From a7f32b1b2bb7620da963ecbc6a02fd8722bbf3ed Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: bba280435311af29bcccc4fb41b07735 Date: Fri, 15 Sep 2023 05:58:26 +0000 Subject: [PATCH] Ajout 2.2 --- journal/Module2_DocComputationnel.md | 32 ++++++++++++++++++++++++++-- 1 file changed, 30 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/journal/Module2_DocComputationnel.md b/journal/Module2_DocComputationnel.md index 1e8865b..24d2fde 100644 --- a/journal/Module2_DocComputationnel.md +++ b/journal/Module2_DocComputationnel.md @@ -1,9 +1,37 @@ # Module 2 : Le document computationnel +## 2.1 Exemples d'erreurs de calculs, données, etc. +**Économie**: Politiques d’austérité +* Reinhart et Rogoff: [Growth in a Time of Debt](https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt) +* Herndon, Ash et Pollin +* Wray: combining data across centuries, exchange rate regimes, + +Les **IRM** fonctionnelles +* 2010: [Bennett et al.: le saumon mort](https://www.researchgate.net/publication/255651552_Neural_correlates_of_interspecies_perspective_taking_in_the_post-mortem_Atlantic_Salmon_an_argument_for_multiple_comparisons_correction) ☺ +* 2016: [Eklund, Nichols, and Knutsson](http://www.pnas.org/content/113/28/7900.abstract). [Un bug dans les logiciels d’IRM pourrait invalider 15 années de recherche sur le cerveau (40 000 articles)](http://www.sciencealert.com/a-bug-in-fmri-software-could-invalidate-decades-of-brain-research-scientists-discover) +* 2016: [C’est plus subtil que ça](https://www.cogneurosociety.org/debunking-the-myth-that-fmri-studies-are-invalid/). [D’après Nichols](http://blogs.warwick.ac.uk/nichols/entry/bibliometrics_of_cluster/), un des auteurs de l’article d’origine, c’est plutôt de l’ordre de 3 600 études qui seraient potentiellement impactées. + +**Protéines** : des fausses structures de protéines : le cauchemar de Geoffrey Chang qui rétracte ses articcles après avoir découvert ses erreurs de calculs [A “buggy software”](https://people.ligo-wa.caltech.edu/~michael.landry/calibration/S5/getsignright.pdf). + +Autres domaines +* **Oncologie**: [”half of published studies, even in prestigious journals, can’t be reproduced in industrial labs”](http://www.nature.com/nrd/journal/v10/n9/full/nrd3439-c1.html?foxtrotcallback=true) +* **Psychologie**: [”attempting to reproduce 100 previously published findings, only one-third of published psychology research was found to be reliable”](http://theconversation.com/we-found-only-one-third-of-published-psychology-research-is-reliable-now-what-46596) + +## 2.2 Ordinauters, Numérique.. : nouveaux risques d'erreurs de calculs + +* Les interfaces graphiques qui masquent les méthodes +* L'omniprésence des grands logiciels excel etc. +* Les changements de version de logiciel, la perte des données (erreurs de manipulation, fin de licence, ordinateurs cassés... + + +Garde-fous : +* les grands logiciels libres (éviter les logiciels à licence non pérennes) +* les applications sobres en textes bruts (éditeur texte au lieu de traitement de texte +* ) + +**Références intéressantes : ** -**Références intéressantes : -** * [En quoi les ordinateurs ont "cassé" la science](https://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938) : The Conversation (ENG) * Ex. d'erreurs Excel de programmation et de manipulation de données en génomique : [article QZ.com](https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets) (ENG) * Les papiers les plus cités sont des papiers qui décrivent une nouvelle technique ou un logiciel permettant à une communauté de recherche d'avancer : [Top 100 Nature des papiers les plus cités](http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224). -- 2.18.1