From 0ef6e46c0f22393fb98aeef7698a11a171b38d60 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Marie-Maelle Desgranges Date: Mon, 18 Jan 2021 10:57:41 +0100 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?Modification=20du=20fichier=20suivant=20le=20mo?= =?UTF-8?q?d=C3=A8le.=20Cr=C3=A9ation=20d'une=20boucle=20if=20pour=20r?= =?UTF-8?q?=C3=A9cup=C3=A9rer=20les=20donn=C3=A9es=20URL=20et=20les=20enre?= =?UTF-8?q?gistrer=20automatiquement=20dans=20un=20dossier=20local.?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd | 31 ++++++++++++++++------- 1 file changed, 22 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index 7913190..7b2ca37 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -2,11 +2,11 @@ title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal" author: "Konrad Hinsen" output: + pdf_document: + toc: true html_document: toc: true theme: journal - pdf_document: - toc: true documentclass: article classoption: a4paper header-includes: @@ -26,6 +26,22 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" ``` + + + + + + +Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas. + +```{r telecharger data local} +data_file = "syndrome-grippal.csv" +if (!file.exists(data_file)) { + download.file(data_url, data_file, method="auto") +} +``` + Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): | Nom de colonne | Libellé de colonne | @@ -41,20 +57,17 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https:// | `geo_insee` | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/ | | `geo_name` | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) | -Nous avons téléchargé les données sur le site indiqué et fait une copie du fichier brut dans le dossier de travail local. Nous allons désormais travailler avec cette nouvelle version : -```{r récupération data} -data_local="C:/Users/Hg/Documents/R/MOOC/RECHERCHE REPRODUCTIBLE/mooc-rr/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv" -``` +### Lecture des données téléchargées et enregistrées dans le dossier local La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`. -### Téléchargement -```{r} -data = read.csv(data_local, skip=1) +```{r lecture data } +data = read.csv(data_file,skip=1) ``` + Regardons ce que nous avons obtenu: ```{r} head(data) -- 2.18.1