From 68b857f59f0a3797a9900c12b1ae3be9ed4dc5a4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: b8d70ed5df9a80c9b57b988df57c3e93 Date: Fri, 4 Aug 2023 14:24:26 +0000 Subject: [PATCH] Update journal_de_bord.md --- journal/journal_de_bord.md | 43 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++- 1 file changed, 42 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/journal/journal_de_bord.md b/journal/journal_de_bord.md index fef9ea5..26740c7 100644 --- a/journal/journal_de_bord.md +++ b/journal/journal_de_bord.md @@ -18,4 +18,45 @@ **Etiquettes et logiciels d'indexation** - existence de moteurs de recherche de bureau (par ex. *DocFetcher*) : peut localiser l'occurrence d'un mot dans une collection de fichiers -- en cas d'abondance d'occurrences, l'ajout d'étiquettes / mots clés peut être utile, y compris pour des fichiers non textes \ No newline at end of file +- en cas d'abondance d'occurrences, l'ajout d'étiquettes / mots clés peut être utile, y compris pour des fichiers non textes + +## Module 2 + +**Document computationnel* + +Description : +- Contenu : commentaires, code, données, résultats de calculs, liens hypertextes, images etc. +- Fonctionnalités : documentation du code, inspection explication et réexécution des calculs +si l'environnement d'origine est disponible, possibilité d'utiliser plusieurs langage) +- Intérêts : traçabilité des calculs, accès à l'ensemble des calculs sous-jacents, présentation/partage des travaux +- Environnements possibles : Rstudio, Emacs/OrgMode, Jupyter + +Pour le travail collaboratif : +- avantages : prise en main aisée, tout dans un seul document (!), transparence et réutilisation possible +- points d'attention : vérifier le fonctionnement sur chaque machine, les installations/mises à jour, fausses manips des collaborateurs +- pour la mise à disposition de façon pérenne : Gitlab, Github ou archive ouverte (HAL, figshare, zenodo) + +**Intérêt de RStudio** + +Les bonus + +- historique bien structuré, traçabilité de l'inspection des données +- sauvegarde des résultats intermédiaires +- liens entre les figures et calculs établis par le code +- permet de générer des documents au format HTML, PDF, ou .doc(x)/.odt + +En cas d'utilisation du langage Python, Rstudio comporte quelques limites : non complétion sur les noms de variables ; +non-persistance des variables et de leur état pour les codes Python ; seules les sorties textes sont gérées. + +Trucs et astuces : +- utiliser les fonctions d'export et de réexécution du code depuis le début +- apprendre les raccourcis claviers +- lire la documentation et les pense-bêtes + +**Quid des autres environnements ?** + +| Environnement | Origine | Technologie | Utilisation | Navigation | Format | Article ? | +| ------ | ------ | ------ | ------ | ------ | ------ | ------ | +| Jupyter | 2001 | Web App., Python | Facile | Limitée | JSON | Difficile | +| Rstudio/knitr | 2011-2014 | IDE, Java/R | Facile | Limitée | Rmd | Oui | +| Org-Mode | 1976/2008 | Editeur, EmacsLisp | Plus complexe | Puissante | Org | Oui| + -- 2.18.1