutiliser + +Principe : 1 seul document +Exple : Notebook = texte (format md) + fragments de code python + résultats obtenus. +Export dans un doc final ou certaines parties vont être mis au format texte. + + +### 2.3 - Prise en main des outils + +#### 2.3.1 Jupyter +Création d'un nouveau notebook (en double-cliquant sur `Untitled1`) +Par défaut les nouvelles cellules sont du code, mais on peut passer en markdown +Insertion nouvelle cellule : `insert cell` +Ajouter du code, l'exécuter +Sauvegarder le document + +Ajouter `%matplotlib inline` pour ajouter un graphique en ligne +Voir les commandes avec `lsmagic` +Pour ajouter du code R `%%R` +Pour ajouter du latex : `%%latex` + +Tous les résultats son stockés dans mon document. Pour partager avec d'autre, il suffit de commiter dans github +Sinon export html +Pour un article : contrôler la visibilté des cellules :view/celle toolbar/hide code` puis cocher les cases correspondantes -- 2.18.1